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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)

[交流] 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”

为活跃本版气氛，加强本版专业实力，
分子模拟板块将于2011年4月25日---2011年4月29日举行“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”活动

活动主题：“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”活动

活动内容：
活动涉及内容包括经典/第一性原理分子动力学，Monte-Carlo，分子力学等方法的基本原理，相关软件或代码（如Discover-Studio，sybyl，autodock，Gromacs，NAMD，amber，CHARMM，LAMMPS，materials studio，DL_POLY,XMD,Materials-Explorer，CPMD 及其他数据可视化软件VMD,atomeye,xmovie,pymol等）的使用模拟出现的问题及各种资源共享，以及它们在纳米材料，表面/界面，块体材料和溶液，高分子，生物体系中的实际应用。
欢迎熟悉其中一个或多个方面的虫子参与本次活动。

活动形式：采用现场提问，现场解答的形式，活动结束后，将做出此活动专辑，形成一份PDF文件，供虫子们下载，活动结束后将由分子模拟版主委员会及群众投票评出”十大星虫“并给予适当金币奖赏。

奖励办法：500金币做为此活动奖赏，无论提问或是回答都得奖赏，只要回帖就领金币，提问奖1-3个金币，回答奖5-10个金币，对于经典回帖，经典解答，视情况分子模拟板块将再加奖赏金币，活动将由分子模拟版主委员会及群众投票评出”十大星虫“。

[ Last edited by ghcacj on 2011-4-25 at 09:25 ]

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1楼2011-04-25 09:17:41

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

mr.sad

铁虫 (初入文坛)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 170.4
帖子: 15
在线: 3.2小时
虫号: 1259919

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 提问奖赏 2011-04-25 15:16:15

原帖位置http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3078961
不知道大家是否有做过像Gay-Berne potential那种跟分子方向和距离有关的site-site potential model 的模拟。对于这种非中心对称的两体作用势一般是怎么做截断的呢？又是如何做截断修正的呢？
Lennard-Jones球对称势截断以后通过从截断半径到无穷远积分就可以了，可是如果分子不是球形的，比如是椭球状或者棒状，一般要怎么处理呢？？
——————————————————
目前我的处理方法和文献上看到的差不多，就是在4sigma长度处截断，但是没有做尾部修正，但是还是觉得这样做不是太准确，因为周期边界条件来实现体系无穷粒子的时候这个尾部势还是理论上不应忽略的。。

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17楼2011-04-25 12:18:18

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 83 个回答

yylazy

银虫 (小有名气)

模拟EPI: 3
应助: 0 (幼儿园)
金币: 520.4
帖子: 138
在线: 53.5小时
虫号: 880747

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 只要提问就奖 2011-04-25 09:32:01

谁会用DS作分子轨道图形？能做吗

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2楼2011-04-25 09:27:16

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nihao000

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 只要提问就奖 2011-04-25 09:39:08

顶lz
我有个问题困扰了我半个月了。

非晶态淬火的相关问题。

比如非晶碳。文献上说“液相--快淬”制非晶。

我用discover操作，不能改变键的配位，不能断键、成键。
所以用Dmol3来做，可是里面不知道怎么淬火！具体怎么操作。

Dmol3里的dynamics只有一个温度选项。而且计算非常慢。怎么淬火？

（1）Dmol3要成键，段键，改变配位，怎样设置参数？
（2）Dmol3怎样淬火？是否先用discover淬火，然后用Dmol3成键？

赞一下(2人)

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3楼2011-04-25 09:37:14

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