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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】引物设计
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lij2

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】引物设计

想针对乳球菌16srDNA特异片段做荧光定量PCR，把序列发给宝生物的说设计不出来。哭~~~~~~~~序列如下：
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTTGAGCGATGAAGATTGGTGCTTGCACCAATTTGAAGAGCAGCGAACGGGTGAGTAACGCGTGGGGAATCTGCCTTTGAGCGGGGGACAACATTTGGAAACGAATGCTAATACCGCATAATAACTTTAAACATAAGTTTTAAGTTTGAAAGATGCAATTGCATCACTCAAAGATGATCCCGCGTTGTATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAAGGCTCACCAAGGCGATGATACATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCGGCAATGGACGAAAGTCTGACCGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGGTAGAGAAGAACGTTGGTGAGAGTGGAAAGCTCATCAAGTGACGGTAACTACCCAGAAAGGGACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTCCCGAGCGTTGTCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGTGGTTTATTAAGTCTGGTGTAAAAGGCAGTGGCTCAACCATTGTATGCATTGGAAACTGGTAGACTTGAGTGCAGGAGAGGAGAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCGGTGGCGAAAGCGGCTCTCTGGCCTGTAACTGACACTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAGATGTAGGGAGCTATAAGTTCTCTGTATCGCAGCTAACGCAATAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATACTCGTGCTATTCCTAGAGATAGGAAGTTCCTTCGGGACACGGGATACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATTGTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAACGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGATGGTACAACGAGTCGCGAGACAGTGATGTTTAGCTAATCTCTTAAAACCATTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCACGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGGGAGTTGGGAGTACCCGAAGTAGGTTGCCTAACCGCAAGGAGGGCGCTTCCTAAGGTAAGACCGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTA
请高手帮忙看看，真的没法设计特异引物和探针吗？
谢谢~
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1楼 2010-11-30 12:43:17
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bigbangrex

铁杆木虫 (小有名气)
lij2(金币+1):如果实在没发设计探针就只有用染料了 2010-11-30 19:10:02
一定要设计探针吗，sybrgreen的可以不
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2楼2010-11-30 13:20:48
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zhaohq1209

铁杆木虫 (著名写手)
★
dhd997(金币+1):热心鼓励 2010-11-30 14:57:07
lij2(金币+1):16s不是每个种都有特异部分吗？在特异区域设计的引物不就有特异性吗？ 2010-11-30 19:11:26
lij2(金币+5):多谢了~ 2010-12-02 13:33:12
16S一般扩增1000bp左右，特异性的引物不好设计，一般都是PCR后测序
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3楼2010-11-30 13:29:24
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hyw1989960

木虫 (正式写手)
★
dhd997(金币+1):鼓励交流 2010-11-30 14:57:22
lij2(金币+1):是想在16s特异区设计引物探针，测这种菌的量。可行吗？ 2010-11-30 19:12:42
你想针对16s做荧光定量，还是把他当做内参基因，16s也是很稳定的基因，表达量基本不变化，根本不用做荧光定量吧！内参基因的话倒是可以
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4楼2010-11-30 14:52:19
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lij2

金虫 (小有名气)
谢谢楼上几位的热心。继续请教~
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5楼2010-11-30 19:13:13
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lij2

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by hyw1989960 at 2010-11-30 14:52:19:
你想针对16s做荧光定量，还是把他当做内参基因，16s也是很稳定的基因，表达量基本不变化，根本不用做荧光定量吧！内参基因的话倒是可以

能设计出特异引物吗？是想测肠道中这种菌的量。可行吗？谢谢~
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6楼2010-12-01 12:59:14
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hyw1989960

木虫 (正式写手)
lij2(金币+5):谢谢一直以来的帮助 2010-12-02 13:30:56
引用回帖:
Originally posted by lij2 at 2010-12-01 12:59:14:

能设计出特异引物吗？是想测肠道中这种菌的量。可行吗？谢谢~

那你首先要看这种菌的16s差异在哪？肠道内细菌的16s同源性很高，测浓度的话还是采用别的方法吧，如果文献有报道的话，你可以参考一下文献
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7楼2010-12-01 14:13:15
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张_小敏

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你好 我想做乳球菌的属特异性PCR   你那里做过么  做了好几对引物了  特异性都不强  你那里有合适的引物么
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8楼2016-07-20 16:06:48
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