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求助16S rDNA测序结果分析 已有3人参与
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| 本人分子生物学小白一个。刚分离出一种细菌，并送生工进行了16S rDNA序列分析。返回的测序结果人家给做了正反向拼接。然后我直接在NCBI上黏贴了结果进行了比对。我想要确定这种细菌到底是什么，应该怎么做。用什么软件。求详细的解说过程。谢谢各位大神。 |
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序列比对完后，将相似度高的序列下载，用claxtal(可能拼写的不对)进行序列比对导成aln格式，用mega先进行格式转换将aln转成meg格式，然后通过mega里面的文件打开meg格式的文档，就可以构建进化树和遗传距离了，现在听说mega可以直接序列比对生成mega不过我没试过，你可以自己摸索一下 发自小木虫Android客户端 |
8楼2016-09-28 21:11:55
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| 不同细菌的16S rRNA是不同的，你放NCBI上BLAST,百分比最高的就是了。 |
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2楼2016-09-28 16:52:15
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你要深入研究的话就要做亲进化分析算遗传距离，如果只是想大概知道菌的名字就不用 发自小木虫Android客户端 |
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5楼2016-09-28 19:10:26
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新分离的菌还要做形态学，生化鉴定，分子方面的鉴定用16s就可以了，和楼上说的一样的 发自小木虫Android客户端 |
3楼2016-09-28 17:22:20
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请问我要确定物种这样就可以嘛？我查了有关说明说还要, 运用 Clustal_X 软件多重序列比对测得的序列,依据最大同源性原则,再运用 MEGA 软件包打开比对结果, 系统进化树的构建在序列对比的基础上使用MEGA 4.1软件的邻接法构建Neighbor-joining系统等等 发自小木虫Android客户端 |
4楼2016-09-28 19:03:21
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