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fmj121

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于DOCK报错

之前用dock一直很好,今天偶然发现一个问题,就是在sphgen这一步出现如下错误:
fmt: read unexpected character
apparent state: unit 2 named temp2.sph
last format2I5,F8.4,I8,4F12.6)
lately reading sequential formatted external IO
Aborted


不知道是哪里出问题,希望高人指导!
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javacfish

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★
fmj121(金币+2,VIP+0): 12-14 09:59
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 有无兴趣来本版兼职啊 呵呵 12-16 14:12
你的蛋白文件太大,超过了99999,你可以截取你感兴趣的部分进行对接。用chemria即可。
如果你问,截取的蛋白之后,蛋白就不完整了,怎么办,其实对接的时候蛋白是固定的,你也是选择特定范围对接的,与你去除的那部分无关。

对接成功后,在用整个蛋白和配体进行分析,这样是允许的。

如果你觉得麻烦建议用autodock.

如果你有任何问题,请到这里问,我会统一回答:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1699900

具体原因,我也在一楼提起过。你仔细看看。

[ Last edited by javacfish on 2009-12-10 at 20:24 ]
2楼2009-12-10 20:20:19
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javacfish

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
fmj121(金币+2,VIP+0): 12-14 10:54
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:12
1.主要原因不是电荷的问题,是蛋白太大了。电荷归零在用chimera处理的最后一步就归零了。

2.对,就是这样的
3楼2009-12-14 10:25:13
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fmj121

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by javacfish at 2009-12-14 10:25:
1.主要原因不是电荷的问题,是蛋白太大了。电荷归零在用chimera处理的最后一步就归零了。

2.对,就是这样的

谢谢了!
4楼2009-12-14 10:54:51
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