应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】关于离子液体体系平衡检测
81/1返回列表
查看: 1111  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

suny2005

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于离子液体体系平衡检测 已有3人参与

不知道论坛里有没有做离子液体体系的虫友啊？我想问一下，大家在检查体系是否平衡的时候一般用什么参数，如能量、温度、体积、密度，还是和生物体系一样用rmsd啊？这种材料体系用rmsd值检测平衡对不对啊？

[ Last edited by ghcacj on 2010-10-28 at 13:58 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-10-27 21:37:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by suny2005 at 2010-10-27 21:37:07:
不知道论坛里有没有做离子液体体系的虫友啊？我想问一下，大家在检查体系是否平衡的时候一般用什么参数，如能量、温度、体积、密度，还是和生物体系一样用rmsd啊？这种材料体系用rmsd值检测平衡对不对啊？

你用什么软件做的？
赞一下 回复此楼
好好学习，天天向上。
2楼2010-10-27 21:40:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

suny2005

木虫 (小有名气)
gromacs
回复此楼
3楼2010-10-27 21:42:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

david.wang

新虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-28 08:08:46
一般来检测密度，只要与实验值符合上就可以了。
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-10-27 23:06:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by suny2005 at 2010-10-27 21:42:07:
gromacs

我想问下使用GROMACS做离子液体，那么力场的itp文件怎么搞，然后假如使用GAUSSVIEW画出离子液体的结构，在使用PDB2GMX的时候，只能选用GMX中已有的力场，怎么才能用自己写的力场去进行这一步转化呢？
赞一下(1人) 回复此楼
好好学习，天天向上。
5楼2010-10-27 23:37:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

suny2005

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by david.wang at 2010-10-27 23:06:24:
一般来检测密度，只要与实验值符合上就可以了。

这是检测力场可靠不可靠，而不是检测体系平衡。
赞一下 回复此楼
6楼2010-10-28 08:40:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

suny2005

木虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs(金币+2):鼓励交流 2010-10-28 09:49:15
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-10-27 23:37:35:

我想问下使用GROMACS做离子液体，那么力场的itp文件怎么搞，然后假如使用GAUSSVIEW画出离子液体的结构，在使用PDB2GMX的时候，只能选用GMX中已有的力场，怎么才能用自己写的力场去进行这一步转化呢？

自己写itp文件，放入运行文件夹即可！至于itp文件，可以仿照安装文件中的其他itp格式写！
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2010-10-28 08:42:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by suny2005 at 2010-10-28 08:42:05:


自己写itp文件，放入运行文件夹即可！至于itp文件，可以仿照安装文件中的其他itp格式写！

然后使用pdb2gmx命令转化的时候，也是选择这个力场吗？貌似只能选择GMX中已有的力场进行转化，那么像你说的这样，使用你自己写的力场进行第一步转化，是怎么搞的呢？

[ Last edited by zyj8119 on 2010-10-28 at 12:31 ]
赞一下(1人) 回复此楼
好好学习，天天向上。
8楼2010-10-28 12:28:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 suny2005 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 7/350 2026-08-15 00:40 by 4wMiSEwB6436
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 5/250 2026-08-15 00:16 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-14 18:36 by 正能量1斤
[基金申请] filecode +6 cratir 2026-08-14 10/500 2026-08-14 18:29 by 笑叹辞穷
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +8 布布和一二 2026-08-10 11/550 2026-08-14 14:58 by Equinoxhua
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +6 majunge000 2026-08-11 8/400 2026-08-14 14:44 by 医学老男孩
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +23 Lanmanbaby 2026-08-09 37/1850 2026-08-14 13:40 by Equinoxhua
[基金申请] 好奇怪的filecode +6 布布和一二 2026-08-08 7/350 2026-08-14 13:38 by Equinoxhua
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +10 Tide man 2026-08-10 11/550 2026-08-14 10:30 by 沁言学术
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +9 majunge000 2026-08-10 12/600 2026-08-13 23:20 by iwuli
[文学芳草园] 阿姨 +4 汪汪锅 2026-08-09 4/200 2026-08-13 19:43 by arzu_hma
[硕博家园] 一作与独作在应聘高校教师时区别大吗 +3 mbygzh 2026-08-08 4/200 2026-08-13 19:31 by 龙-樱
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？ +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭