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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)

[交流] 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”

为活跃本版气氛，加强本版专业实力，
分子模拟板块将于2011年4月25日---2011年4月29日举行“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”活动

活动主题：“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”活动

活动内容：
活动涉及内容包括经典/第一性原理分子动力学，Monte-Carlo，分子力学等方法的基本原理，相关软件或代码（如Discover-Studio，sybyl，autodock，Gromacs，NAMD，amber，CHARMM，LAMMPS，materials studio，DL_POLY,XMD,Materials-Explorer，CPMD 及其他数据可视化软件VMD,atomeye,xmovie,pymol等）的使用模拟出现的问题及各种资源共享，以及它们在纳米材料，表面/界面，块体材料和溶液，高分子，生物体系中的实际应用。
欢迎熟悉其中一个或多个方面的虫子参与本次活动。

活动形式：采用现场提问，现场解答的形式，活动结束后，将做出此活动专辑，形成一份PDF文件，供虫子们下载，活动结束后将由分子模拟版主委员会及群众投票评出”十大星虫“并给予适当金币奖赏。

奖励办法：500金币做为此活动奖赏，无论提问或是回答都得奖赏，只要回帖就领金币，提问奖1-3个金币，回答奖5-10个金币，对于经典回帖，经典解答，视情况分子模拟板块将再加奖赏金币，活动将由分子模拟版主委员会及群众投票评出”十大星虫“。

[ Last edited by ghcacj on 2011-4-25 at 09:25 ]

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1楼2011-04-25 09:17:41

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+5): 谢谢 2011-04-26 14:26:15

引用回帖:

Originally posted by jj2006 at 2011-04-26 11:23:19:
ms中哪个模块适合模拟溶液中分之间氢键作用？谢谢

一般都是用AMORPHOUS CELL建一个包含聚合物和水分子的体系！至于容不容易收敛，这跟你的体系大小及聚合物的性质有关！！
还有就是你在画完分子和生成cell之后要用discover优化一下，这样后面跑动力学才比较容易收敛！

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51楼2011-04-26 12:06:18

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yylazy

银虫 (小有名气)

模拟EPI: 3
应助: 0 (幼儿园)
金币: 520.4
帖子: 138
在线: 53.5小时
虫号: 880747

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 只要提问就奖 2011-04-25 09:32:01

谁会用DS作分子轨道图形？能做吗

赞一下(2人)

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2楼2011-04-25 09:27:16

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

nihao000

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 只要提问就奖 2011-04-25 09:39:08

顶lz
我有个问题困扰了我半个月了。

非晶态淬火的相关问题。

比如非晶碳。文献上说“液相--快淬”制非晶。

我用discover操作，不能改变键的配位，不能断键、成键。
所以用Dmol3来做，可是里面不知道怎么淬火！具体怎么操作。

Dmol3里的dynamics只有一个温度选项。而且计算非常慢。怎么淬火？

（1）Dmol3要成键，段键，改变配位，怎样设置参数？
（2）Dmol3怎样淬火？是否先用discover淬火，然后用Dmol3成键？

赞一下(2人)

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3楼2011-04-25 09:37:14

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