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javacfish

金虫 (小有名气)

[交流] 【在线答疑】UCSF DOCK分子对接和虚拟筛选已有19人参与

大家好,

大家都知道ZINC数据库在药物设计中的重要地位,而USCF DOCK(http://dock.compbio.ucsf.edu/)是针对ZINC数据库设计的,它有很多优点

1.很简单的实现平行编译,而autodock需要用DOVIS,或者分割数据库。
2.USCF DOCK实现了PB/SA的打分方式。
3.可以实现大规模的虚拟筛选。
4.其经典的grid score=表面接触匹配格点能+静电格点能+VDW格点能
5.具有刚性和柔性的对接功能
6.用amber力场提高对接精度。
7.源码公开且免费

USCF DOCK确定蛋白的口袋,用了一个有意思的算法,如图
1. First, while n-1 spheres can be constructed at each surface point, the sphere of smallest radius are only considered.
2. Second, for each smallest sphere, we calculate the angle formed by the 2 surface points, i and j ,and the sphere center. The angles less than 90 is retained
3. Third, Receptor spheres are accepted only if point i and j belong to atoms in amino acid residues that are more than 4 apart in sequence.
4. Last, the radii greater than 5 A; is eliminated. And the radius must control at the 1.4~4.0 A;

关于ZINC数据库处理的软件:
1. ZincSplit: http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1589423
2. openbabel
3. openeye
4. MGLTOOLS
5. UCSF splitmol
...........................................................................

声明:不是讨论USCF DOCK和AUTODOCK的优缺点,我也在用autodock, 希望和大家共同讨论有趣的话题。
我的email: javacfish@sina.com ,有事也可以给我发邮件。

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 19:01 ]
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
请问一下JAVA兄,当我从ZINC里分割出一部分物质做虚拟筛选时,如何能保证比较高的准确率呢?还有,如果我在数据库搜索时,想去掉所有含氯原子的物质,不知道是否有简便的方法?谢谢
25楼2010-10-09 07:53:27
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xufund

至尊木虫 (知名作家)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):欢迎参与讨论 2010-01-30 17:03
抢沙发!
请问这个软件免费吗?有windows版吗
2楼2009-11-30 20:31:40
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javacfish

金虫 (小有名气)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:16
优点第7条:“源码公开且免费”

你说的windows版是指cygwin吗?是的话,autodock可以,UCSF dock亦可
3楼2009-11-30 21:15:14
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fmj121

铜虫 (小有名气)

请教高手

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):欢迎参与讨论 2010-01-30 17:03
我有两个问题想请教一下:
1.就是上次您回我的帖的那个问题
fmt: read unexpected character
apparent state: unit 2 named temp2.sph
last format2I5,F8.4,I8,4F12.6)
lately reading sequential formatted external IO
Aborted
这个到底是什么原因造成的,我看有的帖子说是是要将整个蛋白的净电荷归零,不知道怎么做
2.在用DOCK进行筛选的时候,我down了zinc的库,是不是我直接在dock.in中将zinc库列出来呢,就是在ligand_file 后面给出库的位置呢?
4楼2009-12-14 10:13:02
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