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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】关于系统发育树，如何鉴定菌种
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至尊木虫 (知名作家)
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154965楼: Originally posted by fanta911 at 2010-07-03 21:21:48
小弟分到一些内生真菌，并测序对its序列用MEGA做了一个ME树，这个树包括我测序的真菌its序列和在genbank上比对的序列，基本我的菌种都能做到已知的属里面，但是，我要写文章，怎么分析我的序列是属于某一个种呢，差 ...

没有那么精确地，不是通过差几点碱基来定义的，判断是不是同种，一般先看同源性，即NCBI里面的max indent，然后用mega4.0做进化树，进化树做出来后，看相近的那个菌株跟你的菌株同源性的可靠性多高（即那个节点的数字，这个不是同源性，是可靠性，同源性只能通过NCBI的BLAST得出）。可靠性达到66以上即可认为是同一个属中的同种、亚种、变种，大于95才能判断是同种。而不是通过几个碱基来判断的，碱基差异多少只能判断同源性，与是否同种不是完全的就重叠。
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做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
11楼2012-06-14 10:46:59
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guole18888

银虫 (初入文坛)
★
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10楼: Originally posted by fanta911 at 2010-07-12 10:17:35
这方面的问题好多人提问啊，可惜一直没有高手来指点啊。请问虫友遇到过这种情况没，就是你测的菌株的ITS序列去genbank比对的时候，大部分有时候是不相关的uncultured fungi，这种情况怎么找到相关的菌株啊，有一个i ...

我也遇到好多这种情况，要不然就只是说了是哪个纲的，连属都没有，关于鉴定也是，有的直接采用了BLST结果中得分最高的，有的根据结果选择了外群基因，但是还需要选择标准菌种，关系远一点的构建系统发育，好矛盾~先行者能帮忙解释一下么？用于菌种鉴定的系统发育树构建的意义在？
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12楼2013-06-04 17:23:59
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彤毋戚

铜虫 (初入文坛)
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3楼: Originally posted by xixi1619 at 2010-07-06 16:26:50
你是不是做菌种资源的哦？这个基本的都不知道吗？

能指导指导吗？拜托拜托
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13楼2014-11-14 21:52:14
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