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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】UCSF DOCK分子对接和虚拟筛选
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javacfish

金虫 (小有名气)

[交流] 【在线答疑】UCSF DOCK分子对接和虚拟筛选已有19人参与

大家好，

大家都知道ZINC数据库在药物设计中的重要地位，而USCF DOCK(http://dock.compbio.ucsf.edu/)是针对ZINC数据库设计的，它有很多优点

1.很简单的实现平行编译，而autodock需要用DOVIS,或者分割数据库。
2.USCF DOCK实现了PB/SA的打分方式。
3.可以实现大规模的虚拟筛选。
4.其经典的grid score=表面接触匹配格点能+静电格点能+VDW格点能
5.具有刚性和柔性的对接功能
6.用amber力场提高对接精度。
7.源码公开且免费

USCF DOCK确定蛋白的口袋，用了一个有意思的算法，如图
1. First, while n-1 spheres can be constructed at each surface point, the sphere of smallest radius are only considered.
2. Second, for each smallest sphere, we calculate the angle formed by the 2 surface points, i and j ,and the sphere center. The angles less than 90 is retained
3. Third, Receptor spheres are accepted only if point i and j belong to atoms in amino acid residues that are more than 4 apart in sequence.
4. Last, the radii greater than 5 A; is eliminated. And the radius must control at the 1.4~4.0 A;

关于ZINC数据库处理的软件：
1. ZincSplit: http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1589423
2. openbabel
3. openeye
4. MGLTOOLS
5. UCSF splitmol
...........................................................................

声明：不是讨论USCF DOCK和AUTODOCK的优缺点，我也在用autodock, 希望和大家共同讨论有趣的话题。
我的email: javacfish@sina.com ,有事也可以给我发邮件。

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 19:01 ]
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1楼2009-11-30 16:20:36
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javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:16
优点第7条：“源码公开且免费”

你说的windows版是指cygwin吗？是的话，autodock可以，UCSF dock亦可
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3楼2009-11-30 21:15:14
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javacfish

金虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-16 14:16
我在原帖给你回复了，详情请见：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1720307&pid=17368618&page=1#pid17368618
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5楼2009-12-14 10:26:13
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javacfish

金虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-02-03 20:10
郑重声明，我没有分子模拟的注册码，请不要讨论与学术无关的话题。
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10楼2010-02-03 19:55:45
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javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-03-17 15:53
引用回帖:
Originally posted by zoehuang at 2010-03-16 10:33:37:
有没有朋友用cygwin使用过DOCK的啊，求从源文件到安装完成的命令过程。谢谢

tar -xzvf dock.tar.gz
cd dockl6/install
./configure gnu
make all

Thant is ok,和linux下的安装方式是一样的
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12楼2010-03-16 11:15:52
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javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4):谢谢 2010-04-12 20:18
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-04-12 19:22:31:
楼主好：
不知道楼主知不知道UCSF开发的基于DOCK的虚拟筛选服务器DOCK-BLASTER，我想问的是对于金属酶的分子对接，我是否需要经过特殊的处理，针对金属核心的？

需要特殊的处理，dock是用的amber力场处理的，处理好力场参数，就可以顺利的对接，具体你可以参考：
http://dock.compbio.ucsf.edu/DOC ... ore/amber_score.htm

会建amber力场就可以搞：
http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial1_orig/

同时再给你介绍个实例：
http://galaxysd.3322.org/blog/200810/402

[ Last edited by javacfish on 2010-4-12 at 20:25 ]
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15楼2010-04-12 19:58:52
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javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-05-11 20:12:52
引用回帖:
Originally posted by gundnir at 2010-05-11 00:41:33:
楼主你好，我看见DOCK的网站上说新版的DOCK有windows版本，还用庄cygwin么？感觉在windows环境下装虚拟机会影响DOCK的速度的

1.新版本dock6.4,还没有windows版本的。

2.用虚拟机会影响一点速度
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17楼2010-05-11 09:30:00
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javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-05-17 09:51:54
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-05-16 21:55:54:
FISH兄，我想利用DOCK对同源模建的蛋白进行对接，之前想利用DOCK对晶体结合的配体进行验证，对接后得到一个和原配体有一定差别的结构，那么我如何计算出对接的配体和原配体的RMSD值呢?按照CA原子或是骨架原子有何 ...

计算RMSD值有2种简单的方法：
1.设置dock的参数：calculate_rmsd                                               yes,
一般情况下0
2.动力学模拟，一般选择：
atomselect top "protein and backbone and noh"
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19楼2010-05-17 09:41:20
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javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-07-15 22:02:17
引用回帖:
Originally posted by wanglkaca at 2010-07-14 21:38:20:
我想问一下 这个autodock软件可以做DNA和小分子药物的对接吗？谢谢！

可以
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22楼2010-07-15 09:10:14
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javacfish

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by houxuben at 2011-07-23 15:09:39:
请问dock6.4是否可以实现：依次对多个配体库进行筛选，最后获得一个ranked文件？是有相应的循环脚本？非常感谢

可以，不需要脚本，设置参数就可以了
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houxuben
30楼2011-07-24 12:43:38
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