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cpn

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】难看的琼脂糖电泳谱图 已有8人参与

最近跑的琼脂糖电泳谱图奇丑无比。

用的别人的1*TAE,0.7%Agarose,100V恒压跑半个小时(电流从110mA增大到最后140mA)。
染料是一个国产的牌子,Genefinder,预加在胶里的。
琼脂糖用的biowest。
图上两个条带都是marker,最右边是1kb的marker,往左是hind III lambda DNA marker(Takara的)。
条带都有不同程度拖尾变形,1kb marker的条带看上去还有些弥散。
怎样改善?非常感谢!
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shengwufenzi

金虫 (正式写手)


1949stone(金币+1): 2010-04-26 21:48
cpn(金币+1):那如果条带都扭曲掉像蚯蚓一样呢?会不会也是电源的问题? 2010-04-26 22:08
哈哈,你的电压不稳啊,时高时低,就会出现带跑歪的。并且电压太高时就会出现你图中的smear
2楼2010-04-26 21:19:11
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shengwufenzi

金虫 (正式写手)


1949stone(金币+1): 2010-04-26 21:48
cpn(金币+1):是用恒流跑么?电压是不变的,但电流一直增大。 2010-04-26 22:03
至于你的电泳材料一般不会有太大问题的,你现在的关键是把电压(100v)及电流稳住,你的带就会很清晰了,不信你就试试吧,呵呵
3楼2010-04-26 21:24:43
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fxy0570

金虫 (正式写手)


1949stone(金币+1): 2010-04-26 21:49
cpn(金币+1):谢谢!我明天试看看 2010-04-26 22:07
电压不要太高,还有要稳定,我们一般就跑80V的就行了。
4楼2010-04-26 21:42:07
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wwllkkhh

金虫 (小有名气)


1949stone(金币+1): 2010-04-26 21:48
cpn(金币+2):非常感谢!实际上我是换了台电泳仪跑的,现在用的biorad的,和之前用的电泳仪不一样,相同电压电流大了很多。 2010-04-26 22:01
能跑成这样需要技术啊!
把电压设定低一点就OK啦
牛~逼~哄~哄
5楼2010-04-26 21:46:16
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liyong1981

金虫 (正式写手)


cpn(金币+2):其实我也怀疑是染料的问题,我们实验室不止我,没人跑出好看的条带。但其它实验室用EB跑出来的就很好。 2010-04-27 15:51
cpn(金币+5):确实是用的genefinder染料的问题,加在胶里跑似乎对胶的影响很大,改用预染后上样,效果就改善很多了,不过条带亮度就暗了不少,marker里最大的片段似乎有点轻微的弥散。 2010-05-01 21:14
cpn: 回帖置顶 2012-08-13 15:07:47
我估计很有可能是染料的问题,我以前也用过什么花青素之类的,跑出来很难看,怀疑了很多,最后用EB,一切正常了,所以说,还是EB好,其他的像sybergreen,也还好,就是很贵,其实也有毒。
6楼2010-04-27 08:56:17
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375050424

银虫 (小有名气)

感觉像是你的胶没做好
7楼2010-04-27 16:30:03
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poog502

木虫 (正式写手)

cpn(金币+1):biorad的电泳仪,电流我只是设了个上限不让它超过而已,但是它自己确实是会慢慢增大的。我们这有个专门做核酸的实验室,他们跑跟我一样条件,只有染料不一样的情况下,电流也是有100多mA。琼脂糖的浓度感觉应该不是主要问题,浓度太低会造成弥散么? 2010-04-27 19:43
1、首先是恒压电泳,没听说变压跑电泳的。
2、其次是电流恒定,100伏电压要用到110mA的电流吗?电流太高了...
通常用120V,50mA足够(当然是根据胶、电泳槽等大小而适当调整)。
3、染料的话,当然还是EB好,不过致癌的。其他染料也行,比如我们现在用GELRED,中文是荧光泰,跑电泳效果也不错,据说没毒,不过价格对得起人。
4、胶的浓度有点小了,偶们通常用1%琼脂糖。根据你的片段大小做调整。

[ Last edited by poog502 on 2010-4-27 at 16:41 ]
8楼2010-04-27 16:38:23
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gaiyf

金虫 (正式写手)

出现上述情况可以从以下两个方面来考虑:
1.是胶没有凝好
2.是电泳仪输出的电压和电流不稳定。
多看文献,多学知识
9楼2010-04-27 16:53:39
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lyg7720349

铜虫 (小有名气)

cpn(金币+1):那个有点歪的条带,我怀疑有可能是我当时上样没上好,去用其他课题组的电泳仪跑的,但是我不明白的是为什么会弥散。而且除了marker以外的泳道都是没有上样的,却有一条白色的亮带,感觉像是染料也跑下来了。 2010-04-27 19:35
感觉是胶的问题,胶各部分浓度不同造成移动的速率不同
望大家都各有所获!
10楼2010-04-27 18:41:35
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