24小时热门版块排行榜    

查看: 4248  |  回复: 12

416114799

至尊木虫 (知名作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
154965楼: Originally posted by fanta911 at 2010-07-03 21:21:48
小弟分到一些内生真菌,并测序对its序列用MEGA做了一个ME树,这个树包括我测序的真菌its序列和在genbank上比对的序列,基本我的菌种都能做到已知的属里面,但是,我要写文章,怎么分析我的序列是属于某一个种呢,差 ...

没有那么精确地,不是通过差几点碱基来定义的,判断是不是同种,一般先看同源性,即NCBI里面的max indent,然后用mega4.0做进化树,进化树做出来后,看相近的那个菌株跟你的菌株同源性的可靠性多高(即那个节点的数字,这个不是同源性,是可靠性,同源性只能通过NCBI的BLAST得出)。可靠性达到66以上即可认为是同一个属中的同种、亚种、变种,大于95才能判断是同种。而不是通过几个碱基来判断的,碱基差异多少只能判断同源性,与是否同种不是完全的就重叠。
做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
11楼2012-06-14 10:46:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guole18888

银虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by fanta911 at 2010-07-12 10:17:35
这方面的问题好多人提问啊,可惜一直没有高手来指点啊。请问虫友遇到过这种情况没,就是你测的菌株的ITS序列去genbank比对的时候,大部分有时候是不相关的uncultured fungi,这种情况怎么找到相关的菌株啊,有一个i ...

我也遇到好多这种情况,要不然就只是说了是哪个纲的,连属都没有,关于鉴定也是,有的直接采用了BLST结果中得分最高的,有的根据结果选择了外群基因,但是还需要选择标准菌种,关系远一点的构建系统发育,好矛盾~先行者能帮忙解释一下么?用于菌种鉴定的系统发育树构建的意义在?
12楼2013-06-04 17:23:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

彤毋戚

铜虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by xixi1619 at 2010-07-06 16:26:50
你是不是做菌种资源的哦?这个基本的都不知道吗?

能指导指导吗?拜托拜托
13楼2014-11-14 21:52:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 fanta911 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 高分子化学与物理调剂 +6 好好好1233 2026-02-28 12/600 2026-03-01 19:48 by 好好好1233
[考研] 0856化工专硕求调剂 +12 董boxing 2026-03-01 12/600 2026-03-01 19:45 by 材子momo
[考研] 298求调剂 +6 axyz3 2026-02-28 6/300 2026-03-01 19:00 by 18137688336
[考研] 一志愿中南大学理学化学 +4 15779376950 2026-03-01 5/250 2026-03-01 19:00 by Fff-1
[考研] 291分工科求调剂 +9 science饿饿 2026-03-01 10/500 2026-03-01 18:55 by 18137688336
[考研] 材料类求调剂 +10 wana_kiko 2026-02-28 11/550 2026-03-01 18:11 by 海嵙Y
[考博] 26申博 +4 想申博! 2026-02-26 6/300 2026-03-01 17:32 by 想申博!
[考研] 290求调剂 +9 材料专硕调剂; 2026-02-28 11/550 2026-03-01 17:21 by sunny81
[基金申请] 刚录用,没有期刊号,但是在线可看的论文可以放为代表作吗 10+3 arang1 2026-03-01 3/150 2026-03-01 16:43 by babero
[考研] 313求调剂 +3 水流年lc 2026-02-28 3/150 2026-03-01 16:01 by 新能源达人
[考研] 303求调剂 +4 今夏不夏 2026-03-01 4/200 2026-03-01 14:46 by 嘟嘟小浣熊
[考研] 284求调剂 +6 天下熯 2026-02-28 6/300 2026-03-01 14:19 by Ducount.Y
[考研] 302材料工程求调剂 +4 Doleres 2026-03-01 5/250 2026-03-01 11:52 by liqiongjy
[考研] 311求调剂 +9 南迦720 2026-02-28 10/500 2026-03-01 10:55 by sunny81
[硕博家园] 2025届双非化工硕士毕业,申博 +3 更多的是 2026-02-27 4/200 2026-03-01 10:04 by ztg729
[考研] 272求调剂 +4 田智友 2026-02-28 4/200 2026-03-01 06:43 by 刘兵
[考研] 材料调剂 +4 爱擦汗的可乐冰 2026-02-28 4/200 2026-03-01 00:38 by 猫猫球alter
[考研] 307求调剂 +4 73372112 2026-02-28 6/300 2026-03-01 00:04 by ll247
[高分子] 求环氧树脂研发1名 +3 孙xc 2026-02-25 11/550 2026-02-28 16:57 by ichall
[硕博家园] 【博士招生】太原理工大学2026化工博士 +4 N1ce_try 2026-02-24 8/400 2026-02-26 08:40 by N1ce_try
信息提示
请填处理意见