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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】UCSF DOCK分子对接和虚拟筛选
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
引用回帖:
Originally posted by javacfish at 2011-07-24 12:43:38:
可以，不需要脚本，设置参数就可以了

希望请教您一下这个参数的设置，是输入文件里吗？如果不麻烦的话可否请您介绍一下？非常感谢。
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31楼2011-07-24 23:01:19
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cedarice

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
您好！我想问下在用UCSF DOCK6跑docking时，在sphgen这一步出现如下错误是怎么回事？
At line 319 of file sphgen.f
Fortran runtime error: Bad value during floating point read

谢谢！
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生活就像忐忑，没有准确的歌词，却惊心动魄。
32楼2011-07-26 20:14:47
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
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故地如重游月圆更寂寞
33楼2011-09-05 19:01:33
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zx0903

银虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
您好！我想问下，我用dock提交了一个作业，但是由于停电，我只好kill 3360,3360是我的作业号，那么我现在想restart，我该如何操作呢？手册中写道In database search mode of DOCK (when multiple_ligands, orient_ligand, and rank_ligands are selected), DOCK periodically saves information necessary to restart the search from its current location in the database in a *.rst file. If there is a power failure or the system crashes, you can set up a new run to start where the last one was stopped. First, make a copy of dock.out so that status of the previous run are saved. Then relaunch the job using the -r flag at the command line. (Do not change the remaining files, since DOCK needs them to restart successfully.) When the restarted run finishes, the sorted list of ligands in the output file will include the top scorers from the entire data-base。但是没有写明具体的命令，请示教。
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34楼2012-04-20 17:38:12
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yeli210

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主，我想请问下如何利用Dock6对接一个小分子到某受体，生成10个打分最高的构象处理？
我设置了write_conformations=yes，num_scored_conformers_written=10，打分函数只用了Grid，但输出的rigid_ranked.mol2和rigid_scored.mol2文件中只有一个构象，请问这是怎么回事？

程序运行后提示如下：
Molecule: UNNAMED
Elapsed time:  14 seconds
Anchors:               1
Orientations:          1000
Conformations:         1000
Grid Score:          -27.790470
          vdw:          -22.060274
           es:           -5.730197
1 Molecules Processed
Total elapsed time:     67 seconds
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35楼2012-04-23 15:48:43
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suckdick

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
?P?ZINC????}?????
ZINC??С???????? ????M?Y?x?r ??x????ЩС??????????
???????? ZINC Standard С?????, Clean  С????????Y?x???
??ǒ?????TCM Database @ Taiwan (?в??????????)???С???????Y?x?

?????????ZINC Standard subset, Clean  subset ?ǘ? ????F????X???
?????г??????????X  ??????N????????? ????????????? ?????????~
???????? ????????? ???B???????С?????
???????TCM Database @ Taiwan (?в??????????);ZDD??.
???????????, ???M???K?ǒ???Standard subset, Clean  subset,
?ǘ?????С?????????Щ???

???, ???Y?x???????
http://www.vslead.com/login-virtualscreening.action?welcomestatus=oganismvirtualscreeningintroduce
???????  ?@?????????????? ????????Autodock vina???????.
??????All Purchasable ??????????^?????!!! ??????????^
??s??r??????
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36楼2014-04-17 14:51:19
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快乐小志

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
DOCK的软件架构怎样的？
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37楼2015-03-05 18:56:16
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快乐小志

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
30楼: Originally posted by javacfish at 2011-07-24 12:43:38
可以，不需要脚本，设置参数就可以了...

如何设置参数？在哪里设置参数？谢谢!
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38楼2015-03-05 18:58:34
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hee_csu

新虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
请教楼主：
在安装完成DMS软件后，没有错误提示，但在执行以下命令：
dms rec_noH.pdb -n -w 1.4 -v -o rec.ms
返回结果是：
2316 atoms
Unknown atom type N

然后，rec.ms文件为空。
如何解决？非常感谢！
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今天有点凉
39楼2015-10-05 21:59:14
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xufund

至尊木虫 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
谢谢楼主！能否写一个简单的安装和使用教程？autodock这方面的教程特别多。dock几乎找不到中文的所以很多人不会用。希望楼主能造福大家
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40楼2016-01-28 22:13:03
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