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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)

[交流] 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”

为活跃本版气氛，加强本版专业实力，
分子模拟板块将于2011年4月25日---2011年4月29日举行“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”活动

活动主题：“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”活动

活动内容：
活动涉及内容包括经典/第一性原理分子动力学，Monte-Carlo，分子力学等方法的基本原理，相关软件或代码（如Discover-Studio，sybyl，autodock，Gromacs，NAMD，amber，CHARMM，LAMMPS，materials studio，DL_POLY,XMD,Materials-Explorer，CPMD 及其他数据可视化软件VMD,atomeye,xmovie,pymol等）的使用模拟出现的问题及各种资源共享，以及它们在纳米材料，表面/界面，块体材料和溶液，高分子，生物体系中的实际应用。
欢迎熟悉其中一个或多个方面的虫子参与本次活动。

活动形式：采用现场提问，现场解答的形式，活动结束后，将做出此活动专辑，形成一份PDF文件，供虫子们下载，活动结束后将由分子模拟版主委员会及群众投票评出”十大星虫“并给予适当金币奖赏。

奖励办法：500金币做为此活动奖赏，无论提问或是回答都得奖赏，只要回帖就领金币，提问奖1-3个金币，回答奖5-10个金币，对于经典回帖，经典解答，视情况分子模拟板块将再加奖赏金币，活动将由分子模拟版主委员会及群众投票评出”十大星虫“。

[ Last edited by ghcacj on 2011-4-25 at 09:25 ]

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1楼 2011-04-25 09:17:41

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nihao000

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
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御剑江湖(金币+3): 分享资源奖 2011-04-25 21:55:08

刚从网上搜到的，大家看看
　
CPMD：是一个Car-Parrinello 分子动力学程序包

　　很长一段时间以来，一直有人在问BOMD与CPMD究竟有什么不同?这里我就简单说一些二者的区别。

　　实际上，我想大部分人理解和接触的第一原理分子动力学方法以CPMD居多。CPMD，就是Car和Parrinello两个人作出的基于密度泛函的分子动力学方法，其特点是在引入电子虚拟质量，将电子运动耦合到了运动方程中，每一步分子动力学计算后，对电子结构的计算就不再需要自洽场迭代这一过程，因此可以大大节省计算资源，在计算机还不是那么好的80，90年代是弥足珍贵的。CPMD的建立开创了第一原理分子动力学方法的新时代，使其真正开始了实用化进程。

　　而BOMD，顾名思义，就是Born-Oppenheimer分子动力学。Born-Oppenheimer近似，也就是绝热近似，指的是将电子和离子的求解分离开来，只处理离子的动力学部分，而认为电子可以快速跟上电子的运动。其特点是每一步分子动力学计算之后都需要对电子结构进行自洽场迭代，使电子达到基态。正式由于这个自洽场迭代过程需要的计算量巨大，致使其一直没有达到广泛运用，直到90年代中后期，计算机技术的发展，才使BOMD开始逐步被人们重视。

　　CPMD和BOMD各有优劣。CPMD虽然计算速度更快，不需要进行自洽场迭代计算，计算量小，但是由于计算中并没有使体系真正达到基态，而只是尽量靠近基态，因此其准确性对电子的虚拟质量这个参数的选取依赖程度很大，一旦计算参数不对，得到的体系很可能远远偏离真实的势能面，得不到正确的动力学轨迹。同时，为了保证其尽量靠近基态，分子动力学时间步长一般选得较小。而BOMD虽然计算量大，但是由于每一步都保证系统达到基态，因此其分子动力学步长可以取得较大，一般1fs到5fs都有可能。综合来说，如果能结合二者的优势，第一原理分子动力学计算效率将大大提高，这也成为近年来其发展的重要方向。

　　官网：http://www.cpmd.org/

　　简介：

　　What is CPMD ?

　　The CPMD code is a plane wave/pseudopotential implementation of Density Functional Theory, particularly designed for ab-initio molecular dynamics. Its first version was developed by Jurg Hutter at IBM Zurich Research Laboratory starting from the original Car-Parrinello codes. During the years many people from diverse organizations contributed to the development of the code and of its pseudopotential library:

　　Michele Parrinello, Jurg Hutter, D. Marx, P. Focher, M. Tuckerman, W. Andreoni, A. Curioni, E. Fois, U. Roetlisberger, P. Giannozzi, T. Deutsch, A. Alavi, D. Sebastiani, A. Laio, J. VandeVondele, A. Seitsonen, S. Billeter and others.

　　The current version, 3.13, is copyrighted jointly by IBM Corp and by Max Planck Institute, Stuttgart, and is distributed free of charge to non-profit organizations ( see download ). Profit organizations interested at the code should contact us .

　　CPMD runs on many different computer architectures and it is well parallelized (MPI and Mixed MPI/SMP).

　　CPMD main characteristics

　　works with norm conserving or ultrasoft pseudopotentials LDA, LSD and the most popular gradient correction schemes; free energy density functional implementation isolated systems and system with periodic boundary conditions; k-points molecular and crystal symmetry wavefunction optimization: direct minimization and diagonalization geometry optimization: local optimization and simulated annealing molecular dynamics: constant energy, constant temperature and constant pressure path integral MD response functions excited states many electronic properties time-dependent DFT (excitations, molecular dynamics in excited states) coarse-grained non-Markovian metadynamics

　　CPMD 是一个Car-Parrinello 分子动力学程序包。它也基于平面波赝势框架，支持模守恒和超软两种赝势。CPMD 软件中包括自由能密度泛函、路径积分分子动力学和meta-dynamics 等方法。它可以计算响应函数、激发态和其他许多电子性质。

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38楼2011-04-25 18:25:09

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yylazy

银虫 (小有名气)

模拟EPI: 3
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虫号: 880747

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御剑江湖(金币+3): 只要提问就奖 2011-04-25 09:32:01

谁会用DS作分子轨道图形？能做吗

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2楼2011-04-25 09:27:16

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nihao000

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 只要提问就奖 2011-04-25 09:39:08

顶lz
我有个问题困扰了我半个月了。

非晶态淬火的相关问题。

比如非晶碳。文献上说“液相--快淬”制非晶。

我用discover操作，不能改变键的配位，不能断键、成键。
所以用Dmol3来做，可是里面不知道怎么淬火！具体怎么操作。

Dmol3里的dynamics只有一个温度选项。而且计算非常慢。怎么淬火？

（1）Dmol3要成键，段键，改变配位，怎样设置参数？
（2）Dmol3怎样淬火？是否先用discover淬火，然后用Dmol3成键？

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3楼2011-04-25 09:37:14

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