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至尊木虫 (知名作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
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154965楼: Originally posted by fanta911 at 2010-07-03 21:21:48
小弟分到一些内生真菌,并测序对its序列用MEGA做了一个ME树,这个树包括我测序的真菌its序列和在genbank上比对的序列,基本我的菌种都能做到已知的属里面,但是,我要写文章,怎么分析我的序列是属于某一个种呢,差 ...

没有那么精确地,不是通过差几点碱基来定义的,判断是不是同种,一般先看同源性,即NCBI里面的max indent,然后用mega4.0做进化树,进化树做出来后,看相近的那个菌株跟你的菌株同源性的可靠性多高(即那个节点的数字,这个不是同源性,是可靠性,同源性只能通过NCBI的BLAST得出)。可靠性达到66以上即可认为是同一个属中的同种、亚种、变种,大于95才能判断是同种。而不是通过几个碱基来判断的,碱基差异多少只能判断同源性,与是否同种不是完全的就重叠。
做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
11楼2012-06-14 10:46:59
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guole18888

银虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
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10楼: Originally posted by fanta911 at 2010-07-12 10:17:35
这方面的问题好多人提问啊,可惜一直没有高手来指点啊。请问虫友遇到过这种情况没,就是你测的菌株的ITS序列去genbank比对的时候,大部分有时候是不相关的uncultured fungi,这种情况怎么找到相关的菌株啊,有一个i ...

我也遇到好多这种情况,要不然就只是说了是哪个纲的,连属都没有,关于鉴定也是,有的直接采用了BLST结果中得分最高的,有的根据结果选择了外群基因,但是还需要选择标准菌种,关系远一点的构建系统发育,好矛盾~先行者能帮忙解释一下么?用于菌种鉴定的系统发育树构建的意义在?
12楼2013-06-04 17:23:59
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彤毋戚

铜虫 (初入文坛)


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3楼: Originally posted by xixi1619 at 2010-07-06 16:26:50
你是不是做菌种资源的哦?这个基本的都不知道吗?

能指导指导吗?拜托拜托
13楼2014-11-14 21:52:14
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