24小时热门版块排行榜    

查看: 5605  |  回复: 42
本帖产生 1 个 模拟EPI ,点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

javacfish

金虫 (小有名气)

[交流] 【在线答疑】UCSF DOCK分子对接和虚拟筛选已有19人参与

大家好,

大家都知道ZINC数据库在药物设计中的重要地位,而USCF DOCK(http://dock.compbio.ucsf.edu/)是针对ZINC数据库设计的,它有很多优点

1.很简单的实现平行编译,而autodock需要用DOVIS,或者分割数据库。
2.USCF DOCK实现了PB/SA的打分方式。
3.可以实现大规模的虚拟筛选。
4.其经典的grid score=表面接触匹配格点能+静电格点能+VDW格点能
5.具有刚性和柔性的对接功能
6.用amber力场提高对接精度。
7.源码公开且免费

USCF DOCK确定蛋白的口袋,用了一个有意思的算法,如图
1. First, while n-1 spheres can be constructed at each surface point, the sphere of smallest radius are only considered.
2. Second, for each smallest sphere, we calculate the angle formed by the 2 surface points, i and j ,and the sphere center. The angles less than 90 is retained
3. Third, Receptor spheres are accepted only if point i and j belong to atoms in amino acid residues that are more than 4 apart in sequence.
4. Last, the radii greater than 5 A; is eliminated. And the radius must control at the 1.4~4.0 A;

关于ZINC数据库处理的软件:
1. ZincSplit: http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1589423
2. openbabel
3. openeye
4. MGLTOOLS
5. UCSF splitmol
...........................................................................

声明:不是讨论USCF DOCK和AUTODOCK的优缺点,我也在用autodock, 希望和大家共同讨论有趣的话题。
我的email: javacfish@sina.com ,有事也可以给我发邮件。

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 19:01 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘贴专辑推荐

分子对接问题锦集 生物信息学 蛋白模拟与改造

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wanglkaca

银虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我想问一下 这个autodock软件可以做DNA和小分子药物的对接吗?谢谢!
21楼2010-07-14 21:38:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 javacfish 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 江南大学到瑞士招聘,称取消非升即走,改预聘+长聘 +21 babu2015 2024-06-18 23/1150 2024-06-20 18:25 by zpv2011
[论文投稿] 投稿求助 6+3 小短腿安琪拉 2024-06-19 4/200 2024-06-20 17:40 by 不一样烟火12345
[基金申请] 青年基金会评专家到底是怎么会评的呀?主审专家是不是一般不会改动系统按函评给的顺序 5+4 他山攻玉之石 2024-06-18 18/900 2024-06-20 16:33 by 他山攻玉之石
[有机交流] 怎么萃取出锡盐内包裹的化合物 +3 硕六过 2024-06-19 4/200 2024-06-20 15:45 by 2461777831
[找工作] 高校两个offer选择 +15 cowox2021 2024-06-18 16/800 2024-06-20 15:24 by ase123456
[教师之家] 每次骚扰女学生的都是院系领导,而不是普通教师,小编们要注意措辞正确 +11 zju2000 2024-06-15 13/650 2024-06-20 15:19 by ase123456
[考博] 这个博士要读吗 +15 Sea Breeze 2024-06-16 29/1450 2024-06-20 14:30 by Sea Breeze
[基金申请] 面青地会评时间??? +7 Axvdvbfs 2024-06-19 8/400 2024-06-20 11:16 by 路遥还有谁
[基金申请] F03青年基金函评结果 +3 暨阳一只柴 2024-06-19 4/200 2024-06-20 11:15 by 暨阳一只柴
[海外博后] 墨尔本大学博后offer要不要接 +3 kyxblmm 2024-06-18 3/150 2024-06-19 22:39 by blake1111
[基金申请] 基金得中 +4 woaini0218 2024-06-18 4/200 2024-06-19 17:27 by mengzl
[访问学者] 国家公派访问学者申请结果出了吗? +4 65syn 2024-06-13 4/200 2024-06-19 16:40 by 海洋之心168
[高分子] 烧瓶内合成聚酯 +3 大帝国乐 2024-06-17 7/350 2024-06-18 11:10 by 大帝国乐
[基金申请] 有人中过人文社科类的博后特助吗? +3 outsider1986 2024-06-16 5/250 2024-06-18 11:10 by 袁天未然
[有机交流] 求教最后一步问题出在哪 20+3 苏州浩恒 2024-06-15 4/200 2024-06-18 08:33 by like_2005
[论文投稿] 论文已接收,但发现修改稿传的是旧版该怎么办? +3 zsq54321 2024-06-15 6/300 2024-06-17 19:45 by wjykycg
[论文投稿] 审稿问题:为什么荧光激发波长和紫外吸收波长差的大? 10+5 sdawege 2024-06-14 10/500 2024-06-17 18:54 by HH-探针
[基金申请] 面青地会评时间 +8 tanjydd 2024-06-15 8/400 2024-06-17 17:08 by 小龙虾2008
[论文投稿] 二审返修送审10天了,原来一审的3个审稿人只有2个接受了审稿,会邀请新审稿人么? 50+3 huanpo116 2024-06-15 5/250 2024-06-16 10:27 by bobvan
[有机交流] ππ堆积会发生在有机溶剂中吗 5+3 zibuyu0420 2024-06-13 4/200 2024-06-14 14:17 by 小肉干
信息提示
请填处理意见