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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

[交流] 【求助】RMSD值 已有1人参与

如何计算对接出的小分子配体和晶体中配体的RMSD值?
对接出的结果只是单独的小分子配体结构,如果我要计算小分子和原始配体的RMSD值,是否需要将原始配体中的配体做成单独的PDB再比较?可以采用什么方法计算出来呢?尝试用SWISS-PDBviewer,VMD,PYMOL都没有计算出结果,请问各位有知道如何计算的吗?
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csxyllx

新虫 (初入文坛)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-17 18:12:48
写个脚本
如果不会写,就用别人写好的
2楼2010-05-17 18:12:03
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