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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】UCSF DOCK分子对接和虚拟筛选
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wanglkaca

银虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我想问一下 这个autodock软件可以做DNA和小分子药物的对接吗？谢谢！
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21楼2010-07-14 21:38:20
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javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-07-15 22:02:17
引用回帖:
Originally posted by wanglkaca at 2010-07-14 21:38:20:
我想问一下 这个autodock软件可以做DNA和小分子药物的对接吗？谢谢！

可以
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22楼2010-07-15 09:10:14
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yscot

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
谢谢分享 收藏学习了~
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23楼2010-07-31 19:27:08
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liukarl

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-05 19:07:39
DOCK 6 is distributed for Unix versions compatible with the MPICH library, Linux, Windows, and MacIntosh OSX systems.
DOCK 5 is distributed for Unix versions compatible with the MPICH library, Linux, Windows, and MacIntosh OSX systems.
DOCK 4 is distributed for Unix and Linux systems
DOCK 3 is distributed as source code only
Legacy Accessories available with previous versions of DOCK are distributed as source code only
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敢为天下鲜
24楼2010-10-05 12:37:52
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请问一下JAVA兄，当我从ZINC里分割出一部分物质做虚拟筛选时，如何能保证比较高的准确率呢？还有，如果我在数据库搜索时，想去掉所有含氯原子的物质，不知道是否有简便的方法？谢谢
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25楼2010-10-09 07:53:27
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sunyinxue

新虫 (初入文坛)

批量处理小分子

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by javacfish at 2009-11-30 16:20:36:
大家好，

大家都知道ZINC数据库在药物设计中的重要地位，而USCF DOCK(http://dock.compbio.ucsf.edu/)是针对ZINC数据库设计的，它有很多优点

1.很简单的实现平行编译，而autodock需要用DOVIS,或 ...

请问怎么批量处理小分子配体文件？
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26楼2010-12-29 14:48:26
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
一个??问题，为何我从zinc库???能下到???索结果的??6400个分??？
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27楼2011-01-03 15:04:53
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sunyinxue

新虫 (初入文坛)

dock6虚拟筛选中的段错误

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我用dock6做虚拟筛选时提示段错误，怎么办？
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28楼2011-01-06 09:45:53
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
请问dock6.4是否可以实现：依次对多个配体库进行筛选，最后获得一个ranked文件？是有相应的循环脚本？非常感谢
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29楼2011-07-23 15:09:39
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javacfish

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by houxuben at 2011-07-23 15:09:39:
请问dock6.4是否可以实现：依次对多个配体库进行筛选，最后获得一个ranked文件？是有相应的循环脚本？非常感谢

可以，不需要脚本，设置参数就可以了
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houxuben
30楼2011-07-24 12:43:38
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