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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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bbslover

金虫 (正式写手)


[交流] 如何选decoy set,做虚拟筛选?

我有一篇文章,审稿人的意见说,我建立的QSAR模型(CoMFA和CoMSIA)只用了测试集,为了验证我的模型的预测能力,应该用这个模型从商业数据库中选择新的分子,然后做实验来验证,或者"at least decoy set of compounds to measure the potential enrichment in a virtual screening process."

这个decoy集从哪里选啊?

原来没有遇到这个问题啊,就用训练集建立模型,用测试集验证模型的预测能力,现在还要decoy集,怎么办呢? 这个集合,自己构建吗?还是从别的网站下载小分子,然后再预测呢?
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bbslover

金虫 (正式写手)


急需帮助啊,大师们!
3楼2011-11-09 09:11:06
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ilovethis

金虫 (小有名气)


★ ★ ★
bbslover(金币+1):谢谢参与
bbslover(金币+5): 2011-11-09 12:26:06
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-11-09 20:38:03
引用回帖:
1楼: Originally posted by bbslover at 2011-11-08 18:51:27:
我有一篇文章,审稿人的意见说,我建立的QSAR模型(CoMFA和CoMSIA)只用了测试集,为了验证我的模型的预测能力,应该用这个模型从商业数据库中选择新的分子,然后做实验来验证,或者"at least decoy set of  ...

做decoy可以选用DUD的库,有基于受体的也有基于配体的,
http://dud.docking.org/
个人觉得decoy这玩意鸡肋的很
4楼2011-11-09 09:16:12
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leimiao_hit

木虫之王 (文学泰斗)


★ ★ ★
bbslover(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-11-09 20:38:11
CoMFA和CoMSIA
5楼2011-11-09 09:47:16
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bbslover

金虫 (正式写手)


引用回帖:
4楼: Originally posted by ilovethis at 2011-11-09 09:16:12:
做decoy可以选用DUD的库,有基于受体的也有基于配体的,
http://dud.docking.org/
个人觉得decoy这玩意鸡肋的很

多谢朋友的回复。  我就用我建立的模型来验证下载的配体? 看看它们的活性?

也就是说,我在dud下载配体的dud库,然后,用sybyl加电荷,优化,再用comfa和comisa模型预测活性么? 谢谢了!
6楼2011-11-09 12:28:23
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ilovethis

金虫 (小有名气)


★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-11-13 20:15:13
引用回帖:
6楼: Originally posted by bbslover at 2011-11-09 12:28:23:
多谢朋友的回复。  我就用我建立的模型来验证下载的配体? 看看它们的活性?

也就是说,我在dud下载配体的dud库,然后,用sybyl加电荷,优化,再用comfa和comisa模型预测活性么? 谢谢了!

DUD下面是有分cluster的,药效团和分子对接比较常见吧,comfa做富集率测试?介个。。
7楼2011-11-11 10:49:42
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bbslover

金虫 (正式写手)


引用回帖:
7楼: Originally posted by ilovethis at 2011-11-11 10:49:42:
DUD下面是有分cluster的,药效团和分子对接比较常见吧,comfa做富集率测试?介个。。

多谢回复。我回复审稿人了,说comfa和comsia不适合做screening,也就不需要decoy set 了。
8楼2011-11-12 09:51:39
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shuzhen

新虫 (小有名气)



bbslover(金币+1):谢谢参与
我最近也想针对一下分子做下qsar计算,但是之前没做过,看文献里都会有训练集和测试集,能大概跟我讲一下用sybyl做这些的具体步骤吗?尤其是测试集是怎么建立的,又是怎么跟训练集联系在一起的啊?不胜感激啊!!
9楼2011-12-02 15:37:17
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bbslover

金虫 (正式写手)


训练集和测试集,是你自己随机选择的,训练集建立模型,然后测试集验证模型,看sybyl的手册,讲的很清楚!
10楼2011-12-03 22:38:03
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tsbiochem

禁虫 (小有名气)


bbslover(金币+1): 谢谢参与
本帖内容被屏蔽

11楼2012-04-25 12:04:49
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Eviler16

木虫 (正式写手)



bbslover(金币+1): 谢谢参与
送红花一朵
楼主弄清楚Decoy set的用途了嘛?能否讲解一下,为什么需要Decoy set?
12楼2016-02-24 18:31:43
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简单回复
clszdy2楼
2011-11-08 23:03   回复  
bbslover(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币-1): 厚道 2011-11-13 20:14:41
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