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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+5): 谢谢 2011-04-26 14:26:15
引用回帖:
Originally posted by jj2006 at 2011-04-26 11:23:19:
ms中哪个模块适合模拟溶液中分之间氢键作用？谢谢

一般都是用AMORPHOUS CELL建一个包含聚合物和水分子的体系！至于容不容易收敛，这跟你的体系大小及聚合物的性质有关！！
还有就是你在画完分子和生成cell之后要用discover优化一下，这样后面跑动力学才比较容易收敛！
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51楼2011-04-26 12:06:18
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xuekechuang

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 提问奖赏 2011-04-26 16:34:42
我想问一下，怎样才能学好MS，有没有这方面详细的资料？
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52楼2011-04-26 14:24:31
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 提问奖 2011-04-26 16:35:16
引用回帖:
Originally posted by 御剑江湖 at 2011-04-25 22:01:08:
要单独制作一个UserControl,这个控件里面是由多个Panel组合而成的。

在加载这个控件的窗口要有一个专门的控制组件，该组件记录边栏的状态，如隐藏、左停靠、右停靠、下停靠等。根据控件自己的点击事件来设置 ...

这个是VISUAL STUDIO吗？？？
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53楼2011-04-26 14:58:16
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andong1988

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+1): 回帖奖赏 2011-04-26 16:35:54
很好很强大，感谢楼主了，呵呵
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54楼2011-04-26 15:07:09
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 解答奖赏 2011-04-26 16:36:12
引用回帖:
Originally posted by jj2006 at 2011-04-26 11:23:19:
ms中哪个模块适合模拟溶液中分之间氢键作用？谢谢

估计discover或者FORCITE是可以的。。。。
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55楼2011-04-26 15:37:18
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 解答奖赏 2011-04-26 16:36:29
引用回帖:
Originally posted by xuekechuang at 2011-04-26 14:24:31:
我想问一下，怎样才能学好MS，有没有这方面详细的资料？

你只能看help文件和 tutorial了。。。。
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56楼2011-04-26 15:37:46
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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by xuekechuang at 2011-04-26 14:24:31:
我想问一下，怎样才能学好MS，有没有这方面详细的资料？

分子模拟板块前期分享过很多关于materials studio的学习知识和详细例子，你可以搜搜下载。
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57楼2011-04-26 16:39:59
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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-04-26 14:58:16:
这个是VISUAL STUDIO吗？？？

是VISUAL STUDIO
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58楼2011-04-26 16:40:22
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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by andong1988 at 2011-04-26 15:07:09:
很好很强大，感谢楼主了，呵呵

欢迎提问，欢迎分享资料，欢迎提供解答，活动期间重奖金币。。。
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59楼2011-04-26 16:41:46
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llwwwh

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 提问奖赏 2011-04-26 19:23:23
现在想用分子动力学软件做离子液体的物理化学性质，例如粘度、扩散系数和电导率，不知道用什么软件最好，正在学习MS，是否能够达到目的？
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60楼2011-04-26 16:48:08
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+5): 解答奖赏 2011-04-26 19:23:59
引用回帖:
Originally posted by llwwwh at 2011-04-26 16:48:08:
现在想用分子动力学软件做离子液体的物理化学性质，例如粘度、扩散系数和电导率，不知道用什么软件最好，正在学习MS，是否能够达到目的？

MS5.5可以，但是MS5.0以前的版本是不行的，因为最新的MS的AC模块功能扩充的很多。。。。
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61楼2011-04-26 17:04:28
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winterz

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 提问奖赏 2011-04-26 19:24:16
讨论下关于ab initio MD的方法，我了解到有不少软件可以实现它，如：
VASP、CPMD、ABINIT、NWChem、CASTEP、DMol3等，目前我纠结于该使用哪个软件包来计算。各位高手能不能谈一谈以上这些（或某个）软件各自的优缺点，特别是现在大部分的审稿人对这些软件的认可程度。

[ Last edited by winterz on 2011-4-26 at 17:50 ]
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62楼2011-04-26 17:45:33
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nihao000

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+5): 解答奖赏 2011-04-26 19:24:52
引用回帖:
Originally posted by winterz at 2011-04-26 17:45:33:
讨论下关于ab initio MD的方法，我了解到有不少软件可以实现它，如：
VASP、CPMD、ABINIT、NWChem、CASTEP、DMol3等，目前我纠结于该使用哪个软件包来计算。各位高手能不能谈一谈以上这些（或某个）软件各自的优 ...

CPMD用的是Linux系统。具体怎么样没用过。但是这种算法的作者得了诺贝尔奖，可见一斑。


castep中的md是BOMD，Dmol3中的MD貌似也是。计算速度比较慢，根据个人经验，如果动力学跑500步，单机4核，4g内存的计算机估计得5天。

今天看了Castep和Dmol3中的keywords，貌似这两个模块不能做淬火，里面的温度控制只有一个温度！
没有initial temperature。

看文献上说CPMD可以液相-淬火，计算速度比BOMD快。

这是两种方法的计算速度与精度对比图
其他的没用过。
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63楼2011-04-26 18:36:31
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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)
求文献
Tire Cornering Simulation Using an Explicit Finite Element Analysis Code

  http://tiresciencetechnology.org ... _s1?isAuthorized=no
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64楼2011-04-26 22:19:14
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hitlidy

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 提问奖赏 2011-04-27 09:15:25
顶帖无条件！

希望多一些牛人来回答问题以解惑！

固液界面上纳米气泡应该用什么软件模拟呢？
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65楼2011-04-27 08:05:43
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 解答奖赏 2011-04-27 09:15:42
引用回帖:
Originally posted by andong1988 at 2011-04-25 15:39:15:
是从头算分子动力学吧？
MS的dmol3模块可以吗？

dmol3不可以做MD
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66楼2011-04-27 09:02:38
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-04-27 16:08:54
引用回帖:
Originally posted by hitlidy at 2011-04-27 08:05:43:
顶帖无条件！

希望多一些牛人来回答问题以解惑！

固液界面上纳米气泡应该用什么软件模拟呢？

你先得说，纳米气泡是什么物质构成的？固液界面倒是好做，用AC模块估计应该差不多，但是纳米气泡到底是什么呢？用MS中AC模块能否实现？
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67楼2011-04-27 11:40:05
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KLMM

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 回帖奖赏 2011-04-27 16:09:30
引用回帖:
Originally posted by 御剑江湖 at 2011-04-26 12:06:18:
一般都是用AMORPHOUS CELL建一个包含聚合物和水分子的体系！至于容不容易收敛，这跟你的体系大小及聚合物的性质有关！！
还有就是你在画完分子和生成cell之后要用discover优化一下，这样后面跑动力学才比较容 ...

怎么样就说明不收敛啊？？因为对一个周期性的体系，分子数没有变化啊，
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68楼2011-04-27 15:01:05
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KLMM

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 回帖奖赏 2011-04-27 16:10:03
引用回帖:
Originally posted by nihao000 at 2011-04-25 09:41:37:
原帖地址http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3119236&pid=118825&page=1#pid118825

中国矿业大学分子模拟【个人认为很经典额】课件

对照ms的discover模块，很容易上手，
各种原理 ...

非常感谢，受益良多
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69楼2011-04-27 15:54:32
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dj_2015

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-04-25 21:27:58:
什么界面设计？

激光熔覆复合材料与基体间的界面设计
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70楼2011-04-27 20:50:27
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 回帖奖赏 2011-04-28 08:29:43
引用回帖:
Originally posted by dj_2015 at 2011-04-27 20:50:27:
激光熔覆复合材料与基体间的界面设计

matlab都可以做界面设计。。。
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71楼2011-04-27 21:40:51
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skytiankong

铁虫 (正式写手)
★
御剑江湖(金币+1): 回帖奖赏 2011-04-28 08:29:55
顶一个
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72楼2011-04-28 08:29:05
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草莓米粑

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 提问奖赏 2011-04-28 10:14:31
求助，下图中的 隐式溶剂以及 L-J Wall 如何设置？  小菜鸟谢大家。
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74楼2011-04-28 09:31:59
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Ben9908

银虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 回答奖赏 2011-05-01 22:57:09
动力学模拟蛋白质，amber力场还是不错的
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75楼2011-04-30 06:13:04
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whl2dxl

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 提问奖赏 2011-05-01 22:58:25
问一下hartree和kj/mol的转换，就只是简单的乘以2625.500就可以了吗？
我这样做了以后为什么跟gromacs计算出的单点能还是有点出入，先谢谢大家了
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76楼2011-04-30 13:08:16
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274273

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+1): 提问奖赏 2011-05-01 22:58:40
御剑江湖(金币+1): 提问奖赏 2011-05-01 22:58:45
怎么做差分密度图
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77楼2011-05-01 12:20:58
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kaiwddf

金虫 (小有名气)
很好很强大
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79楼2011-05-02 21:18:12
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lan626

银虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-04-26 15:37:18:
估计discover或者FORCITE是可以的。。。。

想问下，discover和forcite在跑MD时有什么区别呢？
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80楼2011-05-03 16:32:56
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by lan626 at 2011-05-03 16:32:56:
想问下，discover和forcite在跑MD时有什么区别呢？

能够使用的力场不同而已，其实我觉得算法差别应该不会很大。。。
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81楼2011-05-03 20:07:30
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lan626

银虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
求助：有人用MS中的GULP拟合过力场参数吗？
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82楼2011-05-04 08:51:26
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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by weixiaorong at 2011-04-25 11:02:47:
怎么模拟淬火过程？

fix   2 all npt temp 1473 298 0.1 iso 0.0 0.0 30.0
把“ Tdamp（温度阻尼参数0.1）”设置1.0试试，你淬火过程中压力有变化么？为什么要设置你的压力阻尼参数，如果压力阻力参数30.0不起作用，你将它设置为0.0，试试再说吧。
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83楼2011-05-04 16:51:43
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skytiankong73楼
2011-04-28 08:30  
miaojiabing78楼
2011-05-01 15:53  
御剑江湖(金币+1): 回帖奖赏 2011-05-01 22:59:01
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