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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】引物设计
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lij2

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】引物设计

想针对乳球菌16srDNA特异片段做荧光定量PCR，把序列发给宝生物的说设计不出来。哭~~~~~~~~序列如下：
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTTGAGCGATGAAGATTGGTGCTTGCACCAATTTGAAGAGCAGCGAACGGGTGAGTAACGCGTGGGGAATCTGCCTTTGAGCGGGGGACAACATTTGGAAACGAATGCTAATACCGCATAATAACTTTAAACATAAGTTTTAAGTTTGAAAGATGCAATTGCATCACTCAAAGATGATCCCGCGTTGTATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAAGGCTCACCAAGGCGATGATACATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCGGCAATGGACGAAAGTCTGACCGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGGTAGAGAAGAACGTTGGTGAGAGTGGAAAGCTCATCAAGTGACGGTAACTACCCAGAAAGGGACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTCCCGAGCGTTGTCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGTGGTTTATTAAGTCTGGTGTAAAAGGCAGTGGCTCAACCATTGTATGCATTGGAAACTGGTAGACTTGAGTGCAGGAGAGGAGAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCGGTGGCGAAAGCGGCTCTCTGGCCTGTAACTGACACTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAGATGTAGGGAGCTATAAGTTCTCTGTATCGCAGCTAACGCAATAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATACTCGTGCTATTCCTAGAGATAGGAAGTTCCTTCGGGACACGGGATACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATTGTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAACGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGATGGTACAACGAGTCGCGAGACAGTGATGTTTAGCTAATCTCTTAAAACCATTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCACGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGGGAGTTGGGAGTACCCGAAGTAGGTTGCCTAACCGCAAGGAGGGCGCTTCCTAAGGTAAGACCGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTA
请高手帮忙看看，真的没法设计特异引物和探针吗？
谢谢~
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1楼 2010-11-30 12:43:17
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hyw1989960

木虫 (正式写手)
lij2(金币+5):谢谢一直以来的帮助 2010-12-02 13:30:56
引用回帖:
Originally posted by lij2 at 2010-12-01 12:59:14:

能设计出特异引物吗？是想测肠道中这种菌的量。可行吗？谢谢~

那你首先要看这种菌的16s差异在哪？肠道内细菌的16s同源性很高，测浓度的话还是采用别的方法吧，如果文献有报道的话，你可以参考一下文献
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7楼2010-12-01 14:13:15
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bigbangrex

铁杆木虫 (小有名气)
lij2(金币+1):如果实在没发设计探针就只有用染料了 2010-11-30 19:10:02
一定要设计探针吗，sybrgreen的可以不
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2楼2010-11-30 13:20:48
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zhaohq1209

铁杆木虫 (著名写手)
★
dhd997(金币+1):热心鼓励 2010-11-30 14:57:07
lij2(金币+1):16s不是每个种都有特异部分吗？在特异区域设计的引物不就有特异性吗？ 2010-11-30 19:11:26
lij2(金币+5):多谢了~ 2010-12-02 13:33:12
16S一般扩增1000bp左右，特异性的引物不好设计，一般都是PCR后测序
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-11-30 13:29:24
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hyw1989960

木虫 (正式写手)
★
dhd997(金币+1):鼓励交流 2010-11-30 14:57:22
lij2(金币+1):是想在16s特异区设计引物探针，测这种菌的量。可行吗？ 2010-11-30 19:12:42
你想针对16s做荧光定量，还是把他当做内参基因，16s也是很稳定的基因，表达量基本不变化，根本不用做荧光定量吧！内参基因的话倒是可以
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4楼2010-11-30 14:52:19
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