应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】autodock 对接时间问题
51/1返回列表
查看: 2217  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

[交流] 【讨论】autodock 对接时间问题 已有2人参与

请教个问题，大家做autodock时，对接一次一般用多久？

我做了几个蛋白靶点的dock，发现好慢啊，在（ubuntu10.0;双核2.0Hz）电脑上一般得2~3个小时。。。。不知道是跟机器有关还是本身就这样？
另外有用autodock做虚拟筛选的虫友吗？帮忙考察下这个配置的可行性。。。Intel 5600,80刀的服务器，不胜感谢！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接问题锦集

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-12-24 18:43:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by houxuben at 2010-12-25 18:27:00:

谢谢，看来还是有提升的可能性，有空去工作站试一下

呵呵~俺们没有工作站，只能自己用单机计算了~AD上有问题俺们多交流~我也做过一段时间的AD
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2010-12-25 21:21:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03
自己顶一下。。。。。人气惨淡。。。
回复此楼
2楼2010-12-24 23:02:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03
无语了。。。。难道没有做过的？算了，还是用gold和MVD吧
赞一下 回复此楼
3楼2010-12-25 08:52:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by houxuben at 2010-12-24 18:43:32:
请教个问题，大家做autodock时，对接一次一般用多久？

我做了几个蛋白靶点的dock，发现好慢啊，在（ubuntu10.0;双核2.0Hz）电脑上一般得2~3个小时。。。。不知道是跟机器有关还是本身就这样？
另外有用autodo ...

ubuntu10.04,I3, 286个残基的蛋白，grid间距默认值，配体三个柔性键，30min
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-12-25 10:09:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭