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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

[交流] 【讨论】autodock 对接时间问题 已有2人参与

请教个问题,大家做autodock时,对接一次一般用多久?

我做了几个蛋白靶点的dock,发现好慢啊,在(ubuntu10.0;双核2.0Hz)电脑上一般得2~3个小时。。。。不知道是跟机器有关还是本身就这样?
另外有用autodock做虚拟筛选的虫友吗?帮忙考察下这个配置的可行性。。。Intel 5600,80刀的服务器,不胜感谢!
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

自己顶一下。。。。。人气惨淡。。。
2楼2010-12-24 23:02:27
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

无语了。。。。难道没有做过的?算了,还是用gold和MVD吧
3楼2010-12-25 08:52:17
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by houxuben at 2010-12-24 18:43:32:
请教个问题,大家做autodock时,对接一次一般用多久?

我做了几个蛋白靶点的dock,发现好慢啊,在(ubuntu10.0;双核2.0Hz)电脑上一般得2~3个小时。。。。不知道是跟机器有关还是本身就这样?
另外有用autodo ...

ubuntu10.04,I3, 286个残基的蛋白,grid间距默认值,配体三个柔性键,30min
4楼2010-12-25 10:09:38
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-12-25 10:09:38:

ubuntu10.04,I3, 286个残基的蛋白,grid间距默认值,配体三个柔性键,30min

谢谢,看来还是有提升的可能性,有空去工作站试一下
5楼2010-12-25 18:27:00
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by houxuben at 2010-12-25 18:27:00:

谢谢,看来还是有提升的可能性,有空去工作站试一下

呵呵~俺们没有工作站,只能自己用单机计算了~AD上有问题俺们多交流~我也做过一段时间的AD
6楼2010-12-25 21:21:57
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-12-25 21:21:57:

呵呵~俺们没有工作站,只能自己用单机计算了~AD上有问题俺们多交流~我也做过一段时间的AD

我这也很纠结啊,又不是学计算机的,搞懂linux就挺费劲了,想着用别人写的脚本做AD的虚筛,看着就头疼。。。。
7楼2010-12-25 23:06:50
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by houxuben at 2010-12-25 23:06:50:


我这也很纠结啊,又不是学计算机的,搞懂linux就挺费劲了,想着用别人写的脚本做AD的虚筛,看着就头疼。。。。

不用太纠结,俺也不是专门做模拟的,据我所知,做虚拟筛选对电脑的要求还是比较高的。
8楼2010-12-25 23:12:49
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-12-25 23:12:49:

不用太纠结,俺也不是专门做模拟的,据我所知,做虚拟筛选对电脑的要求还是比较高的。

的确,药物所用的好像是64刀的还是多少来着,记不清楚了,筛个几百万的库还得个把月。最近发现了一个AD用于虚拟筛选的程序Divos,正在研究,官方说700compounds/CPU/Day
9楼2010-12-26 00:04:22
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
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Originally posted by houxuben at 2010-12-26 00:04:22:


的确,药物所用的好像是64刀的还是多少来着,记不清楚了,筛个几百万的库还得个把月。最近发现了一个AD用于虚拟筛选的程序Divos,正在研究,官方说700compounds/CPU/Day

这个是AD官网上就有的,我不用虚拟筛选,主要做几种化合物的精细对接,要求的是精度,呵呵
10楼2010-12-26 15:58:27
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