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javacfish金虫 (小有名气)
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[交流]
【在线答疑】UCSF DOCK分子对接和虚拟筛选 已有19人参与
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大家好， 大家都知道ZINC数据库在药物设计中的重要地位，而USCF DOCK(http://dock.compbio.ucsf.edu/)是针对ZINC数据库设计的，它有很多优点 1.很简单的实现平行编译，而autodock需要用DOVIS,或者分割数据库。 2.USCF DOCK实现了PB/SA的打分方式。 3.可以实现大规模的虚拟筛选。 4.其经典的grid score=表面接触匹配格点能+静电格点能+VDW格点能 5.具有刚性和柔性的对接功能 6.用amber力场提高对接精度。 7.源码公开且免费 USCF DOCK确定蛋白的口袋，用了一个有意思的算法，如图 1. First, while n-1 spheres can be constructed at each surface point, the sphere of smallest radius are only considered. 2. Second, for each smallest sphere, we calculate the angle formed by the 2 surface points, i and j ,and the sphere center. The angles less than 90 is retained 3. Third, Receptor spheres are accepted only if point i and j belong to atoms in amino acid residues that are more than 4 apart in sequence. 4. Last, the radii greater than 5 A; is eliminated. And the radius must control at the 1.4~4.0 A; 关于ZINC数据库处理的软件： 1. ZincSplit: http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1589423 2. openbabel 3. openeye 4. MGLTOOLS 5. UCSF splitmol ........................................................................... 声明：不是讨论USCF DOCK和AUTODOCK的优缺点，我也在用autodock, 希望和大家共同讨论有趣的话题。 我的email: javacfish@sina.com ,有事也可以给我发邮件。 [ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 19:01 ] |
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楼主，我想请问下如何利用Dock6对接一个小分子到某受体，生成10个打分最高的构象处理？ 我设置了write_conformations=yes，num_scored_conformers_written=10，打分函数只用了Grid，但输出的rigid_ranked.mol2和rigid_scored.mol2文件中只有一个构象，请问这是怎么回事？ 程序运行后提示如下： Molecule: UNNAMED Elapsed time: 14 seconds Anchors: 1 Orientations: 1000 Conformations: 1000 Grid Score: -27.790470 vdw: -22.060274 es: -5.730197 1 Molecules Processed Total elapsed time: 67 seconds |
35楼2012-04-23 15:48:43
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我有两个问题想请教一下： 1.就是上次您回我的帖的那个问题 fmt: read unexpected character apparent state: unit 2 named temp2.sph last format2I5,F8.4,I8,4F12.6) lately reading sequential formatted external IO Aborted 这个到底是什么原因造成的，我看有的帖子说是是要将整个蛋白的净电荷归零，不知道怎么做 2.在用DOCK进行筛选的时候，我down了zinc的库，是不是我直接在dock.in中将zinc库列出来呢，就是在ligand_file 后面给出库的位置呢？ |
4楼2009-12-14 10:13:02
