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suny2005

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于离子液体体系平衡检测 已有3人参与

不知道论坛里有没有做离子液体体系的虫友啊?我想问一下,大家在检查体系是否平衡的时候一般用什么参数,如能量、温度、体积、密度,还是和生物体系一样用rmsd啊?这种材料体系用rmsd值检测平衡对不对啊?

[ Last edited by ghcacj on 2010-10-28 at 13:58 ]
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suny2005

木虫 (小有名气)

gromacs
3楼2010-10-27 21:42:07
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suny2005

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by david.wang at 2010-10-27 23:06:24:
一般来检测密度,只要与实验值符合上就可以了。

这是检测力场可靠不可靠,而不是检测体系平衡。
6楼2010-10-28 08:40:42
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suny2005

木虫 (小有名气)

★ ★
zh1987hs(金币+2):鼓励交流 2010-10-28 09:49:15
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-10-27 23:37:35:

我想问下使用GROMACS做离子液体,那么力场的itp文件怎么搞,然后假如使用GAUSSVIEW画出离子液体的结构,在使用PDB2GMX的时候,只能选用GMX中已有的力场,怎么才能用自己写的力场去进行这一步转化呢?

自己写itp文件,放入运行文件夹即可!至于itp文件,可以仿照安装文件中的其他itp格式写!
7楼2010-10-28 08:42:05
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