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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】UCSF DOCK分子对接和虚拟筛选
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javacfish

金虫 (小有名气)

[交流] 【在线答疑】UCSF DOCK分子对接和虚拟筛选 已有19人参与

大家好，

大家都知道ZINC数据库在药物设计中的重要地位，而USCF DOCK(http://dock.compbio.ucsf.edu/)是针对ZINC数据库设计的，它有很多优点

1.很简单的实现平行编译，而autodock需要用DOVIS,或者分割数据库。
2.USCF DOCK实现了PB/SA的打分方式。
3.可以实现大规模的虚拟筛选。
4.其经典的grid score=表面接触匹配格点能+静电格点能+VDW格点能
5.具有刚性和柔性的对接功能
6.用amber力场提高对接精度。
7.源码公开且免费

USCF DOCK确定蛋白的口袋，用了一个有意思的算法，如图
1. First, while n-1 spheres can be constructed at each surface point, the sphere of smallest radius are only considered.
2. Second, for each smallest sphere, we calculate the angle formed by the 2 surface points, i and j ,and the sphere center. The angles less than 90 is retained
3. Third, Receptor spheres are accepted only if point i and j belong to atoms in amino acid residues that are more than 4 apart in sequence.
4. Last, the radii greater than 5 A; is eliminated. And the radius must control at the 1.4~4.0 A;

关于ZINC数据库处理的软件：
1. ZincSplit: http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1589423
2. openbabel
3. openeye
4. MGLTOOLS
5. UCSF splitmol
...........................................................................

声明：不是讨论USCF DOCK和AUTODOCK的优缺点，我也在用autodock, 希望和大家共同讨论有趣的话题。
我的email: javacfish@sina.com ,有事也可以给我发邮件。

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 19:01 ]
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1楼 2009-11-30 16:20:36
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adobeacrobat

新虫 (初入文坛)

hi

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):欢迎参与讨论 2010-01-30 17:03
使用DS时，提示：The specified receptor has incomplete valence atoms that could affect the calculation.
Create a Valence Monitor from the Structure menu to highlight these atoms. 具体如何操作？
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7楼2009-12-24 14:44:56
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普通回帖

xufund

至尊木虫 (知名作家)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):欢迎参与讨论 2010-01-30 17:03
抢沙发！
请问这个软件免费吗？有windows版吗
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2009-11-30 20:31:40
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javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:16
优点第7条：“源码公开且免费”

你说的windows版是指cygwin吗？是的话，autodock可以，UCSF dock亦可
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3楼2009-11-30 21:15:14
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fmj121

铜虫 (小有名气)

请教高手

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):欢迎参与讨论 2010-01-30 17:03
我有两个问题想请教一下：
1.就是上次您回我的帖的那个问题
fmt: read unexpected character
apparent state: unit 2 named temp2.sph
last format2I5,F8.4,I8,4F12.6)
lately reading sequential formatted external IO
Aborted
这个到底是什么原因造成的，我看有的帖子说是是要将整个蛋白的净电荷归零，不知道怎么做
2.在用DOCK进行筛选的时候，我down了zinc的库，是不是我直接在dock.in中将zinc库列出来呢，就是在ligand_file 后面给出库的位置呢？
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4楼2009-12-14 10:13:02
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javacfish

金虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-16 14:16
我在原帖给你回复了，详情请见：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1720307&pid=17368618&page=1#pid17368618
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5楼2009-12-14 10:26:13
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
支持开贴
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6楼2009-12-21 19:00:21
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Anglewei

金虫 (著名写手)

人称点哥哥。
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736:http://www.emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=1847986&fpage=1 2010-03-16 10:45
我想问下有在分子模拟论坛注册账号吗，我现在注册，它只提供邀请注册了。谢谢了
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[align=right][eimg]20/5d/681216_1309334176_158.jpg[/eimg][/align]
8楼2010-01-03 10:24:17
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merlynhuang

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736:http://www.emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=1847986&fpage=1 2010-03-16 10:45
对，我也想注册，高人发个邀请码来吧。太谢谢了
赞一下(2人) 回复此楼
重新泡论坛，才找回做实验的感觉
9楼2010-02-03 18:25:12
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javacfish

金虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-02-03 20:10
郑重声明，我没有分子模拟的注册码，请不要讨论与学术无关的话题。
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10楼2010-02-03 19:55:45
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