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如何选decoy set，做虚拟筛选？
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我有一篇文章，审稿人的意见说，我建立的QSAR模型（CoMFA和CoMSIA）只用了测试集，为了验证我的模型的预测能力，应该用这个模型从商业数据库中选择新的分子，然后做实验来验证，或者"at least decoy set of compounds to measure the potential enrichment in a virtual screening process." 这个decoy集从哪里选啊？ 原来没有遇到这个问题啊，就用训练集建立模型，用测试集验证模型的预测能力，现在还要decoy集，怎么办呢？ 这个集合，自己构建吗？还是从别的网站下载小分子，然后再预测呢？ |
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3楼2011-11-09 09:11:06
★ ★ ★
bbslover(金币+1):谢谢参与
bbslover(金币+5): 2011-11-09 12:26:06
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-11-09 20:38:03
bbslover(金币+1):谢谢参与
bbslover(金币+5): 2011-11-09 12:26:06
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-11-09 20:38:03
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做decoy可以选用DUD的库，有基于受体的也有基于配体的， http://dud.docking.org/ 个人觉得decoy这玩意鸡肋的很 |
4楼2011-11-09 09:16:12
5楼2011-11-09 09:47:16
6楼2011-11-09 12:28:23
7楼2011-11-11 10:49:42
8楼2011-11-12 09:51:39
9楼2011-12-02 15:37:17
10楼2011-12-03 22:38:03
★
bbslover(金币+1): 谢谢参与
bbslover(金币+1): 谢谢参与
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本帖内容被屏蔽 |
11楼2012-04-25 12:04:49
12楼2016-02-24 18:31:43
简单回复
clszdy2楼
2011-11-08 23:03
回复
bbslover(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币-1): 厚道 2011-11-13 20:14:41
御剑江湖(金币-1): 厚道 2011-11-13 20:14:41
