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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 如何选decoy set，做虚拟筛选？
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bbslover

金虫 (正式写手)

[交流] 如何选decoy set，做虚拟筛选？

我有一篇文章，审稿人的意见说，我建立的QSAR模型（CoMFA和CoMSIA）只用了测试集，为了验证我的模型的预测能力，应该用这个模型从商业数据库中选择新的分子，然后做实验来验证，或者"at least decoy set of compounds to measure the potential enrichment in a virtual screening process."

这个decoy集从哪里选啊？

原来没有遇到这个问题啊，就用训练集建立模型，用测试集验证模型的预测能力，现在还要decoy集，怎么办呢？ 这个集合，自己构建吗？还是从别的网站下载小分子，然后再预测呢？
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1楼 2011-11-08 18:51:27
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bbslover

金虫 (正式写手)
急需帮助啊，大师们！
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3楼2011-11-09 09:11:06
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ilovethis

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
bbslover(金币+1):谢谢参与
bbslover(金币+5): 2011-11-09 12:26:06
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-11-09 20:38:03
引用回帖:
1楼: Originally posted by bbslover at 2011-11-08 18:51:27:
我有一篇文章，审稿人的意见说，我建立的QSAR模型（CoMFA和CoMSIA）只用了测试集，为了验证我的模型的预测能力，应该用这个模型从商业数据库中选择新的分子，然后做实验来验证，或者"at least decoy set of  ...

做decoy可以选用DUD的库，有基于受体的也有基于配体的，
http://dud.docking.org/
个人觉得decoy这玩意鸡肋的很
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4楼2011-11-09 09:16:12
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leimiao_hit

木虫之王 (文学泰斗)
★ ★ ★
bbslover(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-11-09 20:38:11
CoMFA和CoMSIA
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5楼2011-11-09 09:47:16
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bbslover

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ilovethis at 2011-11-09 09:16:12:
做decoy可以选用DUD的库，有基于受体的也有基于配体的，
http://dud.docking.org/
个人觉得decoy这玩意鸡肋的很

多谢朋友的回复。  我就用我建立的模型来验证下载的配体？ 看看它们的活性？

也就是说，我在dud下载配体的dud库，然后，用sybyl加电荷，优化，再用comfa和comisa模型预测活性么？ 谢谢了！
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6楼2011-11-09 12:28:23
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ilovethis

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-11-13 20:15:13
引用回帖:
6楼: Originally posted by bbslover at 2011-11-09 12:28:23:
多谢朋友的回复。  我就用我建立的模型来验证下载的配体？ 看看它们的活性？

也就是说，我在dud下载配体的dud库，然后，用sybyl加电荷，优化，再用comfa和comisa模型预测活性么？ 谢谢了！

DUD下面是有分cluster的，药效团和分子对接比较常见吧，comfa做富集率测试？介个。。
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7楼2011-11-11 10:49:42
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bbslover

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by ilovethis at 2011-11-11 10:49:42:
DUD下面是有分cluster的，药效团和分子对接比较常见吧，comfa做富集率测试？介个。。

多谢回复。我回复审稿人了，说comfa和comsia不适合做screening，也就不需要decoy set 了。
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8楼2011-11-12 09:51:39
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shuzhen

新虫 (小有名气)
★
bbslover(金币+1):谢谢参与
我最近也想针对一下分子做下qsar计算，但是之前没做过，看文献里都会有训练集和测试集，能大概跟我讲一下用sybyl做这些的具体步骤吗？尤其是测试集是怎么建立的，又是怎么跟训练集联系在一起的啊？不胜感激啊！！
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9楼2011-12-02 15:37:17
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bbslover

金虫 (正式写手)
训练集和测试集，是你自己随机选择的，训练集建立模型，然后测试集验证模型，看sybyl的手册，讲的很清楚！
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10楼2011-12-03 22:38:03
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tsbiochem

禁虫 (小有名气)
★
bbslover(金币+1): 谢谢参与
本帖内容被屏蔽
11楼2012-04-25 12:04:49
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Eviler16

木虫 (正式写手)
★
bbslover(金币+1): 谢谢参与
送红花一朵
楼主弄清楚Decoy set的用途了嘛？能否讲解一下，为什么需要Decoy set？
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12楼2016-02-24 18:31:43
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clszdy2楼
2011-11-08 23:03   回复  
bbslover(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币-1): 厚道 2011-11-13 20:14:41
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