应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】amber并行安装测试出错（总感觉论坛越来越冷清了-_-!）
91/1返回列表
查看: 1067  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

petersen

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】amber并行安装测试出错（总感觉论坛越来越冷清了-_-!）

amber并行安装测试出错，前面串行安装非常顺利，make parallel也显示并行安装完成，但是并行测试始终通不过
make test.parallel.MM < /dev/null：
export TESTsander=/share/apps/amber10/exe/sander.MPI; make test.sander.BASIC
make[1]: Entering directory `/share/apps/amber10/test'
cd cytosine && ./Run.cytosine
[cluster:07680] *** Process received signal ***
[cluster:07680] Signal: Segmentation fault (11)
[cluster:07680] Signal code: Address not mapped (1)
[cluster:07680] Failing at address: 0x50
[cluster:07680] [ 0] /lib64/libpthread.so.0 [0x357dc0e7c0]
[cluster:07680] [ 1] /opt/openmpi/lib/libopen-rte.so.0(orte_util_encode_pidmap+0xdb) [0x2b4d87bb25eb]
[cluster:07680] [ 2] /opt/openmpi/lib/libopen-rte.so.0(orte_odls_base_default_get_add_procs_data+0x598) [0x2b4d87bc91b8]
[cluster:07680] [ 3] /opt/openmpi/lib/libopen-rte.so.0(orte_plm_base_launch_apps+0x10b) [0x2b4d87bd82bb]
[cluster:07680] [ 4] /opt/openmpi/lib/libopen-rte.so.0 [0x2b4d87bdc9d4]
[cluster:07680] [ 5] mpirun [0x403246]
[cluster:07680] [ 6] mpirun [0x402923]
[cluster:07680] [ 7] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf4) [0x357d01d994]
[cluster:07680] [ 8] mpirun [0x402859]
[cluster:07680] *** End of error message ***
Segmentation fault
  ./Run.cytosine:  Program error
make[1]: *** [test.sander.BASIC] Error 1
make[1]: Leaving directory `/share/apps/amber10/test'
make: *** [test.sander.BASIC.MPI] Error 2
好心人说可能是openmpi的版本问题，然后我就试了5个版本，没有一个测试通过的，当换到openmpi-1.2.9，索性make parallel都过不去了，请问该怎么办啊？？？？？
欢迎各位发表意见，不胜感激！希望这个帖子不要又是石沉大海～
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-11-26 16:23:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

petersen

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by chenhang07 at 2010-11-26 20:07:37:

谢谢了啊！
回复此楼
3楼2010-11-26 20:11:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenhang07

金虫 (正式写手)
大家都说说看amber怎么安装呢？
赞一下 回复此楼
4楼2010-11-27 07:58:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

夏天的鱼

木虫 (小有名气)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-11-27 13:17:22
引用回帖:
Originally posted by chenhang07 at 2010-11-27 07:58:38:
大家都说说看amber怎么安装呢？

这个问题我也碰到过，记得好像是环境变量那里有点问题，你source了没有？
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2010-11-27 09:06:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-11-27 13:17:34
petersen(金币+3): 2010-11-29 10:44:37
没有用过amber, 但是首先, 建议你make 的时候, 可以加 > log, 从而可以知道到底程序执行了哪些操作.

然后, 从你给出的信息来看, 显然是openmpi出了问题. 你或者尝试用mpich, 或者自己再仔细琢磨是openmpi哪里出了问题.

术业有专攻, 大家只能围着敲打敲打, 不一定能给出实际的帮助.
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2010-11-27 12:32:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

petersen

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 夏天的鱼 at 2010-11-27 09:06:45:

这个问题我也碰到过，记得好像是环境变量那里有点问题，你source了没有？

很显然，我source了，毕竟已经装了几天了，几乎尝试了所有的可能！
赞一下 回复此楼
7楼2010-11-28 11:12:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

petersen

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by qphll at 2010-11-27 12:32:42:
没有用过amber, 但是首先, 建议你make 的时候, 可以加 > log, 从而可以知道到底程序执行了哪些操作.

然后, 从你给出的信息来看, 显然是openmpi出了问题. 你或者尝试用mpich, 或者自己再仔细琢磨是openmpi哪 ...

谢谢了啊！mpich也试过了，也有这些错误，烦人啊！
赞一下 回复此楼
8楼2010-11-28 11:17:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cuiyoutian88

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
请问lz解决问题了吗？
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2011-12-15 10:54:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
chenhang072楼
2010-11-26 20:07   回复  
相关版块跳转 我要订阅楼主 petersen 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭