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Silencess

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】基因组酶切··和DNA 定量分析~谢谢! 已有3人参与

貌似一般酶切都用新提取的DNA `` 我想问下,用之前的DNA 做酶切会有很大的影响么? 或者 ,-20℃保存条件下,DNA 在多久的期限内酶切效果会比较好呢?

还有就是 我想做一个DNA片段的定量·· 是不是 荧光定量PCR是比较好的选择?
如果是,要注意些什么呢?
  

        求高人指教,不甚感激!
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banhf

新虫 (初入文坛)

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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
silicare(金币+1):谢谢交流 2010-08-25 17:59:44
你的DNA可以先跑个脉冲看一下是否降解,再进行试验。
DNA保存时间过长可能会降解而影响酶切结果,如果需要长期保存,最好使其沉淀在70%乙醇中,用时吹干溶解即可。
你的定量如果没有特殊要求的话就用普通的琼脂糖电泳就可以了,DNA样品点一个梯度,Marker点一个梯度就能估出浓度了。
2楼2010-08-25 14:41:54
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Silencess

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by banhf at 2010-08-25 14:41:54:
你的DNA可以先跑个脉冲看一下是否降解,再进行试验。
DNA保存时间过长可能会降解而影响酶切结果,如果需要长期保存,最好使其沉淀在70%乙醇中,用时吹干溶解即可。
你的定量如果没有特殊要求的话就用普通的琼脂 ...

呵呵· 谢谢哦~   这个DNA 的片段很小呢·· 我想测其在基因组中的拷贝数~
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3楼2010-08-26 09:09:27
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banhf

新虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
你要测拷贝数的话可以做下southern blot
4楼2010-08-26 13:02:28
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silicare

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荧光定量也可以
5楼2010-08-26 13:31:30
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Silencess

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by banhf at 2010-08-26 13:02:28:
你要测拷贝数的话可以做下southern blot

southern 话 能具体定量么? 之前跟师兄做好像也没有具体的数值耶


  当然,,,我还不怎么了解、、。。
繁花似錦,年華散盡。
6楼2010-08-27 09:04:43
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Silencess

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by silicare at 2010-08-26 13:31:30:
荧光定量也可以

那请问    如果做荧光定量的话 有什么要注意的么··?

看到的大部分帖子和文章都是反转录的·· 很少有DNA 水平的。。
繁花似錦,年華散盡。
7楼2010-08-27 09:06:01
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silicare

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1949stone(金币+3):够热心 2010-08-28 14:45:33
引用回帖:
Originally posted by Silencess at 2010-08-27 09:06:01:



那请问    如果做荧光定量的话 有什么要注意的么··?

看到的大部分帖子和文章都是反转录的·· 很少有DNA 水平的。。

原理是想通的,只不过荧光定量有时候没有那么灵敏

比如拷贝数是5000和10000可能能够分开,但100和200就分不开了
号称最灵敏的roche也就是1000和2000拷贝的区分度
所以一般还是得southern的
8楼2010-08-27 09:21:08
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Silencess

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by silicare at 2010-08-27 09:21:08:


原理是想通的,只不过荧光定量有时候没有那么灵敏

比如拷贝数是5000和10000可能能够分开,但100和200就分不开了
号称最灵敏的roche也就是1000和2000拷贝的区分度
所以一般还是得southern的

可是southern 只能看条带吧?  能具体定量呀?
繁花似錦,年華散盡。
9楼2010-08-28 13:15:36
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silicare

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引用回帖:
Originally posted by Silencess at 2010-08-28 13:15:36:


可是southern 只能看条带吧?  能具体定量呀?

和western一样,灰度
10楼2010-08-28 22:37:47
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