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御剑江湖

无虫

[交流] 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”





为活跃本版气氛，加强本版专业实力，
分子模拟板块将于2011年4月25日---2011年4月29日举行“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”活动


活动主题：“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”活动

活动内容：
活动涉及内容包括经典/第一性原理分子动力学，Monte-Carlo，分子力学等方法的基本原理，相关软件或代码（如Discover-Studio，sybyl，autodock，Gromacs，NAMD，amber，CHARMM，LAMMPS，materials studio，DL_POLY,XMD,Materials-Explorer，CPMD 及其他数据可视化软件VMD,atomeye,xmovie,pymol等）的使用模拟出现的问题及各种资源共享，以及它们在纳米材料，表面/界面，块体材料和溶液，高分子，生物体系中的实际应用。
欢迎熟悉其中一个或多个方面的虫子参与本次活动。

活动形式：采用现场提问，现场解答的形式，活动结束后，将做出此活动专辑，形成一份PDF文件，供虫子们下载，活动结束后将由分子模拟版主委员会及群众投票评出”十大星虫“并给予适当金币奖赏。

奖励办法：500金币做为此活动奖赏，无论提问或是回答都得奖赏，只要回帖就领金币，提问奖1-3个金币，回答奖5-10个金币，对于经典回帖，经典解答，视情况分子模拟板块将再加奖赏金币，活动将由分子模拟版主委员会及群众投票评出”十大星虫“。

[ Last edited by ghcacj on 2011-4-25 at 09:25 ]
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1楼 2011-04-25 09:17:41
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andong1988

主管区长

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★ ★ ★ ★
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御剑江湖(金币+3): 提问奖赏 2011-04-25 15:20:09
[求助] MS分子动力学那个模块能处理断键和成键啊？

小虫子做无定形碳的模拟，按照文献上的说法用熔融淬火法，但是用ms的discover在6500K跑了以后发现金刚石晶体的键一个也没有断掉。按理说金刚石的熔点是3825K，在6500K应该能熔融啊。

后来听说discover不能处理断键和成键。

所以小弟在这里问一下，MS的哪个模块能处理啊？

如能解惑，感激涕零！！

还有哦就是，如果MS不能做，那还有什么软件能替代呢？
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27楼2011-04-25 14:25:31
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yylazy

主管区长

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
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御剑江湖(金币+3): 只要提问就奖 2011-04-25 09:32:01
谁会用DS作分子轨道图形？能做吗
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2楼2011-04-25 09:27:16
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nihao000

超级版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
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御剑江湖(金币+3): 只要提问就奖 2011-04-25 09:39:08
顶lz
我有个问题困扰了我半个月了。

非晶态淬火的相关问题。

比如非晶碳。  文献上说“液相--快淬”制非晶。

我用discover操作，不能改变键的配位，不能断键、成键。
所以用Dmol3来做，可是里面不知道怎么淬火！具体怎么操作。

Dmol3里的dynamics只有一个温度选项。而且计算非常慢。怎么淬火？

（1）Dmol3要成键，段键，改变配位，怎样设置参数？
（2）Dmol3怎样淬火？是否先用discover淬火，然后用Dmol3成键？
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2011-04-25 09:37:14
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nihao000

管理员

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
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御剑江湖(金币+10, 模拟EPI+1): 分享资源重奖，欢迎再来 2011-04-25 09:46:01
原帖地址http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3119236&pid=118825&page=1#pid118825

中国矿业大学分子模拟【个人认为很经典额】课件

对照ms的discover模块，很容易上手，
各种原理，各种解释。

新手必备，老鸟提高必备！

能让人形成系统的知识体系！

废话不多说，上连接，总共11个文件
下载链接无需注册，直接下载，方便虫子们！

1、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872882.html
2、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872883.html
3、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872884.html
4、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872888.html
5、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872889.html
6、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872998.html
7、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873001.html
8、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873002.html
9、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872999.html
10、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873000.html
11、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873019.html



附送MS castep 计算化学高级教程 、中国石油大学+创腾培训.pdf
http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873015.html
http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873018.html
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4楼2011-04-25 09:41:37
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