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lhm_hnyj

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】请教该如何确定用于引物设计的序列

应该是很初级的问题吧，可我还是弄不明白，大家体谅体谅门外汉吧。
我现在急需解决引物设计的问题用于下一步的实验，最终目的是通过特异引物PCR对物种进行真伪鉴别。
对不同产地、外观性状上确定为同一物种的少数样本测序，blast后确定为相同的种（分别都有100%的同源序列），可是相互间存在不小的差异，将两条大致比较了下五六百bp里头有54个位点有差异。如果设计特异引物，这几个不同产地的同种样本应该得出相同的电泳结果，与性状鉴别相呼应。对差异如此大的同一个种的不同序列，用来引物设计有没有可能呢。
也不知道我表述清楚没，暂且这样吧。
序列1：GTAACAAGGTCTCCGTTGGTGAACCAGCGGAGGGATCATTATCGAGTCACCACTCCCAAACCCCCTGCGAACACCACAGCAGTTGCCTCGGCGGGACCGCCCCGGCGCCCCAGGGCCCGGACCAGGGCGCCCGCCGGAGGACCCCCAGACCCTCCTGTCGCAGTGGCATCTCTCAGTCAAGAAGCAAGCAAATGAATCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAACCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGCCAGCACTCTGGCGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCATCTCAACCCTCGAGCCCCGCGCCGCCCCCTAAACGCAGTGGCGACCCCGCCGCGGCTCCCCTGCGCAGTAGCTCGCTGAGAACCTCGCACCGGGAGCGCGGAGGCGGTCACGCCGTGAAACCACCACACCCTCCAGTTGA
序列2：
TGGAAGTAAAAAATCGTAACAAGGTCTCCGTTAGTAAACTAGCGGAGGGATTATTATCGAGTTACCACTCCTAAACCCCCTGCGAATACTACAGCAGTTGCCTCGGCGGGACCGCCCCGGCGCCCTAGGGCCCGGACTAGGGCGCCCGCCGGAGGACCCTTAGACCCTCCTATCGCAGTAGCATCTCTTAGTTAAGAAGCAAGCAAATGAATTAAAACTTTTAATAACGGATCTCTTAGTTTTAGCATTAATAAAGAACGCAGCGAAATACGATAAGTAATGTAAATTGTAGAATTTAGTAAACTATCGAATCTTTAAACGTATATTACGCCCGCTAGCACTCTAGCGGGCATGCCTGTCCGAGCGTTACCTTAACCCTTAAGCCCCCCGCCTCGCGGCGGCGGGGCCCGGCCTTAGGGGTCACGGCCCCACGCCGCCCCCTAAACGCAGTAGCGACCCCGCCGCGGCTCTCCTACGCAATAGCTTACTAAGAACCTCGCACTAGGAGCGCGGAGGCGGTCACGCCGTAAAACCACTATACCCTCTAGTAACCTCG
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1楼 2010-11-02 15:35:23
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