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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】关于系统发育树，如何鉴定菌种
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fanta911

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】关于系统发育树，如何鉴定菌种 已有5人参与

小弟分到一些内生真菌，并测序对its序列用MEGA做了一个ME树，这个树包括我测序的真菌its序列和在genbank上比对的序列，基本我的菌种都能做到已知的属里面，但是，我要写文章，怎么分析我的序列是属于某一个种呢，差多少个碱基才能算做是同一个种呢？求高手指点，有没有很详细的文献
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1楼 2010-07-03 21:21:48
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

416114799

至尊木虫 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
154965楼: Originally posted by fanta911 at 2010-07-03 21:21:48
小弟分到一些内生真菌，并测序对its序列用MEGA做了一个ME树，这个树包括我测序的真菌its序列和在genbank上比对的序列，基本我的菌种都能做到已知的属里面，但是，我要写文章，怎么分析我的序列是属于某一个种呢，差 ...

没有那么精确地，不是通过差几点碱基来定义的，判断是不是同种，一般先看同源性，即NCBI里面的max indent，然后用mega4.0做进化树，进化树做出来后，看相近的那个菌株跟你的菌株同源性的可靠性多高（即那个节点的数字，这个不是同源性，是可靠性，同源性只能通过NCBI的BLAST得出）。可靠性达到66以上即可认为是同一个属中的同种、亚种、变种，大于95才能判断是同种。而不是通过几个碱基来判断的，碱基差异多少只能判断同源性，与是否同种不是完全的就重叠。
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做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
11楼2012-06-14 10:46:59
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欣晴5832

金虫 (小有名气)
★
看天(金币+1):鼓励交流 2010-07-04 10:41:49
fanta911(金币+10): 2010-07-04 15:08:00
这个没有办法确定，有的时候即使是种内物种也会有个别碱基的差异，可以特别确定的只能说到属
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2楼2010-07-04 09:40:25
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xixi1619

银虫 (小有名气)
你是不是做菌种资源的哦？这个基本的都不知道吗？
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3楼2010-07-06 16:26:50
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fanta911

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by xixi1619 at 2010-07-06 16:26:50:
你是不是做菌种资源的哦？这个基本的都不知道吗？

半路出家，不是很懂哦
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4楼2010-07-08 15:45:23
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小艾_0066

新虫 (初入文坛)
没办法哦，我也发过类似的文章，但是种就写了个sp.未知也没问题哦，鉴定到种的话还要做些生理生化实验哦，看看伯杰氏手册吧！
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5楼2010-07-08 20:02:41
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sureast

金虫 (小有名气)
★
看天(金币+1):for your sharing 2010-07-10 17:26:51
引用回帖:
Originally posted by 小艾_0066 at 2010-07-08 20:02:41:
没办法哦，我也发过类似的文章，但是种就写了个sp.未知也没问题哦，鉴定到种的话还要做些生理生化实验哦，看看伯杰氏手册吧！

伯杰氏手册是细菌的。
我知道的鉴定基本都是形态观察，生理生化，分子基础鉴定三类。
真菌基本用形态学观察，能做的生理生化很少，再者就是分子了，建了树也很难说就是到种了，那样不太科学吧。我以前做了一个真菌和一个属内的4个种都差1、2个碱基，所以一直也没搞明白。

祈祷高人解答！！
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6楼2010-07-08 20:26:13
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fanta911

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by sureast at 2010-07-08 20:26:13:


伯杰氏手册是细菌的。
我知道的鉴定基本都是形态观察，生理生化，分子基础鉴定三类。
真菌基本用形态学观察，能做的生理生化很少，再者就是分子了，建了树也很难说就是到种了，那样不太科学吧。我以前做了一 ...

对啊 ，分子鉴定这一块觉得好麻烦啊，稀里糊涂的 不是很懂，很希望有个高手指点一下啊
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7楼2010-07-10 17:26:13
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xixi1619

银虫 (小有名气)
我们做细菌的和真菌不一样，真菌就不了解了，据说对于分子什么的不是很重要，主要是形态
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8楼2010-07-10 17:44:43
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fanta911

新虫 (初入文坛)
不是专业学生物信息学的 做这个觉得好难啊
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9楼2010-07-12 10:13:52
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fanta911

新虫 (初入文坛)
这方面的问题好多人提问啊，可惜一直没有高手来指点啊。请问虫友遇到过这种情况没，就是你测的菌株的ITS序列去genbank比对的时候，大部分有时候是不相关的uncultured fungi，这种情况怎么找到相关的菌株啊，有一个identity值，一般多少是可用的啊，多少可以订到属，多少可以定到科呢？
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10楼2010-07-12 10:17:35
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