版块导航: 正在加载中...

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

>论坛更新日志 (4190)
>基金申请 (253)
>虫友互识 (174)
>文献求助 (160)
>导师招生 (114)
>考博 (88)
>硕博家园 (81)
>论文投稿 (51)
>找工作 (49)
>考研 (46)
>论文道贺祈福 (39)
>教师之家 (39)
>公派出国 (38)
>博后之家 (37)
>招聘信息布告栏 (28)
>休闲灌水 (23)

返回列表

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

模拟EPI: 9
应助: 81 (初中生)
贵宾: 0.156
金币: 462.4
散金: 2274
红花: 30
帖子: 1245
在线: 1248.1小时
虫号: 591536
注册: 2008-09-02
性别: GG
专业: 环境生物物理

[交流] 【求助】RMSD值已有1人参与

如何计算对接出的小分子配体和晶体中配体的RMSD值？
对接出的结果只是单独的小分子配体结构，如果我要计算小分子和原始配体的RMSD值，是否需要将原始配体中的配体做成单独的PDB再比较？可以采用什么方法计算出来呢？尝试用SWISS-PDBviewer，VMD,PYMOL都没有计算出结果，请问各位有知道如何计算的吗？

回复此楼

» 猜你喜欢

面上意见出来了已经有18人回复
有多少人是今天查系统知道结果的？已经有19人回复
能否申诉？已经有4人回复
找导师已经有7人回复
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急已经有4人回复
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急已经有5人回复
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急已经有4人回复
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急已经有6人回复
有没有仍没收到信息的已经有7人回复
国社科又开始会评了，不知道这次命运如何已经有4人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

surflex-dock对接问题已经有3人回复
周期性边界造成的RMSD异常值已经有12人回复
分子模拟小白提问各位达人指教已经有7人回复
求助如何在DS2.5中分析Standard Dynamics Cascade结果！已经有5人回复
配体与打分分子不能很好对接，怎么回事？已经有8人回复
【讨论】跑完MD后分析哪些东西啊？？？已经有15人回复
【求助】重金求助：gromacs中g_rms命令中怎样应用index.ndx文件已经有8人回复
【讨论】怎样在平衡后生成最终的psf？pdb？？谢谢指点已经有14人回复
【求助】大家好，vmd能看生物分子活性吗已经有7人回复
【求助】关于离子液体体系平衡检测已经有7人回复
【在线答疑】UCSF DOCK分子对接和虚拟筛选已经有42人回复
【原创】AutoDock使用笔记总结－原创始发已经有32人回复

1楼 2010-05-17 13:08:50

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

csxyllx

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 58.8
帖子: 19
在线: 10.9小时
虫号: 833388
注册: 2009-08-24
专业: 生物信息学

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-17 18:12:48

写个脚本
如果不会写，就用别人写好的

赞一下(2人)