应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】UCSF DOCK分子对接和虚拟筛选
431/5返回列表12345下一页
查看: 7852  |  回复: 42
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看

javacfish

金虫 (小有名气)

[交流] 【在线答疑】UCSF DOCK分子对接和虚拟筛选 已有19人参与

大家好，

大家都知道ZINC数据库在药物设计中的重要地位，而USCF DOCK(http://dock.compbio.ucsf.edu/)是针对ZINC数据库设计的，它有很多优点

1.很简单的实现平行编译，而autodock需要用DOVIS,或者分割数据库。
2.USCF DOCK实现了PB/SA的打分方式。
3.可以实现大规模的虚拟筛选。
4.其经典的grid score=表面接触匹配格点能+静电格点能+VDW格点能
5.具有刚性和柔性的对接功能
6.用amber力场提高对接精度。
7.源码公开且免费

USCF DOCK确定蛋白的口袋，用了一个有意思的算法，如图
1. First, while n-1 spheres can be constructed at each surface point, the sphere of smallest radius are only considered.
2. Second, for each smallest sphere, we calculate the angle formed by the 2 surface points, i and j ,and the sphere center. The angles less than 90 is retained
3. Third, Receptor spheres are accepted only if point i and j belong to atoms in amino acid residues that are more than 4 apart in sequence.
4. Last, the radii greater than 5 A; is eliminated. And the radius must control at the 1.4~4.0 A;

关于ZINC数据库处理的软件：
1. ZincSplit: http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1589423
2. openbabel
3. openeye
4. MGLTOOLS
5. UCSF splitmol
...........................................................................

声明：不是讨论USCF DOCK和AUTODOCK的优缺点，我也在用autodock, 希望和大家共同讨论有趣的话题。
我的email: javacfish@sina.com ,有事也可以给我发邮件。

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 19:01 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接问题锦集 生物信息学 蛋白模拟与改造

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

hee_csu caiwen28

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2009-11-30 16:20:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

adobeacrobat

新虫 (初入文坛)

hi

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):欢迎参与讨论 2010-01-30 17:03
使用DS时，提示：The specified receptor has incomplete valence atoms that could affect the calculation.
Create a Valence Monitor from the Structure menu to highlight these atoms. 具体如何操作？
赞一下(3人) 回复此楼
7楼2009-12-24 14:44:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

xufund

至尊木虫 (知名作家)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):欢迎参与讨论 2010-01-30 17:03
抢沙发！
请问这个软件免费吗？有windows版吗
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2009-11-30 20:31:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:16
优点第7条：“源码公开且免费”

你说的windows版是指cygwin吗？是的话，autodock可以，UCSF dock亦可
赞一下(10人) 回复此楼
3楼2009-11-30 21:15:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fmj121

铜虫 (小有名气)

请教高手

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):欢迎参与讨论 2010-01-30 17:03
我有两个问题想请教一下：
1.就是上次您回我的帖的那个问题
fmt: read unexpected character
apparent state: unit 2 named temp2.sph
last format2I5,F8.4,I8,4F12.6)
lately reading sequential formatted external IO
Aborted
这个到底是什么原因造成的，我看有的帖子说是是要将整个蛋白的净电荷归零，不知道怎么做
2.在用DOCK进行筛选的时候，我down了zinc的库，是不是我直接在dock.in中将zinc库列出来呢，就是在ligand_file 后面给出库的位置呢？
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2009-12-14 10:13:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

javacfish

金虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-16 14:16
我在原帖给你回复了，详情请见：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1720307&pid=17368618&page=1#pid17368618
赞一下(10人) 回复此楼
5楼2009-12-14 10:26:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
支持开贴
回复此楼
6楼2009-12-21 19:00:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Anglewei

金虫 (著名写手)

人称点哥哥。
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736:http://www.emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=1847986&fpage=1 2010-03-16 10:45
我想问下有在分子模拟论坛注册账号吗，我现在注册，它只提供邀请注册了。谢谢了
赞一下(2人) 回复此楼
[align=right][eimg]20/5d/681216_1309334176_158.jpg[/eimg][/align]
8楼2010-01-03 10:24:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

merlynhuang

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736:http://www.emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=1847986&fpage=1 2010-03-16 10:45
对，我也想注册，高人发个邀请码来吧。太谢谢了
赞一下(2人) 回复此楼
重新泡论坛，才找回做实验的感觉
9楼2010-02-03 18:25:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

javacfish

金虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-02-03 20:10
郑重声明，我没有分子模拟的注册码，请不要讨论与学术无关的话题。
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2010-02-03 19:55:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 javacfish 的主题更新
431/5返回列表12345下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +13 Kittylucky 2026-08-27 14/700 2026-09-01 11:06 by feng6531
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +8 ziyangfang 2026-08-25 11/550 2026-09-01 09:51 by zzuzxg
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +6 叶九微 2026-08-26 6/300 2026-08-31 23:54 by yudaoqian88
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 21:30 by xiangy672
[基金申请] 基金未中，这种答复是模板吗？ +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉？ +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 5/250 2026-08-31 14:40 by hahaboy
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗？ +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？ +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭