【在线答疑】UCSF DOCK分子对接和虚拟筛选 - 分子模拟 - 其他

31楼2011-07-24 23:01:19

cedarice

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您好！我想问下在用UCSF DOCK6跑docking时，在sphgen这一步出现如下错误是怎么回事？
At line 319 of file sphgen.f
Fortran runtime error: Bad value during floating point read

谢谢！

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生活就像忐忑，没有准确的歌词，却惊心动魄。

32楼2011-07-26 20:14:47

chemozhang

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帖子真精彩!
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故地如重游月圆更寂寞

33楼2011-09-05 19:01:33

zx0903

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您好！我想问下，我用dock提交了一个作业，但是由于停电，我只好kill 3360,3360是我的作业号，那么我现在想restart，我该如何操作呢？手册中写道In database search mode of DOCK (when multiple_ligands, orient_ligand, and rank_ligands are selected), DOCK periodically saves information necessary to restart the search from its current location in the database in a *.rst file. If there is a power failure or the system crashes, you can set up a new run to start where the last one was stopped. First, make a copy of dock.out so that status of the previous run are saved. Then relaunch the job using the -r flag at the command line. (Do not change the remaining files, since DOCK needs them to restart successfully.) When the restarted run finishes, the sorted list of ligands in the output file will include the top scorers from the entire data-base。但是没有写明具体的命令，请示教。

34楼2012-04-20 17:38:12

yeli210

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楼主，我想请问下如何利用Dock6对接一个小分子到某受体，生成10个打分最高的构象处理？
我设置了write_conformations=yes，num_scored_conformers_written=10，打分函数只用了Grid，但输出的rigid_ranked.mol2和rigid_scored.mol2文件中只有一个构象，请问这是怎么回事？

程序运行后提示如下：
Molecule: UNNAMED
Elapsed time:  14 seconds
Anchors:             1
Orientations:       1000
Conformations:       1000
Grid Score:       -27.790470
      vdw:       -22.060274
         es:          -5.730197
1 Molecules Processed
Total elapsed time:    67 seconds

35楼2012-04-23 15:48:43

suckdick

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關於ZINC有問題想請教
ZINC的小分子�?在多在虛擬篩選時要選用哪些小分子集合呢?
是真的使用 ZINC Standard 小分子庫, Clean  小分子庫等去篩選呢?
還是採用如TCM Database @ Taiwan (中草药成分数据库)等的小分子庫去篩選?

如果真的使用ZINC Standard subset, Clean  subset 那樣依照現在電腦速度
除非有超級大集群的電腦  不然怎麼做的完呢? 似乎得做好幾個月甚至好幾年阿~
我個人看法真的不太可能常態使用以上小分子庫
而是使用TCM Database @ Taiwan (中草药成分数据库);ZDD等.
如果如我所想, 先進們?K非採用Standard subset, Clean  subset,
那樣常用的小分子庫有哪些呢?

還有, 做篩選會使用如
http://www.vslead.com/login-virtualscreening.action?welcomestatus=oganismvirtualscreeningintroduce
的服務嗎?  這服務我試用了一下似乎是使用Autodock vina做基底的.
它有提供All Purchasable 真的有人跑過跑完嗎!!! 如果有人跑過
大約需時多久呢?

36楼2014-04-17 14:51:19

快乐小志

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DOCK的软件架构怎样的？

37楼2015-03-05 18:56:16

快乐小志

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引用回帖:

30楼: Originally posted by javacfish at 2011-07-24 12:43:38
可以，不需要脚本，设置参数就可以了...

如何设置参数？在哪里设置参数？谢谢!

38楼2015-03-05 18:58:34

hee_csu

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送红花一朵

请教楼主：
在安装完成DMS软件后，没有错误提示，但在执行以下命令：
dms rec_noH.pdb -n -w 1.4 -v -o rec.ms
返回结果是：
2316 atoms
Unknown atom type N

然后，rec.ms文件为空。
如何解决？非常感谢！

今天有点凉

39楼2015-10-05 21:59:14

xufund

至尊木虫 (知名作家)

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谢谢楼主！能否写一个简单的安装和使用教程？autodock这方面的教程特别多。dock几乎找不到中文的所以很多人不会用。希望楼主能造福大家

40楼2016-01-28 22:13:03