先投稿，修改稿件的时候挂上去就行了，proof的时候都能加。又不是什么大事

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这个楼主要仔细看项目任务书的要求，有的项目会要求单独标注等等。

可以，最好论文与项目的研究内容有关联，到时候论文可以用于项目进展报告和结题报告。