和你情况一样，不过我的cover letter是导师写的

1）谢谢编辑同意继续考虑你的手稿
2）说明你文章的题目及原来的手稿号
3）说明你对审稿人的意见进行了一对一回复，见 Response letter
4）说明你按审稿人的意见对手稿进行了彻底的修订，修订部分已经高亮标出
5）Uploaded 请见 Revised manuscript及 Response letter
6）希望校正的手稿能符合期刊的接收标准， Merits the publication in this journal
7) 谢谢虫友 Bobvan 无私的帮助，

申诉后cover letter不需要重写，添加一些内容即可。
第一，在题目后面注明这篇稿子被拒之前的稿件号并说明已经按照审稿人意见修改了文章；
第二，你可以把response to reviewer's comments写在cover letter里，也可以单独上传一个Word文档；