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【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
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 为活跃本版气氛，加强本版专业实力， 分子模拟板块将于2011年4月25日---2011年4月29日举行“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”活动 活动主题：“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”活动 活动内容： 活动涉及内容包括经典/第一性原理分子动力学，Monte-Carlo，分子力学等方法的基本原理，相关软件或代码（如Discover-Studio，sybyl，autodock，Gromacs，NAMD，amber，CHARMM，LAMMPS，materials studio，DL_POLY,XMD,Materials-Explorer，CPMD 及其他数据可视化软件VMD,atomeye,xmovie,pymol等）的使用模拟出现的问题及各种资源共享，以及它们在纳米材料，表面/界面，块体材料和溶液，高分子，生物体系中的实际应用。 欢迎熟悉其中一个或多个方面的虫子参与本次活动。 活动形式：采用现场提问，现场解答的形式，活动结束后，将做出此活动专辑，形成一份PDF文件，供虫子们下载，活动结束后将由分子模拟版主委员会及群众投票评出”十大星虫“并给予适当金币奖赏。 奖励办法：500金币做为此活动奖赏，无论提问或是回答都得奖赏，只要回帖就领金币，提问奖1-3个金币，回答奖5-10个金币，对于经典回帖，经典解答，视情况分子模拟板块将再加奖赏金币，活动将由分子模拟版主委员会及群众投票评出”十大星虫“。 [ Last edited by ghcacj on 2011-4-25 at 09:25 ] |
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御剑江湖(金币+3): 提问奖赏 2011-04-25 15:18:28
御剑江湖(金币+3): 提问奖赏 2011-04-25 15:18:28
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我在写上一个问题的过程中又想到了一个问题，为了有人回复时的方便，我又开一楼吧，如有不便请见谅。 用NPT-MC模拟Argon或者说LJ流体的时候，我发现临界温度以下的模拟结果挺依赖于模拟的初始密度的，当初始密度为0.5时对应于某个外压平衡时的密度与初始密度为0.01平衡时得到的相差很远，按道理MC通常都不应有初值依赖性的，请问这是为何呢？  另外，当我设置初始密度为0.01，温度为T=0.78，粒子数N=200，p=0.05（均为reduced unit），模拟会发现系统先平衡在约为0.07的密度，然后当模拟继续至200000个MC步后密度会突然增至0.24，然后稳定下来，有点像发生了一个一阶相变，但是这个相变怎么看都觉得奇怪，快照上看又觉得不像是成核了（为了方便观察，我把实时结果进行了每隔5000个MC步平均一次的操作）。  具体见附件的图。 [ Last edited by mr.sad on 2011-4-25 at 14:16 ] |
22楼2011-04-25 12:48:05
2楼2011-04-25 09:27:16
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 只要提问就奖 2011-04-25 09:39:08
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 只要提问就奖 2011-04-25 09:39:08
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顶lz 我有个问题困扰了我半个月了。 非晶态淬火的相关问题。 比如非晶碳。 文献上说“液相--快淬”制非晶。 我用discover操作，不能改变键的配位，不能断键、成键。 所以用Dmol3来做，可是里面不知道怎么淬火！具体怎么操作。 Dmol3里的dynamics只有一个温度选项。而且计算非常慢。怎么淬火？ （1）Dmol3要成键，段键，改变配位，怎样设置参数？ （2）Dmol3怎样淬火？是否先用discover淬火，然后用Dmol3成键？ |
3楼2011-04-25 09:37:14
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+10, 模拟EPI+1): 分享资源重奖，欢迎再来 2011-04-25 09:46:01
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+10, 模拟EPI+1): 分享资源重奖，欢迎再来 2011-04-25 09:46:01
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原帖地址http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3119236&pid=118825&page=1#pid118825 中国矿业大学分子模拟【个人认为很经典额】课件 对照ms的discover模块，很容易上手， 各种原理，各种解释。 新手必备，老鸟提高必备！ 能让人形成系统的知识体系！ 废话不多说，上连接，总共11个文件 下载链接无需注册，直接下载，方便虫子们！ 1、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872882.html 2、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872883.html 3、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872884.html 4、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872888.html 5、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872889.html 6、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872998.html 7、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873001.html 8、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873002.html 9、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872999.html 10、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873000.html 11、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873019.html 附送MS castep 计算化学高级教程 、中国石油大学+创腾培训.pdf http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873015.html http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873018.html |
4楼2011-04-25 09:41:37
