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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】real time PCR如何去掉杂峰
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yangjianchen

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】real time PCR如何去掉杂峰

在做定量PCR的时候溶解曲线中所要的峰旁边出现了一个稍低一点的峰，这个峰与需要的峰是相连的，请问是什么原因？如何解决！

谢谢
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1楼 2011-04-01 17:25:14
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david_xmu

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
dhd997(金币+3): good 2011-04-26 18:56:22
在设计引物的时候，注意一下扩增产物的大小，虽然说扩增产物越小，PCR效率越高，但是太小的话，比如70~80bp左右，跟引物二聚体差不多大，这样即使产生了引物二聚体，也无法通过溶解曲线或者跑胶来区分开，我一般都设计成120~150 bp左右吧。仅供参考。
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5楼2011-04-26 05:54:56
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
★ ★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金币+6, EPI+1): good 2011-04-01 20:02:24
yangjianchen(金币+1): 非常感谢，按照你的方法我再尝试下 2011-04-03 10:10:33
yangjianchen(金币+1): 2011-04-26 00:53:22
这个杂峰可能是非特异扩增的产物。可以尝试提高退火温度（如2℃），缩短延伸时间，降低引物浓度，降低镁离子浓度等方法。如不奏效，恐怕得重新设计引物了，尽量避免错配、引物二聚体的形成和发夹结构。
还有一个可能是基因组DNA的污染。
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2楼2011-04-01 19:24:34
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by yangjianchen at 2011-04-01 17:25:14:
在做定量PCR的时候溶解曲线中所要的峰旁边出现了一个稍低一点的峰，这个峰与需要的峰是相连的，请问是什么原因？如何解决！

谢谢

……今晚做了个Real-time PCR，出现跟你一样的情况了，并且阴性对照也有扩增，且阴性对照的峰还跟样品的峰位置一样，得出的定量结果也跟预期的差好远。估计我的引物也不好。明天把退火温度从55提高到60试试……God bless me……
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3楼2011-04-26 00:56:23
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by yangjianchen at 2011-04-01 17:25:14:
在做定量PCR的时候溶解曲线中所要的峰旁边出现了一个稍低一点的峰，这个峰与需要的峰是相连的，请问是什么原因？如何解决！

谢谢

楼主你问题解决了没？呵呵~
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4楼2011-04-26 00:57:25
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