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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】基因组酶切··和DNA 定量分析~谢谢！
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Silencess

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】基因组酶切··和DNA 定量分析~谢谢！已有3人参与

貌似一般酶切都用新提取的DNA `` 我想问下，用之前的DNA 做酶切会有很大的影响么？ 或者 ，-20℃保存条件下，DNA 在多久的期限内酶切效果会比较好呢？

还有就是 我想做一个DNA片段的定量·· 是不是 荧光定量PCR是比较好的选择？
如果是，要注意些什么呢？
  

        求高人指教，不甚感激！
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繁花似錦，年華散盡。
1楼2010-08-25 11:11:13
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banhf

新虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
silicare(金币+1):谢谢交流 2010-08-25 17:59:44
你的DNA可以先跑个脉冲看一下是否降解，再进行试验。
DNA保存时间过长可能会降解而影响酶切结果，如果需要长期保存，最好使其沉淀在70%乙醇中，用时吹干溶解即可。
你的定量如果没有特殊要求的话就用普通的琼脂糖电泳就可以了，DNA样品点一个梯度，Marker点一个梯度就能估出浓度了。
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2楼2010-08-25 14:41:54
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Silencess

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by banhf at 2010-08-25 14:41:54:
你的DNA可以先跑个脉冲看一下是否降解，再进行试验。
DNA保存时间过长可能会降解而影响酶切结果，如果需要长期保存，最好使其沉淀在70%乙醇中，用时吹干溶解即可。
你的定量如果没有特殊要求的话就用普通的琼脂 ...

呵呵· 谢谢哦~   这个DNA 的片段很小呢·· 我想测其在基因组中的拷贝数~
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繁花似錦，年華散盡。
3楼2010-08-26 09:09:27
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banhf

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你要测拷贝数的话可以做下southern blot
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4楼2010-08-26 13:02:28
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silicare

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荧光定量也可以
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5楼2010-08-26 13:31:30
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Silencess

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by banhf at 2010-08-26 13:02:28:
你要测拷贝数的话可以做下southern blot

southern 话 能具体定量么? 之前跟师兄做好像也没有具体的数值耶


  当然，，，我还不怎么了解、、。。
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6楼2010-08-27 09:04:43
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Silencess

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by silicare at 2010-08-26 13:31:30:
荧光定量也可以

那请问    如果做荧光定量的话 有什么要注意的么··？

看到的大部分帖子和文章都是反转录的·· 很少有DNA 水平的。。
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繁花似錦，年華散盡。
7楼2010-08-27 09:06:01
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silicare

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1949stone(金币+3):够热心 2010-08-28 14:45:33
引用回帖:
Originally posted by Silencess at 2010-08-27 09:06:01:



那请问    如果做荧光定量的话 有什么要注意的么··？

看到的大部分帖子和文章都是反转录的·· 很少有DNA 水平的。。

原理是想通的，只不过荧光定量有时候没有那么灵敏

比如拷贝数是5000和10000可能能够分开，但100和200就分不开了
号称最灵敏的roche也就是1000和2000拷贝的区分度
所以一般还是得southern的
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8楼2010-08-27 09:21:08
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Silencess

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by silicare at 2010-08-27 09:21:08:


原理是想通的，只不过荧光定量有时候没有那么灵敏

比如拷贝数是5000和10000可能能够分开，但100和200就分不开了
号称最灵敏的roche也就是1000和2000拷贝的区分度
所以一般还是得southern的

可是southern 只能看条带吧？  能具体定量呀？
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繁花似錦，年華散盡。
9楼2010-08-28 13:15:36
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silicare

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引用回帖:
Originally posted by Silencess at 2010-08-28 13:15:36:


可是southern 只能看条带吧？  能具体定量呀？

和western一样，灰度
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10楼2010-08-28 22:37:47
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