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[交流] 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”





为活跃本版气氛,加强本版专业实力,
分子模拟板块将于2011年4月25日---2011年4月29日举行“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”活动


活动主题:“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”活动

活动内容:
活动涉及内容包括经典/第一性原理分子动力学,Monte-Carlo,分子力学等方法的基本原理,相关软件或代码(如Discover-Studio,sybyl,autodock,Gromacs,NAMD,amber,CHARMM,LAMMPS,materials studio,DL_POLY,XMD,Materials-Explorer,CPMD 及其他数据可视化软件VMD,atomeye,xmovie,pymol等)的使用模拟出现的问题及各种资源共享,以及它们在纳米材料,表面/界面,块体材料和溶液,高分子,生物体系中的实际应用。
欢迎熟悉其中一个或多个方面的虫子参与本次活动。

活动形式:采用现场提问,现场解答的形式,活动结束后,将做出此活动专辑,形成一份PDF文件,供虫子们下载,活动结束后将由分子模拟版主委员会及群众投票评出”十大星虫“并给予适当金币奖赏。

奖励办法:500金币做为此活动奖赏,无论提问或是回答都得奖赏,只要回帖就领金币,提问奖1-3个金币,回答奖5-10个金币,对于经典回帖,经典解答,视情况分子模拟板块将再加奖赏金币,活动将由分子模拟版主委员会及群众投票评出”十大星虫“。

[ Last edited by ghcacj on 2011-4-25 at 09:25 ]
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mr.sad

铁虫 (初入文坛)


★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 提问奖赏 2011-04-25 15:18:28
我在写上一个问题的过程中又想到了一个问题,为了有人回复时的方便,我又开一楼吧,如有不便请见谅。
用NPT-MC模拟Argon或者说LJ流体的时候,我发现临界温度以下的模拟结果挺依赖于模拟的初始密度的,当初始密度为0.5时对应于某个外压平衡时的密度与初始密度为0.01平衡时得到的相差很远,按道理MC通常都不应有初值依赖性的,请问这是为何呢?

另外,当我设置初始密度为0.01,温度为T=0.78,粒子数N=200,p=0.05(均为reduced unit),模拟会发现系统先平衡在约为0.07的密度,然后当模拟继续至200000个MC步后密度会突然增至0.24,然后稳定下来,有点像发生了一个一阶相变,但是这个相变怎么看都觉得奇怪,快照上看又觉得不像是成核了(为了方便观察,我把实时结果进行了每隔5000个MC步平均一次的操作)。

具体见附件的图。

[ Last edited by mr.sad on 2011-4-25 at 14:16 ]
22楼2011-04-25 12:48:05
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yylazy

银虫 (小有名气)


★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 只要提问就奖 2011-04-25 09:32:01
谁会用DS作分子轨道图形?能做吗
2楼2011-04-25 09:27:16
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★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 只要提问就奖 2011-04-25 09:39:08
顶lz
我有个问题困扰了我半个月了。

非晶态淬火的相关问题。

比如非晶碳。  文献上说“液相--快淬”制非晶。

我用discover操作,不能改变键的配位,不能断键、成键。
所以用Dmol3来做,可是里面不知道怎么淬火!具体怎么操作。

Dmol3里的dynamics只有一个温度选项。而且计算非常慢。怎么淬火?

(1)Dmol3要成键,段键,改变配位,怎样设置参数?
(2)Dmol3怎样淬火?是否先用discover淬火,然后用Dmol3成键?
3楼2011-04-25 09:37:14
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★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
御剑江湖(金币+10, 模拟EPI+1): 分享资源重奖,欢迎再来 2011-04-25 09:46:01
原帖地址http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3119236&pid=118825&page=1#pid118825

中国矿业大学分子模拟【个人认为很经典额】课件

对照ms的discover模块,很容易上手,
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6、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872998.html
7、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873001.html
8、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873002.html
9、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872999.html
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附送MS castep 计算化学高级教程 、中国石油大学+创腾培训.pdf
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4楼2011-04-25 09:41:37
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