[交流] 【求助/交流】RNA中有没有DNA污染能通过电泳图看吗？

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1楼 2010-11-21 21:44:01

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phyllislhy

木虫 (正式写手)

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一般用DNase处理过的RNA和未处理过的RNA进行PCR，用保守引物扩增，DNA为对照，细菌用16S保守区，植物用actin或tubuline保守区扩一下，看电泳图的时候多调整一下亮度对比度什么的，如果有DNA污染就能看到了

11楼2010-11-24 15:45:42

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虫子火箭兵

金虫 (正式写手)

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dhd997(金币+1):谢谢交流 2010-11-22 08:30:47
lianyi1989(金币+1): 2010-11-24 12:55:53

当然可以了，基因组一般比较大，胶中的位置大约在胶空附近。而RNA基本上是三条带。位置大约在300-2000bp左右

2楼2010-11-21 23:19:43

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boouy

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dhd997(金币+1):谢谢交流 2010-11-22 08:31:05
lianyi1989(金币+1): 2010-11-24 12:55:59

电泳看得见已经是很明显了，痕量污染可以用PCR检测。

3楼2010-11-21 23:46:41

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amilie030312

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lstt09nk(金币+1):很热心，很积极，生物版欢迎你 2010-11-22 10:54:32
lianyi1989(金币+1): 2010-11-24 12:56:03

有些比较微量的残留是电泳看不出来的吧，但是PCR一放大肯定就能看出来了，所以最简单的办法是直接用抽提出来的RNA跑PCR看是否有条带出来，如果出来了就说明有污染啦。

4楼2010-11-22 10:05:37

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oditors

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lianyi1989(金币+1): 2010-11-24 12:59:04

楼主为什么不去测OD260/OD280呢？这样比较快！

5楼2010-11-24 00:52:49

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cake2008

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lstt09nk(金币+1):感谢交流 2010-11-24 12:46:27
lianyi1989(金币+1): 2010-11-24 12:57:54

如果只是做普通pcr之类，电泳和测OD值都可以，如2楼和5楼，如果做定量PCR或者northern blot，建议加DNA酶处理

6楼2010-11-24 09:15:58

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lianyi1989

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Originally posted by cake2008 at 2010-11-24 09:15:58:
如果只是做普通pcr之类，电泳和测OD值都可以，如2楼和5楼，如果做定量PCR或者northern blot，建议加DNA酶处理

我是要做荧光定量pcr的，是不是最好都用DNase1处理一遍呢？

7楼2010-11-24 12:58:47

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lianyi1989

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Originally posted by oditors at 2010-11-24 00:52:49:
楼主为什么不去测OD260/OD280呢？这样比较快！

你怎么通过OD260/OD280去看有没dna污染呢？我都测过的~

8楼2010-11-24 12:59:45

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oditors

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Originally posted by lianyi1989 at 2010-11-24 12:59:45:

你怎么通过OD260/OD280去看有没dna污染呢？我都测过的~

值比不是有一个范围的吗？http://www.helixnet.cn/bbs/thread-22578-1-1.html 你看一下这个吧

9楼2010-11-24 13:39:02

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wleileiyu555

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如果要做定量PCR,还是用DNase 处理一下吧，有时候DNA量很少只跑电泳是看不出来的，但是对定量PCR却有影响。

10楼2010-11-24 14:28:15

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wh-joseph

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4楼: Originally posted by amilie030312 at 2010-11-22 10:05:37
有些比较微量的残留是电泳看不出来的吧，但是PCR一放大肯定就能看出来了，所以最简单的办法是直接用抽提出来的RNA跑PCR看是否有条带出来，如果出来了就说明有污染啦。

一般是跑多少个循环呢，我最近提的RNA，DNA酶消化后45个循环还是有带，是还有残留吗