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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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fanta911

主管区长

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

[交流] 【求助/交流】关于系统发育树,如何鉴定菌种 已有5人参与

小弟分到一些内生真菌,并测序对its序列用MEGA做了一个ME树,这个树包括我测序的真菌its序列和在genbank上比对的序列,基本我的菌种都能做到已知的属里面,但是,我要写文章,怎么分析我的序列是属于某一个种呢,差多少个碱基才能算做是同一个种呢?求高手指点,有没有很详细的文献
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管理员

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
154965楼: Originally posted by fanta911 at 2010-07-03 21:21:48
小弟分到一些内生真菌,并测序对its序列用MEGA做了一个ME树,这个树包括我测序的真菌its序列和在genbank上比对的序列,基本我的菌种都能做到已知的属里面,但是,我要写文章,怎么分析我的序列是属于某一个种呢,差 ...

没有那么精确地,不是通过差几点碱基来定义的,判断是不是同种,一般先看同源性,即NCBI里面的max indent,然后用mega4.0做进化树,进化树做出来后,看相近的那个菌株跟你的菌株同源性的可靠性多高(即那个节点的数字,这个不是同源性,是可靠性,同源性只能通过NCBI的BLAST得出)。可靠性达到66以上即可认为是同一个属中的同种、亚种、变种,大于95才能判断是同种。而不是通过几个碱基来判断的,碱基差异多少只能判断同源性,与是否同种不是完全的就重叠。
做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
11楼2012-06-14 10:46:59
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普通回帖

欣晴5832

实习版主

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看天(金币+1):鼓励交流 2010-07-04 10:41:49
fanta911(金币+10): 2010-07-04 15:08:00
这个没有办法确定,有的时候即使是种内物种也会有个别碱基的差异,可以特别确定的只能说到属
2楼2010-07-04 09:40:25
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xixi1619

主管区长

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

你是不是做菌种资源的哦?这个基本的都不知道吗?
3楼2010-07-06 16:26:50
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fanta911

实习版主

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引用回帖:
Originally posted by xixi1619 at 2010-07-06 16:26:50:
你是不是做菌种资源的哦?这个基本的都不知道吗?

半路出家,不是很懂哦
4楼2010-07-08 15:45:23
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小艾_0066

超级版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

没办法哦,我也发过类似的文章,但是种就写了个sp.未知也没问题哦,鉴定到种的话还要做些生理生化实验哦,看看伯杰氏手册吧!
5楼2010-07-08 20:02:41
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sureast

兑换贵宾

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看天(金币+1):for your sharing 2010-07-10 17:26:51
引用回帖:
Originally posted by 小艾_0066 at 2010-07-08 20:02:41:
没办法哦,我也发过类似的文章,但是种就写了个sp.未知也没问题哦,鉴定到种的话还要做些生理生化实验哦,看看伯杰氏手册吧!

伯杰氏手册是细菌的。
我知道的鉴定基本都是形态观察,生理生化,分子基础鉴定三类。
真菌基本用形态学观察,能做的生理生化很少,再者就是分子了,建了树也很难说就是到种了,那样不太科学吧。我以前做了一个真菌和一个属内的4个种都差1、2个碱基,所以一直也没搞明白。

祈祷高人解答!!
6楼2010-07-08 20:26:13
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fanta911

版主

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引用回帖:
Originally posted by sureast at 2010-07-08 20:26:13:


伯杰氏手册是细菌的。
我知道的鉴定基本都是形态观察,生理生化,分子基础鉴定三类。
真菌基本用形态学观察,能做的生理生化很少,再者就是分子了,建了树也很难说就是到种了,那样不太科学吧。我以前做了一 ...

对啊 ,分子鉴定这一块觉得好麻烦啊,稀里糊涂的 不是很懂,很希望有个高手指点一下啊
7楼2010-07-10 17:26:13
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xixi1619

实习版主

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我们做细菌的和真菌不一样,真菌就不了解了,据说对于分子什么的不是很重要,主要是形态
8楼2010-07-10 17:44:43
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fanta911

实习版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

不是专业学生物信息学的 做这个觉得好难啊
9楼2010-07-12 10:13:52
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fanta911

版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

这方面的问题好多人提问啊,可惜一直没有高手来指点啊。请问虫友遇到过这种情况没,就是你测的菌株的ITS序列去genbank比对的时候,大部分有时候是不相关的uncultured fungi,这种情况怎么找到相关的菌株啊,有一个identity值,一般多少是可用的啊,多少可以订到属,多少可以定到科呢?
10楼2010-07-12 10:17:35
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