| 查看: 6753 | 回复: 42 | ||||||
| 本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | ||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||||
javacfish金虫 (小有名气)
|
[交流]
【在线答疑】UCSF DOCK分子对接和虚拟筛选 已有19人参与
|
|||||
|
大家好， 大家都知道ZINC数据库在药物设计中的重要地位，而USCF DOCK(http://dock.compbio.ucsf.edu/)是针对ZINC数据库设计的，它有很多优点 1.很简单的实现平行编译，而autodock需要用DOVIS,或者分割数据库。 2.USCF DOCK实现了PB/SA的打分方式。 3.可以实现大规模的虚拟筛选。 4.其经典的grid score=表面接触匹配格点能+静电格点能+VDW格点能 5.具有刚性和柔性的对接功能 6.用amber力场提高对接精度。 7.源码公开且免费 USCF DOCK确定蛋白的口袋，用了一个有意思的算法，如图 1. First, while n-1 spheres can be constructed at each surface point, the sphere of smallest radius are only considered. 2. Second, for each smallest sphere, we calculate the angle formed by the 2 surface points, i and j ,and the sphere center. The angles less than 90 is retained 3. Third, Receptor spheres are accepted only if point i and j belong to atoms in amino acid residues that are more than 4 apart in sequence. 4. Last, the radii greater than 5 A; is eliminated. And the radius must control at the 1.4~4.0 A; 关于ZINC数据库处理的软件： 1. ZincSplit: http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1589423 2. openbabel 3. openeye 4. MGLTOOLS 5. UCSF splitmol ........................................................................... 声明：不是讨论USCF DOCK和AUTODOCK的优缺点，我也在用autodock, 希望和大家共同讨论有趣的话题。 我的email: javacfish@sina.com ,有事也可以给我发邮件。 [ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 19:01 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子对接问题锦集 | 生物信息学 | 蛋白模拟与改造 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
hee_csu» 猜你喜欢
论文终于录用啦！满足毕业条件了
已经有12人回复
-
2025年遐想
已经有4人回复
-
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球
已经有8人回复
-
求个博导看看
已经有18人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- surflex-dock对接问题
已经有3人回复
- 如何选decoy set，做虚拟筛选？
已经有11人回复
- autodock安装好后导入分子为什么不对（附图）
已经有18人回复
- 用AutoDock对接的结合能较小，可能是什么原因？
已经有7人回复
- 用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题
已经有6人回复
- 【求助】高手求助,Autodock4 最后一步无法对接,弄了几天!
已经有7人回复
- 【求助】能够计算结合自由能的分子对接软件除了autodock还有哪些？
已经有7人回复
- 【资源】PyRx-基于autodock的虚拟筛选软件
已经有31人回复
- 【原创】AutoDock使用笔记总结－原创始发
已经有32人回复
javacfish
金虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2224.9
- 红花: 14
- 帖子: 292
- 在线: 32.9小时
- 虫号: 480755
- 注册: 2007-12-16
- 专业: 生物大分子结构与功能
3楼2009-11-30 21:15:14
javacfish
金虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2224.9
- 红花: 14
- 帖子: 292
- 在线: 32.9小时
- 虫号: 480755
- 注册: 2007-12-16
- 专业: 生物大分子结构与功能
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-16 14:16
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-16 14:16
5楼2009-12-14 10:26:13
javacfish
金虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2224.9
- 红花: 14
- 帖子: 292
- 在线: 32.9小时
- 虫号: 480755
- 注册: 2007-12-16
- 专业: 生物大分子结构与功能
10楼2010-02-03 19:55:45
javacfish
金虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2224.9
- 红花: 14
- 帖子: 292
- 在线: 32.9小时
- 虫号: 480755
- 注册: 2007-12-16
- 专业: 生物大分子结构与功能
12楼2010-03-16 11:15:52
javacfish
金虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2224.9
- 红花: 14
- 帖子: 292
- 在线: 32.9小时
- 虫号: 480755
- 注册: 2007-12-16
- 专业: 生物大分子结构与功能
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4):谢谢 2010-04-12 20:18
lei0736(金币+4):谢谢 2010-04-12 20:18
|
需要特殊的处理，dock是用的amber力场处理的，处理好力场参数，就可以顺利的对接，具体你可以参考： http://dock.compbio.ucsf.edu/DOC ... ore/amber_score.htm 会建amber力场就可以搞： http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial1_orig/ 同时再给你介绍个实例： http://galaxysd.3322.org/blog/200810/402 [ Last edited by javacfish on 2010-4-12 at 20:25 ] |
15楼2010-04-12 19:58:52
javacfish
金虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2224.9
- 红花: 14
- 帖子: 292
- 在线: 32.9小时
- 虫号: 480755
- 注册: 2007-12-16
- 专业: 生物大分子结构与功能
17楼2010-05-11 09:30:00
javacfish
金虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2224.9
- 红花: 14
- 帖子: 292
- 在线: 32.9小时
- 虫号: 480755
- 注册: 2007-12-16
- 专业: 生物大分子结构与功能
19楼2010-05-17 09:41:20
javacfish
金虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2224.9
- 红花: 14
- 帖子: 292
- 在线: 32.9小时
- 虫号: 480755
- 注册: 2007-12-16
- 专业: 生物大分子结构与功能
22楼2010-07-15 09:10:14
javacfish
金虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2224.9
- 红花: 14
- 帖子: 292
- 在线: 32.9小时
- 虫号: 480755
- 注册: 2007-12-16
- 专业: 生物大分子结构与功能
30楼2011-07-24 12:43:38