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【求助】amber并行安装测试出错(总感觉论坛越来越冷清了-_-!)
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amber并行安装测试出错,前面串行安装非常顺利,make parallel也显示并行安装完成,但是并行测试始终通不过 make test.parallel.MM < /dev/null: export TESTsander=/share/apps/amber10/exe/sander.MPI; make test.sander.BASIC make[1]: Entering directory `/share/apps/amber10/test' cd cytosine && ./Run.cytosine [cluster:07680] *** Process received signal *** [cluster:07680] Signal: Segmentation fault (11) [cluster:07680] Signal code: Address not mapped (1) [cluster:07680] Failing at address: 0x50 [cluster:07680] [ 0] /lib64/libpthread.so.0 [0x357dc0e7c0] [cluster:07680] [ 1] /opt/openmpi/lib/libopen-rte.so.0(orte_util_encode_pidmap+0xdb) [0x2b4d87bb25eb] [cluster:07680] [ 2] /opt/openmpi/lib/libopen-rte.so.0(orte_odls_base_default_get_add_procs_data+0x598) [0x2b4d87bc91b8] [cluster:07680] [ 3] /opt/openmpi/lib/libopen-rte.so.0(orte_plm_base_launch_apps+0x10b) [0x2b4d87bd82bb] [cluster:07680] [ 4] /opt/openmpi/lib/libopen-rte.so.0 [0x2b4d87bdc9d4] [cluster:07680] [ 5] mpirun [0x403246] [cluster:07680] [ 6] mpirun [0x402923] [cluster:07680] [ 7] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf4) [0x357d01d994] [cluster:07680] [ 8] mpirun [0x402859] [cluster:07680] *** End of error message *** Segmentation fault ./Run.cytosine: Program error make[1]: *** [test.sander.BASIC] Error 1 make[1]: Leaving directory `/share/apps/amber10/test' make: *** [test.sander.BASIC.MPI] Error 2 好心人说可能是openmpi的版本问题,然后我就试了5个版本,没有一个测试通过的,当换到openmpi-1.2.9,索性make parallel都过不去了,请问该怎么办啊????? 欢迎各位发表意见,不胜感激!希望这个帖子不要又是石沉大海~ |
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