很难讲清楚，这个要自己去衡量了。不知楼主在哪里读定向的博士，我也想读，不知楼主有好的建议吗？

个人认为单位没权利要求学校做什么，关键问题在于你和单位有没有什么协议，比如签合同的时候明确了某些情况下不能读博什么的，读了会不会算你违约之类的

不知道你的苛刻的培养协议有多苛刻，我们这貌似就给2000的生活费

入学前单位不是应该已经同意报考并且和学校签三方定向培养协议吗？
这种定向协议好像一般没有提到取消学籍的条款。
但是据我了解有学校对定向生毕业后提取学位档案和双证要求原定向委培单位开具介绍信。
建议你仔细打听下，尤其是弄清博士就读学校的管理规定，以免后患！