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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】UCSF DOCK分子对接和虚拟筛选
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zoehuang

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
有没有朋友用cygwin使用过DOCK的啊，求从源文件到安装完成的命令过程。谢谢
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11楼2010-03-16 10:33:37
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javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-03-17 15:53
引用回帖:
Originally posted by zoehuang at 2010-03-16 10:33:37:
有没有朋友用cygwin使用过DOCK的啊，求从源文件到安装完成的命令过程。谢谢

tar -xzvf dock.tar.gz
cd dockl6/install
./configure gnu
make all

Thant is ok,和linux下的安装方式是一样的
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12楼2010-03-16 11:15:52
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zoehuang

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢补充 2010-03-26 15:48
补充一下。你的cygwin 装好之后，将dock 的源文件放到cygwin文件夹下，命令行：


cd  /
ls


找到dock源文件的文件名后就按楼上的兄弟的接着做
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13楼2010-03-26 09:55:26
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
楼主好：
不知道楼主知不知道UCSF开发的基于DOCK的虚拟筛选服务器DOCK-BLASTER，我想问的是对于金属酶的分子对接，我是否需要经过特殊的处理，针对金属核心的？
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14楼2010-04-12 19:22:31
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javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4):谢谢 2010-04-12 20:18
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-04-12 19:22:31:
楼主好：
不知道楼主知不知道UCSF开发的基于DOCK的虚拟筛选服务器DOCK-BLASTER，我想问的是对于金属酶的分子对接，我是否需要经过特殊的处理，针对金属核心的？

需要特殊的处理，dock是用的amber力场处理的，处理好力场参数，就可以顺利的对接，具体你可以参考：
http://dock.compbio.ucsf.edu/DOC ... ore/amber_score.htm

会建amber力场就可以搞：
http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial1_orig/

同时再给你介绍个实例：
http://galaxysd.3322.org/blog/200810/402

[ Last edited by javacfish on 2010-4-12 at 20:25 ]
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15楼2010-04-12 19:58:52
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gundnir

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
楼主你好，我看见DOCK的网站上说新版的DOCK有windows版本，还用庄cygwin么？感觉在windows环境下装虚拟机会影响DOCK的速度的
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16楼2010-05-11 00:41:33
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javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-05-11 20:12:52
引用回帖:
Originally posted by gundnir at 2010-05-11 00:41:33:
楼主你好，我看见DOCK的网站上说新版的DOCK有windows版本，还用庄cygwin么？感觉在windows环境下装虚拟机会影响DOCK的速度的

1.新版本dock6.4,还没有windows版本的。

2.用虚拟机会影响一点速度
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17楼2010-05-11 09:30:00
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
FISH兄，我想利用DOCK对同源模建的蛋白进行对接，之前想利用DOCK对晶体结合的配体进行验证，对接后得到一个和原配体有一定差别的结构，那么我如何计算出对接的配体和原配体的RMSD值呢?按照CA原子或是骨架原子有何不同呢？谢谢指教
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18楼2010-05-16 21:55:54
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javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-05-17 09:51:54
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-05-16 21:55:54:
FISH兄，我想利用DOCK对同源模建的蛋白进行对接，之前想利用DOCK对晶体结合的配体进行验证，对接后得到一个和原配体有一定差别的结构，那么我如何计算出对接的配体和原配体的RMSD值呢?按照CA原子或是骨架原子有何 ...

计算RMSD值有2种简单的方法：
1.设置dock的参数：calculate_rmsd                                               yes,
一般情况下0
2.动力学模拟，一般选择：
atomselect top "protein and backbone and noh"
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19楼2010-05-17 09:41:20
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kele31726696

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
需要邀请吗 ？我及时自己注册的啊 ，前几个月
引用回帖:
Originally posted by javacfish at 2010-02-03 19:55:45:
郑重声明，我没有分子模拟的注册码，请不要讨论与学术无关的话题。

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20楼2010-07-05 13:32:32
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