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汕头大学海洋科学接受调剂
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yangjianchen

铜虫 (小有名气)


[交流] 【求助/交流】real time PCR如何去掉杂峰

在做定量PCR的时候溶解曲线中所要的峰旁边出现了一个稍低一点的峰,这个峰与需要的峰是相连的,请问是什么原因?如何解决!

谢谢
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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by yangjianchen at 2011-04-01 17:25:14:
在做定量PCR的时候溶解曲线中所要的峰旁边出现了一个稍低一点的峰,这个峰与需要的峰是相连的,请问是什么原因?如何解决!

谢谢

……今晚做了个Real-time PCR,出现跟你一样的情况了,并且阴性对照也有扩增,且阴性对照的峰还跟样品的峰位置一样,得出的定量结果也跟预期的差好远。估计我的引物也不好。明天把退火温度从55提高到60试试……God bless me……
3楼2011-04-26 00:56:23
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★ ★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金币+6, EPI+1): good 2011-04-01 20:02:24
yangjianchen(金币+1): 非常感谢,按照你的方法我再尝试下 2011-04-03 10:10:33
yangjianchen(金币+1): 2011-04-26 00:53:22
这个杂峰可能是非特异扩增的产物。可以尝试提高退火温度(如2℃),缩短延伸时间,降低引物浓度,降低镁离子浓度等方法。如不奏效,恐怕得重新设计引物了,尽量避免错配、引物二聚体的形成和发夹结构。
还有一个可能是基因组DNA的污染。
2楼2011-04-01 19:24:34
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引用回帖:
Originally posted by yangjianchen at 2011-04-01 17:25:14:
在做定量PCR的时候溶解曲线中所要的峰旁边出现了一个稍低一点的峰,这个峰与需要的峰是相连的,请问是什么原因?如何解决!

谢谢

楼主你问题解决了没?呵呵~
4楼2011-04-26 00:57:25
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david_xmu

金虫 (小有名气)


★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
dhd997(金币+3): good 2011-04-26 18:56:22
在设计引物的时候,注意一下扩增产物的大小,虽然说扩增产物越小,PCR效率越高,但是太小的话,比如70~80bp左右,跟引物二聚体差不多大,这样即使产生了引物二聚体,也无法通过溶解曲线或者跑胶来区分开,我一般都设计成120~150 bp左右吧。仅供参考。
5楼2011-04-26 05:54:56
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