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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】amber并行安装测试出错（总感觉论坛越来越冷清了-_-!）
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petersen

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】amber并行安装测试出错（总感觉论坛越来越冷清了-_-!）

amber并行安装测试出错，前面串行安装非常顺利，make parallel也显示并行安装完成，但是并行测试始终通不过
make test.parallel.MM < /dev/null：
export TESTsander=/share/apps/amber10/exe/sander.MPI; make test.sander.BASIC
make[1]: Entering directory `/share/apps/amber10/test'
cd cytosine && ./Run.cytosine
[cluster:07680] *** Process received signal ***
[cluster:07680] Signal: Segmentation fault (11)
[cluster:07680] Signal code: Address not mapped (1)
[cluster:07680] Failing at address: 0x50
[cluster:07680] [ 0] /lib64/libpthread.so.0 [0x357dc0e7c0]
[cluster:07680] [ 1] /opt/openmpi/lib/libopen-rte.so.0(orte_util_encode_pidmap+0xdb) [0x2b4d87bb25eb]
[cluster:07680] [ 2] /opt/openmpi/lib/libopen-rte.so.0(orte_odls_base_default_get_add_procs_data+0x598) [0x2b4d87bc91b8]
[cluster:07680] [ 3] /opt/openmpi/lib/libopen-rte.so.0(orte_plm_base_launch_apps+0x10b) [0x2b4d87bd82bb]
[cluster:07680] [ 4] /opt/openmpi/lib/libopen-rte.so.0 [0x2b4d87bdc9d4]
[cluster:07680] [ 5] mpirun [0x403246]
[cluster:07680] [ 6] mpirun [0x402923]
[cluster:07680] [ 7] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf4) [0x357d01d994]
[cluster:07680] [ 8] mpirun [0x402859]
[cluster:07680] *** End of error message ***
Segmentation fault
  ./Run.cytosine:  Program error
make[1]: *** [test.sander.BASIC] Error 1
make[1]: Leaving directory `/share/apps/amber10/test'
make: *** [test.sander.BASIC.MPI] Error 2
好心人说可能是openmpi的版本问题，然后我就试了5个版本，没有一个测试通过的，当换到openmpi-1.2.9，索性make parallel都过不去了，请问该怎么办啊？？？？？
欢迎各位发表意见，不胜感激！希望这个帖子不要又是石沉大海～
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1楼 2010-11-26 16:23:32
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chenhang07

金虫 (正式写手)
大家都说说看amber怎么安装呢？
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4楼2010-11-27 07:58:38
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petersen

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by chenhang07 at 2010-11-26 20:07:37:

谢谢了啊！
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3楼2010-11-26 20:11:31
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-11-27 13:17:22
引用回帖:
Originally posted by chenhang07 at 2010-11-27 07:58:38:
大家都说说看amber怎么安装呢？

这个问题我也碰到过，记得好像是环境变量那里有点问题，你source了没有？
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2010-11-27 09:06:45
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-11-27 13:17:34
petersen(金币+3): 2010-11-29 10:44:37
没有用过amber, 但是首先, 建议你make 的时候, 可以加 > log, 从而可以知道到底程序执行了哪些操作.

然后, 从你给出的信息来看, 显然是openmpi出了问题. 你或者尝试用mpich, 或者自己再仔细琢磨是openmpi哪里出了问题.

术业有专攻, 大家只能围着敲打敲打, 不一定能给出实际的帮助.
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2010-11-27 12:32:42
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