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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】关于离子液体体系平衡检测
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suny2005

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于离子液体体系平衡检测 已有3人参与

不知道论坛里有没有做离子液体体系的虫友啊？我想问一下，大家在检查体系是否平衡的时候一般用什么参数，如能量、温度、体积、密度，还是和生物体系一样用rmsd啊？这种材料体系用rmsd值检测平衡对不对啊？

[ Last edited by ghcacj on 2010-10-28 at 13:58 ]
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1楼 2010-10-27 21:37:07
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by suny2005 at 2010-10-27 21:37:07:
不知道论坛里有没有做离子液体体系的虫友啊？我想问一下，大家在检查体系是否平衡的时候一般用什么参数，如能量、温度、体积、密度，还是和生物体系一样用rmsd啊？这种材料体系用rmsd值检测平衡对不对啊？

你用什么软件做的？
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好好学习，天天向上。
2楼2010-10-27 21:40:40
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suny2005

木虫 (小有名气)
gromacs
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3楼2010-10-27 21:42:07
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david.wang

新虫 (小有名气)
★ ★
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zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-28 08:08:46
一般来检测密度，只要与实验值符合上就可以了。
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4楼2010-10-27 23:06:24
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by suny2005 at 2010-10-27 21:42:07:
gromacs

我想问下使用GROMACS做离子液体，那么力场的itp文件怎么搞，然后假如使用GAUSSVIEW画出离子液体的结构，在使用PDB2GMX的时候，只能选用GMX中已有的力场，怎么才能用自己写的力场去进行这一步转化呢？
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好好学习，天天向上。
5楼2010-10-27 23:37:35
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suny2005

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by david.wang at 2010-10-27 23:06:24:
一般来检测密度，只要与实验值符合上就可以了。

这是检测力场可靠不可靠，而不是检测体系平衡。
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6楼2010-10-28 08:40:42
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suny2005

木虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs(金币+2):鼓励交流 2010-10-28 09:49:15
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-10-27 23:37:35:

我想问下使用GROMACS做离子液体，那么力场的itp文件怎么搞，然后假如使用GAUSSVIEW画出离子液体的结构，在使用PDB2GMX的时候，只能选用GMX中已有的力场，怎么才能用自己写的力场去进行这一步转化呢？

自己写itp文件，放入运行文件夹即可！至于itp文件，可以仿照安装文件中的其他itp格式写！
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7楼2010-10-28 08:42:05
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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Originally posted by suny2005 at 2010-10-28 08:42:05:


自己写itp文件，放入运行文件夹即可！至于itp文件，可以仿照安装文件中的其他itp格式写！

然后使用pdb2gmx命令转化的时候，也是选择这个力场吗？貌似只能选择GMX中已有的力场进行转化，那么像你说的这样，使用你自己写的力场进行第一步转化，是怎么搞的呢？

[ Last edited by zyj8119 on 2010-10-28 at 12:31 ]
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好好学习，天天向上。
8楼2010-10-28 12:28:03
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