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上官小小

木虫 (小有名气)


[交流] 【求助/交流】NCBI中细菌Blast比对100%能不能说是一个种

我测序得到一株菌,经NCBI Blast 比对后发现有三株菌的 Max score 相同 ;Total score相同 ;Query coverage 100% ; E value 均是0   ;Max ident 都是100%。我能不能说我得到的这个菌,与比对的那两个菌是同一个种,它们是一模一样的?还用不用鉴定G+C%含量,做DNA-DNA杂交?
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charon1982

铁杆木虫 (著名写手)



上官小小(金币+1):谢谢参与
上官小小(金币+1): 2011-02-25 15:01:51
16s 同源性大于97%,可以认为是同一个种,但有例外,有同源性100%鉴定为不同种的;如果你没有发现生理生化等表值特征差异或新功能,没有必要再去鉴定
3楼2011-02-25 08:31:05
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上官小小(金币+1):谢谢参与
上官小小(金币+1): 2011-02-25 15:01:54
看你接下来这个菌用来干什么了,如果不是专门发表细菌鉴定及分类的文章的话就不用再做了。

不过貌似你的菌也不是什么新种,所以做那些貌似也没有多大必要了。

写文章的时候也没必要说和它就是同一个种,只说16S序列的相似性100%就行了,

大家都明白怎么回事儿。

[ Last edited by brightfuture01 on 2011-2-24 at 23:26 ]
2楼2011-02-24 23:25:00
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rural2084

木虫 (正式写手)



上官小小(金币+1):谢谢参与
上官小小(金币+1): 2011-02-25 15:01:46
不一定,只要大于97%,就可能是一个种,有时比对下来有几个种是大于97%的,即使是100%也要跟模式菌株进行比对
4楼2011-02-25 08:43:02
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