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wuweibewin

金虫 (正式写手)

[交流] DNA的沉淀问题

DNA(CTAB法大量提取,用于Southern杂交)用无水乙醇(或异丙醇)沉淀,发现有两种形态,一是DNA抱成团状,可用剪头移液枪转移;另一则是成散絮状(碎片状),只能用离心的方法得到沉淀;
谁能解释一下不同形态形成的原因?是否与DNA浓度、质量、以及材料处理方法有关?

本人今年一月份所沉的DNA均呈团状,而最近提的却既有团状又有碎片状,有一次甚至都是碎片状。

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wuwei_hello@163.com
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夏洛特1988

金虫 (小有名气)

wuweibewin(金币+5): 2010-06-08 16:30:28
楼主有没有考虑温度的影响,现在和一月份的温度上下相差超过十度啊!

还有楼主叙述的不详细,难道过去提取的和现在提取的DNA浓度质量,材料处理方式相差很大吗,楼主可否做一些重复性试验考察一下相关的条件的影响?
星尘与尘埃
2楼2010-06-07 17:57:32
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柳飞絮

铜虫 (小有名气)

wuweibewin(金币+15, 博学EPI+1):谢谢回帖 参加讨论 2010-06-08 16:30:20
我感觉主要是浓度的问题,大了就成团了
一条小路曲曲折折细又长,一直通向迷蒙朦的远方~~~~
3楼2010-06-07 19:27:41
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wangfili

禁虫 (正式写手)

wuweibewin(金币+5): 2010-06-08 16:30:48
本帖内容被屏蔽

4楼2010-06-07 19:50:24
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wuweibewin

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 夏洛特1988 at 2010-06-07 17:57:32:
楼主有没有考虑温度的影响,现在和一月份的温度上下相差超过十度啊!

还有楼主叙述的不详细,难道过去提取的和现在提取的DNA浓度质量,材料处理方式相差很大吗,楼主可否做一些重复性试验考察一下相关的条件的 ...

我所做的一月份和现在都是一样的!实验过程都完全一样,而且当时是初学,现在都提了好多次了。而且现在做的里面也有抱成团状的!应该不是温度原因
wuwei_hello@163.com
5楼2010-06-07 20:39:14
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wuweibewin

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by wangfili at 2010-06-07 19:50:24:
应该不是温度的原因吧,在实验室做实验都是恒温的呀!我个人觉得把上两次实验过程中的所有因素都进行对比,看有没有存在差异的地方,然后再按照相同的条件进行第三次实验,毕竟两次实验还是不能说明问题的。希望有 ...

我也比照过,完全没有问题都是严格按照实验步骤操作的,以及各种细节方面也没考虑到有什么问题。我也曾想过是量的原因,可是在书中没找到相关介绍,但却有对两种情况的DNA转移的方法!可见《分子克隆》496页“分离平均大小为100-150kb的DNA”的b、c条!
wuwei_hello@163.com
6楼2010-06-07 20:44:00
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wuweibewin

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 柳飞絮 at 2010-06-07 19:27:41:
我感觉主要是浓度的问题,大了就成团了

我也觉得是浓度问题!但是我从叶片研磨程度,到取材的量都有所提高(比上次以及一月份)当反而六管却都成那样了!哪有做何解释?
wuwei_hello@163.com
7楼2010-06-07 20:45:57
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柳飞絮

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by wuweibewin at 2010-06-07 20:45:57:

我也觉得是浓度问题!但是我从叶片研磨程度,到取材的量都有所提高(比上次以及一月份)当反而六管却都成那样了!哪有做何解释?

研磨程度增大DNA会不会发生断裂呢
一条小路曲曲折折细又长,一直通向迷蒙朦的远方~~~~
8楼2010-06-07 20:52:04
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wuweibewin

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 柳飞絮 at 2010-06-07 20:52:04:

研磨程度增大DNA会不会发生断裂呢

这个应该不会!研磨程度再高,而不足以损害大分子物质!
不过后续实验发现,DNA纯度受到一定的影响
wuwei_hello@163.com
9楼2010-06-08 11:25:27
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wuweibewin

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 柳飞絮 at 2010-06-07 20:52:04:

研磨程度增大DNA会不会发生断裂呢

现在看来主要是纯度问题,溶解DNA时发现有大量变性蛋白混入!
估计是  1、抽提时过于小心,未抽提完全
       2 、抽提离心后吸液时,吸到了中间层
       3、利用离心的方法获得沉淀,会是一些杂质也混入
第二遍抽提时抽提力度增加,洗液量减少,发现原来六管沉后又全呈团状了
wuwei_hello@163.com
10楼2010-06-08 16:28:42
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