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wuweibewin

金虫 (正式写手)

[交流] DNA的沉淀问题

DNA（CTAB法大量提取，用于Southern杂交）用无水乙醇（或异丙醇）沉淀，发现有两种形态，一是DNA抱成团状，可用剪头移液枪转移;另一则是成散絮状（碎片状），只能用离心的方法得到沉淀；
谁能解释一下不同形态形成的原因？是否与DNA浓度、质量、以及材料处理方法有关？

本人今年一月份所沉的DNA均呈团状，而最近提的却既有团状又有碎片状，有一次甚至都是碎片状。
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wuwei_hello@163.com
1楼 2010-06-07 15:02:21
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夏洛特1988

金虫 (小有名气)
wuweibewin(金币+5): 2010-06-08 16:30:28
楼主有没有考虑温度的影响，现在和一月份的温度上下相差超过十度啊！

还有楼主叙述的不详细，难道过去提取的和现在提取的DNA浓度质量，材料处理方式相差很大吗，楼主可否做一些重复性试验考察一下相关的条件的影响？
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星尘与尘埃
2楼2010-06-07 17:57:32
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柳飞絮

铜虫 (小有名气)
wuweibewin(金币+15, 博学EPI+1):谢谢回帖 参加讨论 2010-06-08 16:30:20
我感觉主要是浓度的问题，大了就成团了
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一条小路曲曲折折细又长，一直通向迷蒙朦的远方~~~~
3楼2010-06-07 19:27:41
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wangfili

禁虫 (正式写手)
wuweibewin(金币+5): 2010-06-08 16:30:48
本帖内容被屏蔽
4楼2010-06-07 19:50:24
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wuweibewin

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 夏洛特1988 at 2010-06-07 17:57:32:
楼主有没有考虑温度的影响，现在和一月份的温度上下相差超过十度啊！

还有楼主叙述的不详细，难道过去提取的和现在提取的DNA浓度质量，材料处理方式相差很大吗，楼主可否做一些重复性试验考察一下相关的条件的 ...

我所做的一月份和现在都是一样的！实验过程都完全一样，而且当时是初学，现在都提了好多次了。而且现在做的里面也有抱成团状的！应该不是温度原因
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wuwei_hello@163.com
5楼2010-06-07 20:39:14
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wuweibewin

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by wangfili at 2010-06-07 19:50:24:
应该不是温度的原因吧，在实验室做实验都是恒温的呀！我个人觉得把上两次实验过程中的所有因素都进行对比，看有没有存在差异的地方，然后再按照相同的条件进行第三次实验，毕竟两次实验还是不能说明问题的。希望有 ...

我也比照过，完全没有问题都是严格按照实验步骤操作的，以及各种细节方面也没考虑到有什么问题。我也曾想过是量的原因，可是在书中没找到相关介绍，但却有对两种情况的DNA转移的方法！可见《分子克隆》496页“分离平均大小为100-150kb的DNA”的b、c条！
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wuwei_hello@163.com
6楼2010-06-07 20:44:00
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wuweibewin

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 柳飞絮 at 2010-06-07 19:27:41:
我感觉主要是浓度的问题，大了就成团了

我也觉得是浓度问题！但是我从叶片研磨程度，到取材的量都有所提高（比上次以及一月份）当反而六管却都成那样了！哪有做何解释？
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wuwei_hello@163.com
7楼2010-06-07 20:45:57
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柳飞絮

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wuweibewin at 2010-06-07 20:45:57:

我也觉得是浓度问题！但是我从叶片研磨程度，到取材的量都有所提高（比上次以及一月份）当反而六管却都成那样了！哪有做何解释？

研磨程度增大DNA会不会发生断裂呢
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一条小路曲曲折折细又长，一直通向迷蒙朦的远方~~~~
8楼2010-06-07 20:52:04
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wuweibewin

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 柳飞絮 at 2010-06-07 20:52:04:

研磨程度增大DNA会不会发生断裂呢

这个应该不会！研磨程度再高，而不足以损害大分子物质!
不过后续实验发现，DNA纯度受到一定的影响
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wuwei_hello@163.com
9楼2010-06-08 11:25:27
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wuweibewin

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 柳飞絮 at 2010-06-07 20:52:04:

研磨程度增大DNA会不会发生断裂呢

现在看来主要是纯度问题，溶解DNA时发现有大量变性蛋白混入！
估计是  1、抽提时过于小心，未抽提完全
       2 、抽提离心后吸液时，吸到了中间层
       3、利用离心的方法获得沉淀，会是一些杂质也混入
第二遍抽提时抽提力度增加，洗液量减少，发现原来六管沉后又全呈团状了
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wuwei_hello@163.com
10楼2010-06-08 16:28:42
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