跟劳动合同没关系，毕业了就不是应届生了。跟档案没关系吧？你能出具劳动合同就行了，不太明白为什么要备案。出国了回来也是一样，毕业了就不算应届生了。

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我还是没太明白你的问题...其实你的档案在哪里不是决定你是不是应届生的因素，找工作的时间节点才是。