24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 2309  |  回复: 11
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

[交流] 【讨论】autodock 对接时间问题 已有2人参与

请教个问题,大家做autodock时,对接一次一般用多久?

我做了几个蛋白靶点的dock,发现好慢啊,在(ubuntu10.0;双核2.0Hz)电脑上一般得2~3个小时。。。。不知道是跟机器有关还是本身就这样?
另外有用autodock做虚拟筛选的虫友吗?帮忙考察下这个配置的可行性。。。Intel 5600,80刀的服务器,不胜感谢!
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接问题锦集

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-12-25 23:12:49:

不用太纠结,俺也不是专门做模拟的,据我所知,做虚拟筛选对电脑的要求还是比较高的。

的确,药物所用的好像是64刀的还是多少来着,记不清楚了,筛个几百万的库还得个把月。最近发现了一个AD用于虚拟筛选的程序Divos,正在研究,官方说700compounds/CPU/Day
9楼2010-12-26 00:04:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

自己顶一下。。。。。人气惨淡。。。
2楼2010-12-24 23:02:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

无语了。。。。难道没有做过的?算了,还是用gold和MVD吧
3楼2010-12-25 08:52:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by houxuben at 2010-12-24 18:43:32:
请教个问题,大家做autodock时,对接一次一般用多久?

我做了几个蛋白靶点的dock,发现好慢啊,在(ubuntu10.0;双核2.0Hz)电脑上一般得2~3个小时。。。。不知道是跟机器有关还是本身就这样?
另外有用autodo ...

ubuntu10.04,I3, 286个残基的蛋白,grid间距默认值,配体三个柔性键,30min
4楼2010-12-25 10:09:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 初试分332,一志愿报考西北工业大学, +10 故人?? 2026-04-09 10/500 2026-04-09 21:26 by bljnqdcc
[考研] 293调剂 +22 yj1221 2026-04-08 23/1150 2026-04-09 21:15 by wutongshun
[考研] 312求调剂 +3 李鸿飞飞 2026-04-06 3/150 2026-04-09 17:32 by wp06
[考研] 0703化学调剂325分 +13 15771691647 2026-04-04 15/750 2026-04-09 16:55 by 15771691647
[考研] 26考研调剂0710 0860 +10 补补不补 2026-04-03 15/750 2026-04-09 11:13 by ditto77778
[考研] 283求调剂 +19 A child 2026-04-04 19/950 2026-04-08 14:26 by xingguangj
[考研] 求材料调剂,一志愿郑州大学289分 +21 硕星赴 2026-04-03 21/1050 2026-04-08 11:55 by 猪会飞
[考研] 284求调剂 +17 梵@@ 2026-04-06 17/850 2026-04-08 11:35 by 1shin_ichi
[考研] 304求调剂(085602,过四级,一志愿985) +25 化工人999 2026-04-04 26/1300 2026-04-07 22:06 by hemengdong
[考研] 农学,求调剂,314分 +4 访客记录可爱 2026-04-04 4/200 2026-04-07 21:07 by 等岸
[考研] 求调剂 +4 电气小神童 2026-04-04 6/300 2026-04-07 00:14 by guanxin1001
[考研] 求调剂 +5 小沢 2026-04-03 5/250 2026-04-06 22:45 by 875465
[考研] 生物学调剂 可调剂到生物与医药 +3 李政莹 2026-04-06 3/150 2026-04-06 19:02 by macy2011
[考研] 化学357分,考研调剂 +11 .Starry. 2026-04-04 12/600 2026-04-06 06:28 by houyaoxu
[考研] 334求调剂 +8 曾仰之 2026-04-03 8/400 2026-04-04 11:16 by w_xuqing
[考研] 387求调剂 +4 爱吃片豆土 2026-04-03 5/250 2026-04-04 08:10 by 岸上的一条鱼
[考研] 289-求调剂 +4 这里是_ 2026-04-03 4/200 2026-04-03 14:23 by 1753564080
[考研] 工科341分调剂 +3 洛多罗 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:20 by 1753564080
[考研] 一志愿北京交通大学材料工程总分358 +4 cs0106 2026-04-03 4/200 2026-04-03 13:41 by 百灵童888
[考研] 材料调剂 +4 一样YWY 2026-04-03 4/200 2026-04-03 09:48 by 蓝云思雨
信息提示
请填处理意见