24小时热门版块排行榜    

查看: 5612  |  回复: 42
本帖产生 1 个 模拟EPI ,点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

javacfish

金虫 (小有名气)

[交流] 【在线答疑】UCSF DOCK分子对接和虚拟筛选已有19人参与

大家好,

大家都知道ZINC数据库在药物设计中的重要地位,而USCF DOCK(http://dock.compbio.ucsf.edu/)是针对ZINC数据库设计的,它有很多优点

1.很简单的实现平行编译,而autodock需要用DOVIS,或者分割数据库。
2.USCF DOCK实现了PB/SA的打分方式。
3.可以实现大规模的虚拟筛选。
4.其经典的grid score=表面接触匹配格点能+静电格点能+VDW格点能
5.具有刚性和柔性的对接功能
6.用amber力场提高对接精度。
7.源码公开且免费

USCF DOCK确定蛋白的口袋,用了一个有意思的算法,如图
1. First, while n-1 spheres can be constructed at each surface point, the sphere of smallest radius are only considered.
2. Second, for each smallest sphere, we calculate the angle formed by the 2 surface points, i and j ,and the sphere center. The angles less than 90 is retained
3. Third, Receptor spheres are accepted only if point i and j belong to atoms in amino acid residues that are more than 4 apart in sequence.
4. Last, the radii greater than 5 A; is eliminated. And the radius must control at the 1.4~4.0 A;

关于ZINC数据库处理的软件:
1. ZincSplit: http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1589423
2. openbabel
3. openeye
4. MGLTOOLS
5. UCSF splitmol
...........................................................................

声明:不是讨论USCF DOCK和AUTODOCK的优缺点,我也在用autodock, 希望和大家共同讨论有趣的话题。
我的email: javacfish@sina.com ,有事也可以给我发邮件。

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 19:01 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘贴专辑推荐

分子对接问题锦集 生物信息学 蛋白模拟与改造

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wanglkaca

银虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我想问一下 这个autodock软件可以做DNA和小分子药物的对接吗?谢谢!
21楼2010-07-14 21:38:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 javacfish 的主题更新
普通表情 高级回复(可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 夏至,要不要硕博联谊 +7 我是王小帅 2024-06-21 10/500 2024-06-27 13:41 by 我是王小帅
[论文投稿] 为何全世界都用JCR分区,咱们要弄个中科院分区?意义何在? +4 意得辑_editage 2024-06-25 4/200 2024-06-27 12:26 by bionoture
[考博] 论文被硕导卡 +4 自强不息a?a 2024-06-26 6/300 2024-06-27 12:14 by 哇卡哇卡1
[论文投稿] 我在写关于多维空间的论文,希望能与大家交流,准备在science上发表 +9 lgf519 2024-06-24 11/550 2024-06-27 11:20 by f1yfish
[有机交流] 脱酯基合成步骤 5+4 小辉灰@anhui 2024-06-25 8/400 2024-06-27 11:17 by 火龙骑士
[有机交流] 大佬们,打的核磁氢谱与chemdraw预测的有偏差 +7 来了个 2024-06-26 7/350 2024-06-27 11:11 by wubiansiya
[考研] 刚当完兵回来想考研 +7 五官在线 2024-06-23 18/900 2024-06-26 17:05 by 1158057902
[基金申请] 省基金对国自然申请是有利还是有弊 +6 zycumt04 2024-06-26 7/350 2024-06-26 15:02 by 潇湘之迷
[硕博家园] 难道我真的要放弃吗? +42 133456 2024-06-20 44/2200 2024-06-26 12:32 by lyfbangong
[基金申请] 基金申请书名称有变化 +5 xuel2011 2024-06-25 7/350 2024-06-26 00:07 by 老虎当猫养
[基金申请] 博后面上到底什么时候出结果??? +7 爱学lsy 2024-06-24 7/350 2024-06-25 19:24 by 暴走的蒜泥
[有机交流] 对苯乙烯磺酰氯的合成机理 25+3 该死的科研 2024-06-24 5/250 2024-06-25 17:30 by 王学士
[基金申请] 能看出是否上会了吗 +10 articlefan 2024-06-23 15/750 2024-06-25 16:05 by 请慎重修改昵称
[有机交流] 高温酯化反应喷料 20+4 hl24678 2024-06-21 7/350 2024-06-25 09:45 by ghj-hebust
[有机交流] 求助析晶问题 20+4 dengdawang 2024-06-24 5/250 2024-06-24 21:22 by cc116
[基金申请] 说博后基金7月出的真打电话了吗? +12 antonysole 2024-06-24 14/700 2024-06-24 13:39 by sizhouyi
[基金申请] 国自然资助比率是不是要下降了?? +8 今晚推荐22 2024-06-21 12/600 2024-06-24 11:15 by Pickfoot
[基金申请] 青年和面上,哪个上会难度更大 +12 今晚推荐22 2024-06-21 18/900 2024-06-24 11:08 by 半简体
[论文投稿] OSA期刊审稿逾期 +3 Thomas_Squid 2024-06-22 3/150 2024-06-23 15:20 by wspglt
[基金申请] 听大佬说今年信息口本子数量大幅增加? +8 wutzxt 2024-06-21 9/450 2024-06-21 19:58 by wutzxt
信息提示
请填处理意见