应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 求助16S rDNA测序结果分析
51/1返回列表
查看: 4898  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

Mayday-zxm

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助16S rDNA测序结果分析 已有3人参与

本人分子生物学小白一个。刚分离出一种细菌，并送生工进行了16S rDNA序列分析。返回的测序结果人家给做了正反向拼接。然后我直接在NCBI上黏贴了结果进行了比对。我想要确定这种细菌到底是什么，应该怎么做。用什么软件。求详细的解说过程。谢谢各位大神。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2016-09-28 15:54:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小冀-

版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
既然都粘在了ncbi上，那就用blast比对呗，得分高的，e值小的应该就是了

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

Mayday-zxm
···
9楼2016-09-28 23:40:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

781055707

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kuaile5420: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-09-28 18:15:33
Mayday-zxm: 金币+5, ★有帮助 2016-09-28 19:04:04
不同细菌的16S rRNA是不同的，你放NCBI上BLAST,百分比最高的就是了。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

Mayday-zxm
采菊东篱下，悠然见南山。
2楼2016-09-28 16:52:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

过烟云烟

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Mayday-zxm: 金币+5, ★有帮助 2016-09-28 19:03:44
新分离的菌还要做形态学，生化鉴定，分子方面的鉴定用16s就可以了，和楼上说的一样的

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
once you've accepted your flaws, no one can use them against you.
3楼2016-09-28 17:22:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Mayday-zxm

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 781055707 at 2016-09-28 16:52:15
不同细菌的16S rRNA是不同的，你放NCBI上BLAST,百分比最高的就是了。

请问我要确定物种这样就可以嘛？我查了有关说明说还要, 运用 Clustal_X 软件多重序列比对测得的序列,依据最大同源性原则,再运用 MEGA 软件包打开比对结果, 系统进化树的构建在序列对比的基础上使用MEGA 4.1软件的邻接法构建Neighbor-joining系统等等

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
4楼2016-09-28 19:03:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭