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fanta911

新虫 (初入文坛)

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[交流] 【求助/交流】关于系统发育树，如何鉴定菌种已有5人参与

小弟分到一些内生真菌，并测序对its序列用MEGA做了一个ME树，这个树包括我测序的真菌its序列和在genbank上比对的序列，基本我的菌种都能做到已知的属里面，但是，我要写文章，怎么分析我的序列是属于某一个种呢，差多少个碱基才能算做是同一个种呢？求高手指点，有没有很详细的文献

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1楼 2010-07-03 21:21:48

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至尊木虫 (知名作家)

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引用回帖:

154965楼: Originally posted by fanta911 at 2010-07-03 21:21:48
小弟分到一些内生真菌，并测序对its序列用MEGA做了一个ME树，这个树包括我测序的真菌its序列和在genbank上比对的序列，基本我的菌种都能做到已知的属里面，但是，我要写文章，怎么分析我的序列是属于某一个种呢，差 ...

没有那么精确地，不是通过差几点碱基来定义的，判断是不是同种，一般先看同源性，即NCBI里面的max indent，然后用mega4.0做进化树，进化树做出来后，看相近的那个菌株跟你的菌株同源性的可靠性多高（即那个节点的数字，这个不是同源性，是可靠性，同源性只能通过NCBI的BLAST得出）。可靠性达到66以上即可认为是同一个属中的同种、亚种、变种，大于95才能判断是同种。而不是通过几个碱基来判断的，碱基差异多少只能判断同源性，与是否同种不是完全的就重叠。