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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】autodock 对接时间问题
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

[交流] 【讨论】autodock 对接时间问题 已有2人参与

请教个问题，大家做autodock时，对接一次一般用多久？

我做了几个蛋白靶点的dock，发现好慢啊，在（ubuntu10.0;双核2.0Hz）电脑上一般得2~3个小时。。。。不知道是跟机器有关还是本身就这样？
另外有用autodock做虚拟筛选的虫友吗？帮忙考察下这个配置的可行性。。。Intel 5600,80刀的服务器，不胜感谢！
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1楼 2010-12-24 18:43:32
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03
自己顶一下。。。。。人气惨淡。。。
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2楼2010-12-24 23:02:27
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03
无语了。。。。难道没有做过的？算了，还是用gold和MVD吧
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3楼2010-12-25 08:52:17
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
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Originally posted by houxuben at 2010-12-24 18:43:32:
请教个问题，大家做autodock时，对接一次一般用多久？

我做了几个蛋白靶点的dock，发现好慢啊，在（ubuntu10.0;双核2.0Hz）电脑上一般得2~3个小时。。。。不知道是跟机器有关还是本身就这样？
另外有用autodo ...

ubuntu10.04,I3, 286个残基的蛋白，grid间距默认值，配体三个柔性键，30min
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4楼2010-12-25 10:09:38
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03
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Originally posted by zh1987hs at 2010-12-25 10:09:38:

ubuntu10.04,I3, 286个残基的蛋白，grid间距默认值，配体三个柔性键，30min

谢谢，看来还是有提升的可能性，有空去工作站试一下
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5楼2010-12-25 18:27:00
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
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Originally posted by houxuben at 2010-12-25 18:27:00:

谢谢，看来还是有提升的可能性，有空去工作站试一下

呵呵~俺们没有工作站，只能自己用单机计算了~AD上有问题俺们多交流~我也做过一段时间的AD
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6楼2010-12-25 21:21:57
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03
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Originally posted by zh1987hs at 2010-12-25 21:21:57:

呵呵~俺们没有工作站，只能自己用单机计算了~AD上有问题俺们多交流~我也做过一段时间的AD

我这也很纠结啊，又不是学计算机的，搞懂linux就挺费劲了，想着用别人写的脚本做AD的虚筛，看着就头疼。。。。
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7楼2010-12-25 23:06:50
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
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Originally posted by houxuben at 2010-12-25 23:06:50:


我这也很纠结啊，又不是学计算机的，搞懂linux就挺费劲了，想着用别人写的脚本做AD的虚筛，看着就头疼。。。。

不用太纠结，俺也不是专门做模拟的，据我所知，做虚拟筛选对电脑的要求还是比较高的。
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8楼2010-12-25 23:12:49
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03
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Originally posted by zh1987hs at 2010-12-25 23:12:49:

不用太纠结，俺也不是专门做模拟的，据我所知，做虚拟筛选对电脑的要求还是比较高的。

的确，药物所用的好像是64刀的还是多少来着，记不清楚了，筛个几百万的库还得个把月。最近发现了一个AD用于虚拟筛选的程序Divos，正在研究，官方说700compounds/CPU/Day
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9楼2010-12-26 00:04:22
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
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Originally posted by houxuben at 2010-12-26 00:04:22:


的确，药物所用的好像是64刀的还是多少来着，记不清楚了，筛个几百万的库还得个把月。最近发现了一个AD用于虚拟筛选的程序Divos，正在研究，官方说700compounds/CPU/Day

这个是AD官网上就有的，我不用虚拟筛选，主要做几种化合物的精细对接，要求的是精度，呵呵
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10楼2010-12-26 15:58:27
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