| 查看: 5600 | 回复: 42 | ||||||
| 本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | ||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||||
javacfish金虫 (小有名气)
|
[交流]
【在线答疑】UCSF DOCK分子对接和虚拟筛选已有19人参与
|
|||||
|
大家好， 大家都知道ZINC数据库在药物设计中的重要地位，而USCF DOCK(http://dock.compbio.ucsf.edu/)是针对ZINC数据库设计的，它有很多优点 1.很简单的实现平行编译，而autodock需要用DOVIS,或者分割数据库。 2.USCF DOCK实现了PB/SA的打分方式。 3.可以实现大规模的虚拟筛选。 4.其经典的grid score=表面接触匹配格点能+静电格点能+VDW格点能 5.具有刚性和柔性的对接功能 6.用amber力场提高对接精度。 7.源码公开且免费 USCF DOCK确定蛋白的口袋，用了一个有意思的算法，如图 1. First, while n-1 spheres can be constructed at each surface point, the sphere of smallest radius are only considered. 2. Second, for each smallest sphere, we calculate the angle formed by the 2 surface points, i and j ,and the sphere center. The angles less than 90 is retained 3. Third, Receptor spheres are accepted only if point i and j belong to atoms in amino acid residues that are more than 4 apart in sequence. 4. Last, the radii greater than 5 A; is eliminated. And the radius must control at the 1.4~4.0 A; 关于ZINC数据库处理的软件： 1. ZincSplit: http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1589423 2. openbabel 3. openeye 4. MGLTOOLS 5. UCSF splitmol ........................................................................... 声明：不是讨论USCF DOCK和AUTODOCK的优缺点，我也在用autodock, 希望和大家共同讨论有趣的话题。 我的email: javacfish@sina.com ,有事也可以给我发邮件。 [ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 19:01 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘贴专辑推荐
 分子对接问题锦集 | 生物信息学 | 蛋白模拟与改造 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
hee_csu» 猜你喜欢
工材口青年基金上会可能性
已经有9人回复
-
这个博士要读吗
已经有24人回复
-
切削液交流群
已经有4人回复
-
2024国社科通讯评审
已经有44人回复
-
面青地会评时间？？？
已经有7人回复
-
镍负载氧化铝的保存问题
已经有6人回复
-
投稿求助
已经有3人回复
-
希望今年自己国自然面上项目和老婆青年项目能中！
已经有10人回复
-
高校两个offer选择
已经有15人回复
-
刚刚收到科研之友邮件
已经有18人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求教污泥样品DNA提取中的一些问题
已经有6人回复
- surflex-dock对接问题
已经有3人回复
- 如何选decoy set，做虚拟筛选？
已经有11人回复
- autodock安装好后导入分子为什么不对（附图）
已经有18人回复
- 用AutoDock对接的结合能较小，可能是什么原因？
已经有7人回复
- 用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题
已经有6人回复
- 请问autodock实际运用中可以设置几个活性残基作为对接位点?
已经有4人回复
- 【求助】高手求助,Autodock4 最后一步无法对接,弄了几天!
已经有7人回复
- 【求助】能够计算结合自由能的分子对接软件除了autodock还有哪些？
已经有7人回复
- 【转帖】用于虚拟筛选的小分子化合物库使用专业导读
已经有34人回复
- 【资源】PyRx-基于autodock的虚拟筛选软件
已经有31人回复
- 【原创】AutoDock使用笔记总结－原创始发
已经有32人回复
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
楼主，我想请问下如何利用Dock6对接一个小分子到某受体，生成10个打分最高的构象处理？ 我设置了write_conformations=yes，num_scored_conformers_written=10，打分函数只用了Grid，但输出的rigid_ranked.mol2和rigid_scored.mol2文件中只有一个构象，请问这是怎么回事？ 程序运行后提示如下： Molecule: UNNAMED Elapsed time: 14 seconds Anchors: 1 Orientations: 1000 Conformations: 1000 Grid Score: -27.790470 vdw: -22.060274 es: -5.730197 1 Molecules Processed Total elapsed time: 67 seconds |
35楼2012-04-23 15:48:43
6
