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lij2

金虫 (小有名气)


[交流] 【求助/交流】引物设计

想针对乳球菌16srDNA特异片段做荧光定量PCR,把序列发给宝生物的说设计不出来。哭~~~~~~~~序列如下:
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTTGAGCGATGAAGATTGGTGCTTGCACCAATTTGAAGAGCAGCGAACGGGTGAGTAACGCGTGGGGAATCTGCCTTTGAGCGGGGGACAACATTTGGAAACGAATGCTAATACCGCATAATAACTTTAAACATAAGTTTTAAGTTTGAAAGATGCAATTGCATCACTCAAAGATGATCCCGCGTTGTATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAAGGCTCACCAAGGCGATGATACATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCGGCAATGGACGAAAGTCTGACCGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGGTAGAGAAGAACGTTGGTGAGAGTGGAAAGCTCATCAAGTGACGGTAACTACCCAGAAAGGGACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTCCCGAGCGTTGTCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGTGGTTTATTAAGTCTGGTGTAAAAGGCAGTGGCTCAACCATTGTATGCATTGGAAACTGGTAGACTTGAGTGCAGGAGAGGAGAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCGGTGGCGAAAGCGGCTCTCTGGCCTGTAACTGACACTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAGATGTAGGGAGCTATAAGTTCTCTGTATCGCAGCTAACGCAATAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATACTCGTGCTATTCCTAGAGATAGGAAGTTCCTTCGGGACACGGGATACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATTGTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAACGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGATGGTACAACGAGTCGCGAGACAGTGATGTTTAGCTAATCTCTTAAAACCATTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCACGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGGGAGTTGGGAGTACCCGAAGTAGGTTGCCTAACCGCAAGGAGGGCGCTTCCTAAGGTAAGACCGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTA
请高手帮忙看看,真的没法设计特异引物和探针吗?
谢谢~
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hyw1989960

木虫 (正式写手)



dhd997(金币+1):鼓励交流 2010-11-30 14:57:22
lij2(金币+1):是想在16s特异区设计引物探针,测这种菌的量。可行吗? 2010-11-30 19:12:42
你想针对16s做荧光定量,还是把他当做内参基因,16s也是很稳定的基因,表达量基本不变化,根本不用做荧光定量吧!内参基因的话倒是可以
4楼2010-11-30 14:52:19
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bigbangrex

铁杆木虫 (小有名气)


lij2(金币+1):如果实在没发设计探针就只有用染料了 2010-11-30 19:10:02
一定要设计探针吗,sybrgreen的可以不
2楼2010-11-30 13:20:48
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dhd997(金币+1):热心鼓励 2010-11-30 14:57:07
lij2(金币+1):16s不是每个种都有特异部分吗?在特异区域设计的引物不就有特异性吗? 2010-11-30 19:11:26
lij2(金币+5):多谢了~ 2010-12-02 13:33:12
16S一般扩增1000bp左右,特异性的引物不好设计,一般都是PCR后测序
3楼2010-11-30 13:29:24
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lij2

金虫 (小有名气)


谢谢楼上几位的热心。继续请教~
5楼2010-11-30 19:13:13
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