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fanta911

新虫 (初入文坛)

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[交流] 【求助/交流】关于系统发育树，如何鉴定菌种已有5人参与

小弟分到一些内生真菌，并测序对its序列用MEGA做了一个ME树，这个树包括我测序的真菌its序列和在genbank上比对的序列，基本我的菌种都能做到已知的属里面，但是，我要写文章，怎么分析我的序列是属于某一个种呢，差多少个碱基才能算做是同一个种呢？求高手指点，有没有很详细的文献

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1楼 2010-07-03 21:21:48

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guole18888

银虫 (初入文坛)

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引用回帖:

10楼: Originally posted by fanta911 at 2010-07-12 10:17:35
这方面的问题好多人提问啊，可惜一直没有高手来指点啊。请问虫友遇到过这种情况没，就是你测的菌株的ITS序列去genbank比对的时候，大部分有时候是不相关的uncultured fungi，这种情况怎么找到相关的菌株啊，有一个i ...

我也遇到好多这种情况，要不然就只是说了是哪个纲的，连属都没有，关于鉴定也是，有的直接采用了BLST结果中得分最高的，有的根据结果选择了外群基因，但是还需要选择标准菌种，关系远一点的构建系统发育，好矛盾~先行者能帮忙解释一下么？用于菌种鉴定的系统发育树构建的意义在？