应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】关于系统发育树，如何鉴定菌种
132/2返回列表上一页12
查看: 4884  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

416114799

至尊木虫 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
154965楼: Originally posted by fanta911 at 2010-07-03 21:21:48
小弟分到一些内生真菌，并测序对its序列用MEGA做了一个ME树，这个树包括我测序的真菌its序列和在genbank上比对的序列，基本我的菌种都能做到已知的属里面，但是，我要写文章，怎么分析我的序列是属于某一个种呢，差 ...

没有那么精确地，不是通过差几点碱基来定义的，判断是不是同种，一般先看同源性，即NCBI里面的max indent，然后用mega4.0做进化树，进化树做出来后，看相近的那个菌株跟你的菌株同源性的可靠性多高（即那个节点的数字，这个不是同源性，是可靠性，同源性只能通过NCBI的BLAST得出）。可靠性达到66以上即可认为是同一个属中的同种、亚种、变种，大于95才能判断是同种。而不是通过几个碱基来判断的，碱基差异多少只能判断同源性，与是否同种不是完全的就重叠。
赞一下(1人) 回复此楼
做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
11楼2012-06-14 10:46:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guole18888

银虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by fanta911 at 2010-07-12 10:17:35
这方面的问题好多人提问啊，可惜一直没有高手来指点啊。请问虫友遇到过这种情况没，就是你测的菌株的ITS序列去genbank比对的时候，大部分有时候是不相关的uncultured fungi，这种情况怎么找到相关的菌株啊，有一个i ...

我也遇到好多这种情况，要不然就只是说了是哪个纲的，连属都没有，关于鉴定也是，有的直接采用了BLST结果中得分最高的，有的根据结果选择了外群基因，但是还需要选择标准菌种，关系远一点的构建系统发育，好矛盾~先行者能帮忙解释一下么？用于菌种鉴定的系统发育树构建的意义在？
赞一下 回复此楼
12楼2013-06-04 17:23:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

彤毋戚

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by xixi1619 at 2010-07-06 16:26:50
你是不是做菌种资源的哦？这个基本的都不知道吗？

能指导指导吗？拜托拜托
赞一下 回复此楼
13楼2014-11-14 21:52:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 fanta911 的主题更新
132/2返回列表上一页12
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 11/550 2026-11-01 12:24 by BCdvBAEpt3zm
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 13/650 2026-11-01 12:14 by BCdvBAEpt3zm
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 16/800 2026-11-01 12:14 by BCdvBAEpt3zm
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 18/900 2026-11-01 12:11 by BCdvBAEpt3zm
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 5/250 2026-11-01 11:14 by BCdvBAEpt3zm
[基金申请] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 6/300 2026-11-01 11:09 by BCdvBAEpt3zm
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 9/450 2026-11-01 10:53 by BCdvBAEpt3zm
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 7/350 2026-11-01 10:48 by BCdvBAEpt3zm
[基金申请] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 14/700 2026-11-01 10:43 by BCdvBAEpt3zm
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 13/650 2026-11-01 10:27 by BCdvBAEpt3zm
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 21/1050 2026-11-01 06:46 by YXM1FDCSE8Bn
[基金申请] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 21/1050 2026-11-01 06:46 by YXM1FDCSE8Bn
[基金申请] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 8/400 2026-11-01 05:48 by YXM1FDCSE8Bn
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 6/300 2026-11-01 05:41 by YXM1FDCSE8Bn
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 6/300 2026-11-01 05:41 by YXM1FDCSE8Bn
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 7/350 2026-11-01 04:04 by YXM1FDCSE8Bn
[找工作] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 6/300 2026-11-01 03:56 by YXM1FDCSE8Bn
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 12/600 2026-11-01 00:15 by YXM1FDCSE8Bn
[考博] 2027博士申请-临床检验诊断学、病原生物学、微生物方向 50+3 yyh@ 2026-10-28 4/200 2026-10-31 12:47 by 可淡不可忘
[硕博家园] 越来越担心硕士毕业后没有竞争力了 +8 zuesli 2026-10-27 14/700 2026-10-30 22:44 by 好运连连公主
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭